В общении с людьми митрополит Петр отличался мягкостью и предупредительностью, но это не мешало ему проявлять настойчивость твердость в проведении канонически строгой церковной политики.
Непреклонную линию занял он в отношениях с обновленцами, расходясь в этом с другими, более уступчивыми членами Патриаршего Синода.
Вскоре после того как митрополит Петр возглавил Русскую Церковь, он дал интервью газете "Известия". Слова корреспондента о том, что среди населения циркулируют слухи о неподлинности завещания Патриарха Тихона, митрополит Петр прокомментировал так: "Слухи эти никакого основания не имеют. Если об этом и говорят, то две–три кликуши с Сухаревки. Что касается верующих, то они в подлинности завещания не сомневаются". На вопрос: "Когда намерены вы осуществить чистку контрреволюционного духовенства и черносотенных приходов, а также созвать Комиссию для суда над зарубежными архиереями", — Митрополит ответил: "Для меня, как Местоблюстителя Патриаршего Престола, воля Патриарха Тихона священна, но я один не правомочен провести в жизнь эти пункты завещания".
С кончиной Патриарха Тихона обновленцы связывали надежду на крах Патриаршей Церкви. Часть раскольников главный упор в борьбе с Православной Церковью сделала на испытанный уже метод политических обвинений и клеветы: "Как принципиальные и ярые гонители человеческой мысли, — писала обновленческая газета, — "тихоновцы"… вредны вообще в культурном отношении, равнодушно смотреть на всю работу "тихоновцев" значит допускать эксплуатацию человека в самой недопустимой форме".
Но менее ретивые обновленцы взяли курс на так называемое "объединение с Тихоновской Церковью". 11 апреля обновленческий Синод, возглавляемый уже не митрополитом Евдокимом, ушедшим на покой, а лжемитрополитом Вениамином (Муратовским) (из епископов старого поставления) выступил с призывом к объединению, которое предполагалось осуществить на "III Соборе".
Некоторые из православных архипастырей и пастырей (митрополит Уральский Тихон, епископ Уфимский Андрей (Ухтомский), влиятельный протоиерей Николай Чуков склонялись к тому, чтобы прислушаться к призывам умеренных обновленцев объединиться.
Резкую отповедь лицемерным проискам раскольников дали митрополит Казанский Кирилл и епископ Яранский Нектарий (Трезвинский). Митрополит Петр, не пренебрегая контактами с обновленцами, занял, однако, твердую позицию: речь должна идти не о соединении, а лишь о присоединении к Православной Церкви отпавших от нее, в случае их покаяния.
28 июля 1925 года Местоблюститель Патриаршего Престола обратился к пастве с посланием: "Истинная Церковь едина, и едина пребывающая в ней благодать Святаго Духа. Не может быть двух Церквей и двух благодатей. Не о соединении с Православной Церковью должны говорить так называемые обновленцы, а должны принести истинное раскаяние в своих заблуждениях". В обращении к благочинным, причтам и приходским советам Московской епархии он писал, что "обновленцы протягивали православным руку примирения только затем, чтобы стащить их в бездну".
Между тем все лето 1925 года обновленцы готовили новое сборище, которое наименовали III Поместным Собором. Лжесобор открылся 1 октября. В нем участвовало 106 лиц, именовавших себя архиереями, более 100 "клириков" и столько же мирян. На лжесобор прибыл и представитель Константинопольского Патриарха архимандрит Василий (Аимопуло). "Собор" избрал Синод из 35 "епископов", "пресвитеров", и мирян. Внутри Синода образован был президиум в составе Председателя лжемитрополита Вениамина и 4–х членов, среди которых ключевой фигурой стал всевластный А. Введенский, украсивший себя титулом "митрополита". Старчески обессиленный Вениамин служил вывеской обновленческому Синоду, будучи покорной марионеткой в руках истинного верховода раскола Введенского. Главным деянием лжесобора явилась искусно разыгранная провокация, задуманная задолго до открытия разбойничьего сборища.
Незадолго до "Собора" обновленческим Синодом в Уругвай был направлен некий Соловейчик с титулом епископа Южной Америки. Через два месяца после выезда Соловейчик выступил с заявлением, которое можно было расценивать как свидетельство о раскаянии в грехе раскола. Прошел год, и Соловейчик прислал на имя лжесобора письмо, которое и было оглашено на нем: "Мое преступление перед Священным Синодом заключается в следующем: 12 мая 1924 года, за 4 дня до моего отъезда за границу, я имел двухчасовое совещание с Патриархом Тихоном и Петром Крутицким. Патриарх Тихон дал мне собственноручно написанное письмо следующего содержания: 1) что я принят и возведен в сан архиепископа, 2) что Святая Церковь не может благословить великого князя Николая Николаевича, раз есть законный и прямой наследник престола — великий князь Кирилл".
Грубая клевета на покойного Патриарха и Патриаршего Местоблюстителя дала Введенскому повод для недостойной остроты: "Оказывается, что тихоновский корабль плавает в международных водах, и трудно сказать, где главные капитаны: за рубежом или на Крутицах". Мира с тихоновцами не будет, — объявил он, пресекая примирительные попытки умеренных обновленцев, — чтобы спасти Церковь от политики, необходима хирургическая операция". Под его диктовку составлена была резолюция: "Собор констатирует непрекращающуюся связь тихоновщины с монархистами, грозящую Церкви грозными последствиями, и отказывается от мира с верхушкой тихоновщины".
Домогаясь устранения Местоблюстителя митрополита Петра, обновленческие авторы публикуют в "Известиях" такую характеристику Первоиерарха: "Заматерелый бюрократ Саблеровского издания, который не забыл старых методов церковного управления. Он опирается на людей, органически связанных со старым строем, недовольных революцией, бывших домовладельцев и купцов, думающих еще посчитаться с современной властью".
Предвидя серьезные осложнения, митрополит Петр 5 и 6 декабря 1925 года издал два акта. В первом из них — "Завещании" — он писал: "В случае нашей кончины наши права и обязанности как Патриаршего Местоблюстителя до законного выбора нового Патриарха представляем временно, согласно воле в Бозе почившего Святейшего Патриарха Тихона, Высокопреосвященным митрополитам Казанскому Кириллу Ярославскому Агафангелу. В случае невозможности по каким-либо стоятельствам тому и другому митрополиту вступить в отправление наченных прав и обязанностей, таковые передать Высокопреосвященному митрополиту Арсению. Если же и сему митрополиту не представится возможным осуществить это, то права и обязанности Патриаршего Местоблюстителя переходят к Высокопреосвященному митрополиту Нижегородскому Сергию".
В распоряжении, составленном днем позже, говорилось: "В случае невозможности по каким-либо обстоятельствам отправлять мне обязанности Патриаршего Местоблюстителя, временно поручаю исполнение таковых обязанностей Высокопреосвященному Сергию (Страгородскому), митрополиту Нижегородскому. Если же сему митрополиту не представится возможности осуществить это, то во временное исполнение обязанностей Патриаршего Местоблюстителя вступит Высокопреосвященный Михаил (Ермаков), Экзарх Украины, или Высокопреосвященный Иосиф (Петровых), архиепископ Ростовский, если митрополит Михаил (Ермаков) лишен будет возможности выполнять это мое распоряжение. Возношение за богослужением моего имени, как Патриаршего Местоблюстителя, остается обязательным…"
10 декабря митрополит Петр был арестован. Его участь разделило еще несколько архиереев, проживавших в Москве: архиепископы Владимирский Николай и Черниговский Пахомий, епископы Херсонский Прокопий, Иркутский Гурий, Ананьевский Парфений, Глуховский Дамаскин, Гомельский Тихон, Каргопольский Варсонофий и другие. Распоряжение Патриаршего Местоблюстителя вступило в силу.
14 декабря митрополит Сергий сообщил из Нижнего Новгорода викарию Московской епархии епископу Клинскому Гавриилу (Красновскому) о своем вступлении в исполнение обязанностей Патриаршего Местоблюстителя. Под документом стояла подпись: "За Патриаршего Местоблюстителя — Сергий, митрополит Нижегородский". Позже митрополит Сергий именовал себя Заместителем Патриаршего Местоблюстителя, чьи обязанности он исполнял, оставаясь в Нижнем Новгороде. 30 декабря он возглавил там хиротонию во епископа Гдовского викария Ленинградской епархии Димитрия (Любимова), старца из вдовых протоиереев.