В межвоенное время поляки и украинцы сосуществовали в относительном мире по обе стороны границы. С началом второй мировой войны на этих территориях стали действовать вооруженные силы сразу нескольких противоборствующих сторон.

Немцы, оккупировав Польшу и Украину, установили на оккупированной территории свой режим.

Поляки, руководимые правительством в изгнании, воевали в составе отрядов Армии Крайовой (АК), численность которой в 1944 году достигла 340 тысяч человек. Поляки, ориентированные на просоветское московское руководство воевали в отрядах Гвардии Людовой (позже такие отряды стали называться «Армия Людова»). Также в Польше воевали Крестьянские батальоны. Все польские воинские формирования действовали как партизанские отряды.

На территории Украины действовали партизанские отряды, подчиняющиеся Красной Армии. Но и на другой стороне существовала пестрая картина украинских вооруженных формирований. Украинцы воевали и в составе дивизии СС «Галичина», и в составе Украинской повстанческой армии под началом Степана Бандеры и Романа Шухевича, и в составе альтернативной УПА[27] под командованием Бульбы-Боровца, и в составе других вооруженных формирований. Некоторые украинские партизанские отряды подчинялись и сотрудничали с немцами, некоторые с немцами воевали.  Однако все украинские вооруженные формирования были едины в следующем: они ненавидели «советы», «москалей», «жидов» и «поляков». «Советы» и «москали» - это были одни и те же персоналии. Евреев уничтожали, главным образом, нацисты, однако охранниками в расположенных на территории Польши лагерях уничтожения евреев, служили, как правило,  украинские добровольцы. Хотя добровольно пойти на службу к нацистам мог любой военнопленный, бывший боец Красной Армии, однако подавляющее число таких добровольцев оказалось украинцами.

Геноцид поляков на Украине тоже стал делом украинских националистов. Поляки ответили тем же.

Весной 1943 года Волынский краевой провод ОУН(б)[28] принял решение об изгнании с Волыни местных поляков. Своего пика действия по уничтожению поляков достигли 11 июля 1943 года, когда одновременно было атаковано более 150 польских населённых пунктов. Поляки были вынуждены защищаться, и в  течение 1943 года на территории Волыни было создано до 100 польских баз самообороны, большая часть из которых была уничтожена отрядами УПА. Уцелели лишь самые крупные, имевшие хорошую материальную поддержку со стороны Армии Крайовой или пользовавшиеся помощью советских партизан.

С конца лета 1943 года поляки стали, в свою очередь, нападать на базы УПА, проводились рейды в украинские сёла для пополнения продовольственных запасов, при этом нередко случались убийства местных жителей, а несколько украинских сёл было сожжено частично или полностью.

В ходе проведённого в Польше исследования было установлено, что в результате действий УПА-ОУН(Б), в которых принимала участие часть местного украинского населения и порой отряды украинских националистов других течений, число погибших на Волыни поляков составило не менее 36 543 — 36 750 человек. Ряд исследователей говорит о том, что жертвами резни стало около 50-60 тысяч поляков[29].

Кроме Волыни, начиная с января 1944 года, польские поселения на всей территории современной Тернопольской и Львовской областей Украины подвергались нападениям подразделений УПА и дивизии СС «Галичина». Пик нападений и убийств мирного населения пришёлся на февраль 1944 года. Жертвами нападений ОУН(б) — УПА и подразделений дивизии СС «Галичина» стали  жители десятков польских поселений. Самой масштабной стала резня в Гуте Пеняцкой.

По состоянию на начало 1944 года, в селе Гута Пеняцкая насчитывалось около 1000 жителей, которые поддерживали польских и советских партизан в их действиях по дезорганизации немецкого тыла. Информация о сотрудничестве с партизанами стала известна немцам от украинских полицейских, которые донесли, что «в Гуте Пеняцкой укрывают евреев, поддерживают большевистских партизан, прячут оружие».

28 февраля 1944 года Гута Пеняцкая было окружено батальоном дивизии СС "Галичина". Более 500 жителей было сожжено заживо в костёле и собственных домах[30], из более чем тысячи жителей Гуты Пеняцкой, выжило не более 50 человек.

Нападения отрядов УПА и подразделений СС «Галиция» на польские поселения продолжались вплоть до приближения войск Красной Армии и сопровождались большим числом жертв среди польского населения.

Положение изменилось после установления контроля Красной Армии над Украиной и Польшей.

Ответная резня в Скопове[31] произошла в марте 1945 года. На село совершил нападение польский  отряд «Народной стражи», в ходе нападения было убито несколько десятков украинских крестьян, в том числе священник.  Тогда же, в марте 1945 года в отряд Армии Крайовой при поддержке добровольцев из соседних сёл совершил массовое уничтожение 366 местных жителей украинского происхождения в селе  Павлокома недалеко от Перемышля.

В апреле 1945 года в селе Гораец в Польше  польскими военными было убито 174 человека, из них 32 женщины, 35 детей и 19 лиц старше 60 лет. И это далеко не полный перечень.

За взаимным уничтожением поляками украинцев, а украинцами – поляков, последовала массовая депортация жителей приграничных территорий, осуществленная по национальному признаку.

9 сентября 1944 между Польским комитетом национального освобождения и правительствами приграничных советских республик был заключен договор об  эвакуации не польского населения с территории Польши и польских граждан с территории СССР. Договор предоставлял возможность выезда украинцам, белорусам и русским в УССР и возвращение в Польшу поляков и евреев, которые по состоянию на 17 сентября 1939 года были гражданами Польского государства.

На первом этапе от украинцев, живущих на территории приграничных воеводств, собирали заявления и организовывали их добровольное переселение. С 1 сентября 1945 началась насильственная депортация украинцев и из Польши было выселено 81806 человек.

В ответ на принудительное переселение с 9 сентября 1945 на территории Польши начались боевые действия УПА против комиссий по переселению и польских войск, которые сопровождали депортированных. УПА приступила к сжиганию бывших украинских поселений с целью задержки их заселения поляками. Также нападениям УПА подвергались железнодорожные линии, станции, мосты и путепроводы. Почувствовав угрозу со стороны УПА, польское правительство интенсифицировало действия по депортации украинского населения.

Четвёртый этап депортации продолжался с 1 января по 15 июня 1946. Отряды Польской народной армии осуществляли акции подавления, которые сопровождались многочисленными жертвами. Кровавой была резня в Завадке Мороховской, где 25 января 1946 года от 60 до 80 жителей села были убиты солдатами, несмотря на то, что никто из жителей села не был членом УПА.

6 мая 1947 года правительства ПНР и СССР сделали совместное заявление об окончании переселения поляков с территории УССР в Польшу и украинского населения с территории Польши в УССР. Всего, во время проведения акции,  на территорию СССР было переселено 518 тысяч человек, в том числе  на Украину было переселено около 480 тысяч человек (122450 семей).

На 31 октября 1946 года из СССР в Польшу было переселено почти 1,1 миллионов  человек (из них 810 415 чел. с территории Украины), в том числе более 143 тысяч евреев. Считается, что переселяющиеся в Польшу евреи, не задерживаясь,  переправлялись в Британскую Палестину, но ограничения еврейской эмиграции в Палестину, существовавшие в то время, вынуждают сомневаться в справедливости этих данных.

28 апреля 1947 началась операция «Ви́сла» по выселению не польского (украинцы, лемки и т.д.) населения с юго-восточных регионов Польши на северные и западные территории, ранее входившие в состав Германии. До 29 июля 1947 года в пять западных и северо-западных воеводств было переселено 137 833 человека. По завершении операции «Висла» фактически прекратили своё существование в Польше и УПА, и организационная сеть ОУН(б).