21 февраля крестный ход двинулся к Новодевичьему монастырю. Навстречу ему, под звон колоколов, вынесли икону Смоленской Богоматери, за иконой вышел Борис Годунов. Он подошел к иконе Владимирской Богоматери и сказал громко со слезами: «О милосердая царица! Зачем такой подвиг сотворила, чудотворный свой образ воздвигла с честными крестами и со множеством иных образов? Пречистая Богородица, помолись о мне и помилуй меня!» Борис долго лежал возле иконы и плакал, потом приложился к другим иконам, подошел к патриарху и сказал ему: «Святейший отец и государь мой Иов патриарх! Зачем ты чудотворные иконы и честные кресты воздвигнул и такой многотрудный подвиг сотворил?» Иов отвечал ему: «Не я этот подвиг сотворил, то Пречистая Богородица с своим предвечным младенцем и великими чудотворцами возлюбила тебя, изволила прийти и святую волю Сына своего на тебе исполнить. Устыдись пришествия ее, повинись воле Божией и ослушанием не наведи на себя праведного гнева Господня». В ответ Годунов только плакал.

После этого Иов пошел в церковь, Годунов — к сестре в келью, а бояре и весь народ пошли в монастырь, а кому не хватило место в монастыре, стояли возле ограды. После обедни патриарх и все духовенство, в священных одеждах, с крестом и иконами, пошли в келью к царице и долго со слезами били ей челом, стоя на коленях. С духовенством пришли и бояре, а дворяне, приказные люди, гости и весь народ, стоя по всему монастырю и вокруг монастыря, упали на землю и долго с плачем и рыданием вопили: «Благочестива царица! Помилосердуй о нас, пощади, благослови и дай нам на царство брата своего Бориса Федоровича!» Наконец царица заплакала и сказала: «Ради Бога, Пречистой Богородицы и великих чудотворцев, ради воздвигнутия чудотворных образов, ради вашего подвига, многого вопля, рыдательного гласа и неутешного стенания даю вам своего единокровного брата, да будет вам государем царем».

Годунов с тяжелым вздохом и со слезами сказал: «Это ли угодно твоему человеколюбию, владыко? И тебе, моей великой государыне, что такое великое бремя на меня возложили и предаешь меня на такой превысочайший царский престол, о котором и на разуме у меня не было? Бог свидетель и ты, великая государыня, что в мыслях у меня того никогда не было, я всегда при тебе хочу быть и святое, пресветлое, равноангельское лицо твое видеть». Сестра отвечала ему: «Против воли Божией кто может стоять? И ты бы безо всякого прекословия, повинуясь воле Божие, был всему православному государству государем». Тогда Борис сказал: «Буди святая Твоя воля, Господи». Патриарх и все присутствующие пали на землю, благодаря Бога, после чего отправились в церковь, где Иов благословил Бориса на все великие государства Российского царствия.

Естественно, что в этой официальной версии много натяжек, но предложить и серьезно обосновать иную версию событий пока еще никто не смог.

26 февраля 1598 года Борис Годунов покинул Новодевичий монастырь и возвратился в Москву. Толпы народа вышли из города, чтобы встретить Бориса. Те, кто победнее, несли хлеб и соль, бояре и купцы — золотые кубки, соболей и другие дорогие подарки, подобающие «царскому величеству». Борис отказался принять дары, кроме хлеба с солью, и всех милостиво позвал к царскому столу.

В Кремле Иов проводил Бориса в Успенский собор и там еще раз благословил на царство. Отслушав обедню в Успенском соборе, Борис пошел в Архангельский, где, припадая к гробам великих князей московских и царей, говорил со слезами: «Великие государи! Хотя телом от своих великих государств вы и отошли, но духом всегда пребываете неотступно и, предстоя перед Богом, молитву творите. Помолитесь и обо мне и помогите мне».

Из Архангельского собора Борис пошел в Благовещенский, оттуда — в царские палаты, а затем поехал обратно в Новодевичий монастырь к сестре. Потом Борис вернулся обратно в Кремль к патриарху Иову, долго разговаривал с ним наедине, после чего простился с ним и со знатным духовенством на время Великого поста и поехал жить в Новодевичий монастырь.

Великий пост и Пасху Борис провел с сестрой в монастыре, а 30 апреля, в праздник Жен-мироносиц, торжественно переехал в кремлевский дворец. Опять его встретили крестным ходом, в Успенском соборе патриарх надел на него крест митрополита Петра. Опять Борис обошел соборы, ведя за руку своих детей — сына Федора и дочь Ксению. Затем был дан большой обед для всех.

Однако торжественное венчание на царство было отложено. 1 апреля пришла весть, что на Москву собирается крымский хан. Такие походы крымцы производили периодически, с интервалом от одного до десяти лет. Борис приказал собрать большое войско. К началу мая русские войска заняли позиции на реке Оке. 2 мая Борис выехал из Москвы и отправился в Серпухов, где принял командование над войсками. Но татары не появлялись. Скрынников считает, что угроза татарского нашествия была мистифицирована Годуновым. Однако следует заметить, что в течение трех с лишним веков татары всегда прекращали набег, если против них выходило большое русское войско.

Во время стояния на Оке Борис ежедневно устраивал пиры для дворян, стрельцов и других категорий ратных людей. В каждом таком пиру участвовали тысячи людей. Празднества продолжались почти два месяца.

Вместо войска татарский хан Бора-Газы Гирей прислал послов к Борису. Татары увидели на берегу Оки целый город из белостенных шатров с невиданными башнями и воротами. 29 июня татарские послы поехали представляться Борису. Как сказано в летописи, когда послы ехали к нему, то на протяжении семи верст от их стана до царского по обе стороны дороги стояли пешие ратники с пищалями и разъезжали повсюду конные. Послы, увидев огромное войско и слыша беспрестанную стрельбу, так перепугались, что, придя к царю, от страха с большим трудом выполнили свою миссию. Царь Борис пожаловал их большим жалованьем, отпустил с большой честью и послал с ними большие дары хану. В тот же день Борис устроил большой пир для всего войска и отправился в Москву.

В Москву Борис въехал с большим торжеством, как будто одержал великую победу или завоевал целое царство. Патриарх с духовенством и множество народу вышли ему навстречу. Иов благодарил Бориса за совершение великого подвига, за освобождение христиан от кровопролития и плена. «Радуйся и веселися, Богом избранный и Богом возлюбленный, и Богом почтенный, благочестивый и христолюбивый, пастырь добрый, приводящий стадо свое именитое к начальнику Христу, Богу нашему», — говорил Иов. По окончании речи патриарх, духовенство и весь народ пали на землю, плакали и потом, встав, приветствовали Бориса «на его государеве вотчине и на царском престоле и на всех государствах Российской земли».

1 сентября 1598 года, на Новый год, Борис венчался на царство. В своей речи, произнесенной по этому случаю патриарху, Борис сказал, что покойный царь Федор приказал патриарху, духовенству, боярам и всему народу избрать кого Бог благословит на царство и что царица Ирина приказала то же самое, «и по Божиим неизреченным судьбам и по великой Его милости избрал ты, святой патриарх, и прочие, меня, Бориса».

Борис, принимая благословение от патриарха, громко сказал ему: «Отче великий патриарх Иов! Бог свидетель, что не будет в моем царстве бедного человека!» — и, тряся ворот своей рубашки, продолжал: «И эту последнюю рубашку разделю со всеми!»

Очень любопытен текст присяги новому царю. Присягнувший по ней, между прочим, клялся: «Мне над государем своим царем и над царицею и над их детьми, в еде, питье и платье, и ни в чем другом лиха никакого не учинить и не испортить, зелья лихого и коренья не давать и не велеть никому давать, и мне такого человека не слушать, зелья лихого и коренья у него не брать. Людей своих с ведовством, со всяким лихим зельем и кореньем не посылать, ведунов и ведуней не добывать на государское лихо. Также государя царя, царицу и детей их на следу никаким ведовским мечтанием не испортить, ведовством по ветру никакого лиха не насылать и следу не вынимать никаким образом, никакою хитростию. А как государь царь, царица или дети их куда поедут или пойдут, то мне следу волшебством не вынимать. Кто такое ведовское дело захочет мыслить или делать, и я об этом узнаю, то мне про того человека сказать государю своему царю или его боярам, или ближним людям, не утаить мне про то никак, сказать вправду, без всякой хитрости. У кого узнаю или со стороны услышу, что кто-нибудь о таком злом деле думает, то мне этого человека поймать и привести к государю своему царю или к его боярам и ближним людям вправду, без всякой хитрости, не утаить мне этого никаким образом, никакою хитростию, а не смогу я этого человека поймать, то мне про него сказать государю царю, или боярам и ближним людям».