«Вахур», оставшийся в порту Ханко, стал мишенью для германских самолетов, поэтому его отвели на мелководье и притопили. ТЩ № 49, которым командовал старший лейтенант Н. Г. Антипин, был включен в состав морских сил ВМБ Ханко и использовался как канонерская лодка, неофициально именуясь «Красный Гангутец». Вооружение ТЩ № 49, состоявшее из двух 76-мм орудий, одного 12,7-мм и двух счетверенных 7,62-мм пулеметов, значительно усилили: вместо одного из 76-мм орудий установили два 45-мм полуавтомата, на крыльях мостика поставили еще два 12,7-мм пулемета ДШК, на корме оборудовали сбрасыватель для глубинных бомб.

29 сентября на Ханко прибыли из Кронштадта три торпедных катера типа Д-3¹⁸, а в октябре с Хийумаа — еще четыре торпедных катера этого типа.

В одну из штормовых ночей гидрографическое судно «Волна», пришедшее на Осмуссаар, сорвало с якорей и выбросило на камни, а у западного пирса острова затонул один из малых охотников. Вооружение с них сняли, использовав его для усиления обороны острова во вновь сформированной батарее, занимавшей тыловые позиции батальона под командованием П. И. Сошнева. 22 октября с Ханко прибыл транспорт «Вахи» с грузом оружия и боеприпасов; доставил он и крайне необходимый защитникам Осмуссаара прожектор. От попадания снаряда транспорт загорелся, но груз удалось спасти. Судно же, объятое пламенем, ветром отнесло в море, где оно и затонуло.

19 октября ханковцы приступили к эвакуации войске острова Хийумаа; для этого было собрано все, что могло именоваться «плавсредствами базы»: малые охотники, гидрографические суда, мотоботы. Воздушная и морская разведки сообщали, что к северу от острова Вормси замечено много торпедных катеров противника. Поэтому командование базы отдало приказ нашим кораблям, имевшим небольшую осадку, идти к Хийумаа по минным полям, ставшим самым безопасным маршрутом.

Плавсредства Ханко в течение трех ночей сняли с Хийумаа 570 измученных до предела бойцов и командиров; в последнюю ночь брали на борт людей, стоявших по грудь в воде. Во время операции погиб командир МО № 307 старший лейтенант А. И. Терещенко. После эвакуации Хийумаа у ханковцев остался только один «сосед» у южного берега — гарнизон Осмуссаара.

В конце октября на Ханко для эвакуации части гарнизона прибыло несколько базовых тральщиков. К этому времени на полуострове находилось около 300 инвалидов, которые уже не могли вернуться в строй, поэтому было принято решение в первую очередь вывезти именно их. Однако, был получен другой приказ: погрузить на тральщики и отправить с Ханко самый боеспособный стрелковый батальон с полным вооружением и десятисуточным запасом продовольствия: критическая обстановка сложилась в блокадном Ленинграде и на Ораниенбаумском плацдарме. На тральщики погрузили один из батальонов 270-го стрелкового полка и военнослужащих из состава гарнизонов Сааремаа и Хийумаа.

В ноябре 1941 года ханковцы своими силами начали ремонт поврежденных авиацией противника транспортов «Вахур» и «Хильда». Командиром «Вахура» стал А. С. Сергеев, командиром МО № 307 — старший лейтенант Г. И. Лежепёков.

Малые охотники типа МО на Ханко именовали «эскадрой Полегаева» или «ханковскими линкорами». Война научила дорожить каждой, даже самой малой, боевой единицей и использовать для боя, высадки десантов, перевозок портовые буксиры, мотоботы, шлюпки — все, что могло передвигаться.

Для минирования района шхер, фарватеров и возможных мест стоянки финских броненосцев ханковцы использовали имевшиеся в базе небольшие запасы мин. Катера «эскадры Полегаева», беря на борт две-три мины, ставили их там, где воздушная разведка отмечала появление броненосцев. 13 сентября 1941 года к юго-западу от острова Эрэ во время проведения операции «Nordwind» подорвался на мине и погиб финский броненосец «Illmarinen». По мнению генерал-лейтенанта С. И. Кабанова броненосец погиб на минах, поставленных «ханковскими линкорами»; следует, однако, учесть, что мины в этом районе ставились и с самолетов.

К началу войны, кроме самолетов 13-го истребительного авиаполка на Ханко базировалась 81-я отдельная авиаэскадрилья ВВС КБФ в составе девяти гидросамолетов МБР-2, обеспечивавшая обнаружение противника на подходе к минно-артиллерийской позиции Ханко — Хийумаа — Осмуссаар; командовал эскадрильей капитан В. Н. Каштанкин. 22 июня 1941 года в 7 ч 52 мин на Ханко поступил приказ командующего флотом начать воздушную разведку акватории и в 8 ч 48 мин два гидросамолета вылетели на первое задание. Но уже 23 июня 81-я авиаэскадрилья была передислоцирована в Таллин и на Ханко осталось лишь звено старшего лейтенанта Игнатенко — три МБР-2.

Весной 1941 года большая часть 13-го истребительного авиаполка была перебазирована с Ханко на аэродром Керстово (к северо-востоку от Кингисеппа) для перевооружения новыми самолетами и начало войны на полуострове встретила только 4-я эскадрилья — 10 самолетов И-153 (командир — капитан Л. Г. Белоусов, комиссар — П. И. Бискуп). 29 июня на Ханко вернулась 1 — я эскадрилья 13-го полка — шесть истребителей И-16 под командованием капитана М. Т. Леоновича.

Так образовалась Ханковская авиационная группа, действовавшая в течение всей 164-дневной обороны полуострова.

Важнейшей задачей летчиков была воздушная разведка акватории моря, шхер и вражеских тылов в районе Таллин — Хельсинки — Турку — Моонзундские острова. Взлетать приходилось и в плохую погоду и под артиллерийским обстрелом. Ханковская авиагруппа несла круглосуточное дежурство и отражала налеты самолетов противника на базу. В некоторые дни летчикам приходилось по десять раз вылетать на штурмовку позиций противника. Постоянно проводились разведывательные полеты для наблюдения за северо-западным флангом обороны и для поисков финских броненосцев. Летчики, закончившие полет, отдыхали поблизости от машин, а то и под крылом своего истребителя. Действовать приходилось на пределе физических сил. Случалось, от перегрузки из носа и ушей шла кровь, но нужно было летать и летчики летали. Не случайно моряки и пехотинцы говорили, что истребители вдохновляли их на бой.

25 июня 1941 года капитан Алексей Касьянович Антоненко вернулся в свой полк из Москвы, где ему вручили орден Ленина за отвагу, проявленную во время советско-финской войны 1939–1940 годов. В этот же день А. К. Антоненко сбил под Таллином германский самолет-разведчик, Ju-88, открыв боевой счет истребителей Балтики в Великой Отечественной войне.

Вскоре произошел воздушный бой и в небе Ханко. Летчики 13-го полка Г. Семенов, В. Дмитриев, К. Андреев сбили два германских бомбардировщика Ju-88. Мужественно сражались в небе Ханко летчики М. Васильев, А. Кузнецов, А. Байсултанов, И. Горбачёв и другие.

Активно вела воздушные бои пара А. К. Антоненко и П. А. Бринько. Их боевой опыт, приобретенный на Халхин-Голе и во время войны с Финляндией, полностью раскрылся в небе над Ханко. Эти летчики первыми на Балтике доказали прекрасные боевые возможности пары истребителей в воздушном бою и эффективность тактики огня с малых дистанций по уязвимым местам самолетов противника. Первый, Ju-88 Антоненко и Бринько в небе Ханко сбили прямо над аэродромом. Несмотря на бомбежку, они взлетели и вступили с германскими бомбардировщиками в бой. Зенитчики, прекратив стрельбу, наблюдали за этой схваткой. Ju-88 повернул на юг, пытаясь уйти в сторону моря, но был настигнут у самой кромки берега и рухнул на скалы. Позже выяснилось, что Антоненко на уничтожение врага затратил семь патронов, а Бринько — 11! От взлета наших истребителей до посадки прошло всего 7 мин!

Вытащив из-под обломков самолета погибших, зенитчики установили, что немецкие летчики были не новичками — они успели повоевать в небе Испании, Норвегии, Франции и Англии. В кармане стрелка-радиста Г. Курта лежали карточки на хлеб с разменными талонами по 10 г и разовый картонный билет, в котором было отмечено, что 18 апреля он посетил в Париже на Рю де Колонь публичный дом мадам Поль…