В январе 1924 года Патриарх издал указ о молитвенном поминовении государственной власти за богослужением: "О стране Российской и властех ея", а 21 марта 1924 года Президиум ВЦИК принял постановление о прекращении дела Патриарха Тихона и его сподвижников митрополита Никандра, митрополита Арсения и В. А. Гурьева.
После возвращения Патриарха к управлению церковным кораблем началось массовое возвращение в Церковь священников, примкнувших к раскольникам не по убеждениям, а "страха ради иудейска". Вместе с ними возвращаются в Церковь и храмы, которые, пока настоятели их пребывали в расколе, стояли полупустыми. Оскверненные храмы окроплялись святою водою, что вызывало особое раздражение у обновленцев.
Под омофор Патриарха возвратились и иерархи, среди них митрополит Сергий (Страгородский), архиепископ Серафим (Мещеряков), епископы Филипп (Ставицкий), Севастиан (Вести), Софроний (Арефьев), Никон (Пурлевский). Возвращаются в Церковь и лжеархиереи обновленческого поставления Антоний Панкеев, Петр Савельев.
11 сентября 1924 года в храме Иоанна Предтечи в Москве архиепископ Серафим (Мещеряков), обновленческий лжемитрополит всея Белоруссии, принес перед Патриархом и народом покаяние: "В настоящий торжественный священный момент я, бывший архиепископ Серафим, всенародно каюсь в своих церковно–дисциплинарных преступлениях… Святой Отец наш! Прости меня, блудного твоего сына, за мое пребывание на стороне обновленческого раскола и приими в молитвенно–каноническое общение… Прости меня, окаянного, за признание беззаконного Высшего церковного управления, Собора 23 года и обновленческого Синода. Прости меня, многогрешного, за мои недостойные выступления против твоей святыни… Простите меня… и вы, архипастыри и пастыри, и своей всепрощающей любовью согрейте и озарите закат моей жизни… Простите меня… и вы, братья и сестры, вы — непоколебимые представители исконного русского благочестия, примите от меня земной поклон за то, что своей стойкой преданностью и верностью Православной Церкви сохранили нам драгоценную жизнь ее законного главы Патриарха, и помолитесь обо мне Господу Богу…" "Бог простит, Бог простит", — отвечал ему народ в умилении.
Оказавшись у разбитого корыта, обновленцы лихорадочно ищут способ избежать полного провала своей авантюры. В Высшем Церковном Совете возобновляются грызня и распри, стихшие на короткое время перед созывом лжесобора. Протопресвитер В. Красницкий выходит из Высшего Церковного Совета. Вслед за этим Высший Церковный Совет увольняет на покой своего председателя Антонина, который в знак протеста снимает с себя подаренный ему раскольниками сан митрополита и впредь именует себя скромнее — епископом.
В начале августа в Москве состоялось совещание обновленческих лжеепископов и уполномоченных Высшего Церковного Совета, на котором Высший Церковный Совет был упразднен, а вместо него образован Синод, составленный для придания ему видимости законности в основном из епископов старого поставления. Председателем Синода был избран лжемитрополит Евдоким, но подлинным вожаком раскол стал Александр Введенский, успевший обзавестись архиепископским саном, несмотря на то, что был женат.
Часть обновленцев, не желая приносить покаяния в содеянном, стремилась, однако, к воссоединению с Православной Церковью, выражая настроения этих кругов, Евдокимовский Синод издал в конце августа послание, целью которого было подготовить почву для переговоров с Патриархом. "Общественное мнение и религиозная совесть верующих на бывшего Патриарха Тихона возложили две вины, — говорится в нем, — одну — в непризнании им нового государственного строя и Советской власти, вторую — в приведении в полное расстройство всех церковных дел. В первой своей вине бывший Патриарх Тихон открыто, перед всем миром, покаялся…, но вторая вина еще по–прежнему лежит на бывшем Патриархе".
Несмотря на оскорбительный тон Послания, Патриарх ради спасения заблудших, ради церковного мира был готов к переговорам с обновленцами. В этом его поддерживал Временный Патриарший Синод. Архиепископы Серафим (Александров), Тихон (Оболенский), Иларион (Троицкий) открыли переговоры с лжемитрополитом Евдокимом об условиях восстановления церковного единства.
Решительным противником таких переговоров был бывший ректор Московской духовной академии архиепископ Волоколамский Феодор (Поздеевский), настоятель Данилова монастыря. Строгий монах, знаток Типикона и канонов, человек бескомпромиссной твердости, он объединил вокруг себя тех архипастырей и церковных деятелей, которые предостерегали Патриарха от малейших уступок раскольникам. Частыми посетителями настоятельских покоев Данилова монастыря; были митрополит Серафим (Чичагов), архиепископ Гурий (Степанов), архиепископ Серафим (Самойлович), епископ Пахомий (Кедров). Патриарх в шутку называл Даниловский монастырь "конспиративным Синодом".
В конце сентября 1923 года в Донском монастыре состоялось совещание 27 православных архиереев для обсуждения результатов переговоров с лжемитрополитом Евдокимом о преодолении раскола. Архиепископ Феодор не явился на совещание, но в нем участвовало много его сторонников и единомышленников.
Архиепископ Тверской Серафим (Александр) доложил собратиям о ходе переговоров. "Все наше разделение, — сказал он, — основано на недовольстве некоторых иерархов и православных мирян личностью Патриарха Тихона". Архиепископ Серафим довел до сведения епископов предложение Евдокима открыть общий Собор из тихоновцев и обновленцев под председательством Патриарха Тихона, на котором Патриарх должен сам отказаться от возглавления Русской Церкви, после чего Собор отменит постановление о лишении его сана и уволит на покой в сущем сане.
Когда Святейшему впервые доложили об этом проекте, он сказал: "Надоел я вам, братцы, возьмите метелку и гоните меня". На Совещании в Донском монастыре архиепископ Тихон Уральский высказался за принятие предложенных условий. Против компромиссной линии возражали митрополит Казанский Кирилл, архиепископ Екатеринбургский Григорий (Яцковский). Закрытым голосованием проект соглашения с Евдокимовским Синодом был отвергнут.
Весной 1924 года с Патриархом Тихом вел переговоры о воссоединении коновод "живой церкви", отделившийся от обновленческого Синода лжепротопресвитер В. Красницкий. Благодаря твердой позиции, занятой тогда митрополитами Кириллом, Петром (Полянским), временным управляющим Петроградской епархии епископом Венедиктом, переговоры эти были прерваны и окончились ничем.
Ареной самой ожесточенной борьбы обновленчества с Православной Церковью стал очаг раскола — Петроград. В 1923 году из 123 петроградских храмов 113 были захвачены раскольниками. Самой большой из православных церквей, которую удалось отстоять, был Спасо–Преображенский собор на Литейном, где настоятелем служил протоиерей Сергей Тихомиров. Храмы, отнятые обновленцами, стояли полупустыми, а православным негде было собираться для молитвы, некому было совершать для них требы. В городе осталась горсть священников и ни одного православного архиерея.
23 сентября 1923 года в Москве по просьбе делегации православной петроградской паствы состоялась хиротония во епископа Лужского Мануила (Лемешевского). При наречении святой Тихон сказал ставленнику: "Посылаю тебя на страдания, ибо кресты и скорби ждут тебя на новом поприще твоем, но мужайся и верни мне епархию". По приезде в Петроград епископ Мануил совершил богослужение в маленькой церквушке святых бессеребренников Косьмы и Дамиана и зачитал обращение Патриарха к петроградской пастве. Сердца смятенных, запуганных людей — пастырей и мирян — воспрянули. Деморализованные священники, подчинившиеся обновленческому Высшему церковному управлению, стали приносить покаяние и возвращаться под Первосвятительский омофор. В октябре 1923 года в отступничестве пред епископом Мануилом покаялась братия Длександро–Невской Лавры. Церкви, в которых служил епископ Мануил, всегда были переполнены молящимися. Люди стояли в притворе, на паперти, на улице за оградой. Богослужения продолжались по 3–4 часа, а потом еще часами архипастырь благословлял народ.