Под Морунгеном русские захватили весь личный багаж Бернадота, но Беннигсен, выходец из Ганновера, в знак благодарности и признательности за поведение маршала во время управления Ганноверским курфюршеством, скоро вернул его обратно владельцу.

На следующий день Беннигсен сконцентрировал против Бернадота значительные силы, и князь был вынужден отдать приказ на отход к Ноймарку, но и Беннигсен на его преследование не решился и расположил свои части вокруг всё того же Морунгена. Наполеон, потеряв оперативную инициативу и не разобравшись в силах противника, решил стягивать армию на запад и отозвал корпус Бернадота к Торну для прикрытия своей операционной базы. Здесь он собрал для решающего удара в центр русских позиций около 100 000 человек, обеспечил себя флангами (18 000 на левом и 40 000 на правом) и только после этого медленно двинулся на восток.

Получив приказ Наполеона, Бернадот со своим корпусом 31 января 1807 года выступил в южном направлении. Это не прошло мимо внимания русских, и они немедленно атаковали уходившую последней дивизию Дюпона. Искусно маневрируя, Дюпон оторвался от противника и присоединился к основным силам корпуса. В тот же день Наполеон проинформировал наконец всех своих фельдмаршалов о деталях своего плана предстоящего генерального сражения. Согласно плану, все они должны были явиться к Прейсиш-Эйлау к 8 февраля. Сражение было намечено им на 9 февраля.

По иронии судьбы приказ от Наполеона обязан был вручить Бернадоту молодой и неопытный офицер, курсант военного училища в Фонтенбло, который должен был выехать к месту своей службы в один из полков первого корпуса. Офицер заблудился, был захвачен казаками Багратиона в плен и вместе с депешей Наполеона приведен к Беннигсену. Командующему русской армией стало сразу ясно, что ему грозила опасность, и он немедленно отдал приказ отступать к Кёнигсбергу. Наполеон с основными силами наступал ему на пятки, но русские в полном порядке уходили на восток.

Бернадот, до которого сведения о положении армии дошли окольными путями, 4 февраля на свой страх и риск повернул обратно и поспешил на соединение с главными силами. До 8 февраля он находился в полном неведении относительно событий, которые разыгрались под Прейсиш-Эйлау. В ночь на 9-е число он получил странный приказ Бертье, датированный 6 февраля, на преследование прусского корпуса, укрывшегося в районе Эльбинга. Однако в этот же день связь со штаб-квартирой Наполеона была восстановлена, и император призвал его как можно быстрее присоединиться к главным силам.

Под Прейсиш-Эйлау он прибыл лишь 11 февраля, спустя 3 дня после короткого, но кровавого столкновения между обеими армиями. И снова Бернадот получил от Наполеона нагоняй за неучастие в решительном сражении. Французские потери, находившиеся в отношении 1:3 к русским, могли бы, по мнению императора, быть намного меньше, если бы корпус Бернадота оказался вовремя на месте. Т. Хёйер решительно берёт "провинившегося" под свою защиту и утверждает, что в данном случае к нему придраться вообще было невозможно, ибо последнее указание Наполеона о том, чтобы 8 февраля всем корпусам собираться у Прейсиш-Эйлау, он так и не получил. Так оно и было, и видно такова уж была участь этого полководца — "запаздывать к обеду".

Беннигсен ушёл под Кёнигсберг, а Наполеон стал готовиться к новому сражению с русской армией. 1-й корпус расположился на линии Пассарге-Шпанден, в то время как его командир устроился в замке Шлобиттен в Прейсиш-Холланд. Здесь его навестила супруга Дезире. И хотя французская армия терпела лишения и голод, уходить из Пруссии было опасно: это дало бы повод всем врагам Наполеона к новым инициативам и действиям. Поэтому нужно было до конца сломить Пруссию.

Но чем сильнее император желал дать своей армии отдых, тем менее охотно удовлетворялся Беннигсен зимней бездеятельностью. 20 февраля он снова пошёл в наступление: прусские части под командованием Лестока двигались к Эльбингу, в то время как сам Беннигсен появился под тем же Прейсиш-Эйлау, полагая, что французы на зимнее время всё-таки уйдут за Вислу. Лестока встретил первый корпус Бернадота, французы отогнали пруссаков обратно, и на этом военные действия на фронте закончились. Бернадот отдал своим частям приказ создать в Нойштадте плацдарм для будущих действий и занялся оборудованием там крепостных сооружений.

Движение на фронте возобновилось к маю, когда французская армия покинула зимние квартиры и стала накапливаться в восточном направлении. Беннигсен, сохраняя в своих руках стратегическую инициативу, 5 июня напал на слишком далеко выдвинувшийся корпус Нея, одновременно демонстрируя силу перед корпусами Бернадота и Сульта. Это было начало кровавого Фридландского сражения (14 июня), которое так же, как и битва под Прейсиш-Эйлау, не принесла победы ни одной стороне. В этом сражении Бернадот был легко ранен: обнаружив, что один из его полков попал под губительный огонь русской артиллерии, он поскакал к нему, чтобы попытаться вывести его в безопасное место, но по пути был ранен пулей в шею. Он с трудом удержался в седле, сдерживая коня левой рукой, а правой с платком пытаясь остановить кровь. Обливаясь кровью и отдав необходимые распоряжения своему начштаба генералу Мэзону, он был вынужден покинуть баталию и обратиться к помощи хирурга в Мариенбурге. Здесь он прожил с Дезире до июня 1807 года.

На этом для него, а скоро и для всех война была закончена.

Русские ушли непобеждёнными на восток. 9 июля 1807 года был подписан Тильзитский мир. Император находился в зените своей славы, и его высокомерие могло сравниться лишь с его безграничным тщеславием. Рейнский союз пополнился новыми членами, и теперь в его составе находились 4 королевства, 5 великих герцогств, 11 герцогств и 16 княжеств. Союз занимал площадь 325 800 кв. км и имел население 14,6 млн человек. В 1807 году графиня Валевская, отданная гордыми польскими панами Наполеону в обмен на государственную самостоятельность Польши, родила от него сына. Теперь император знал, что бесплоден не он, а Жозефина, и путь к разводу с ней и новому браку был открыт.

Князь Понте-Корво оправился от ранения и смог присутствовать на церемонии подписания Тильзитского мира. Здесь князь впервые познакомился с Александром I, и многие историки считают, что их сердечные личные отношения берут начало именно в Тильзите. Восстановил он своё реноме и у Наполеона, так что лето 1807 года было для маршала Бернадота и князя Понте-Корво во всех отношениях довольно удачным.

14 июля 1807 года князь получил новое назначение — командовать французскими частями в ганзейских городах Гамбурге, Бремене и Любеке со специальным поручением императора наблюдать за выполнением континентальной блокады Англии на южном побережье Балтики. Гражданским наместником в Ганзее Наполеон назначил своего секретаря Бурьена.

Бремен и Гамбург были заняты в ноябре 1806 года маршалом Мортье, там его сменил маршал Брюн, так что когда князь Понте-Корво 23 июля прибыл в Гамбург, первая жирная жатва взяток и поборов уже была снята. Но добра хватило на всех: и на Бернадота, и на его начштаба Жерара, и на многочисленных адъютантов, и на хваткого и ловкого Бурьена, с которым наш герой тесно сошёлся. Все они сколотили себе здесь приличные состояния.

Во время своего пребывания в Ганзее Бернадот принял от местных "благодарных" граждан два "подарка", но довольно крупные: первый раз 300 тыс., а другой — 150 тыс. франков. Естественно, что все "технические детали" подношений брали на себя его адъютанты, которые при этом не забывали и про себя, действуя нагло и напористо и прикрываясь именем своего патрона. Т. Хёйер вынужден признать: "В гамбургский период особенно ярко проявилась слишком далеко зашедшая толерантность Бернадота по отношению к менее морально устойчивым элементам из его окружения".