Сторонник Шуйских боярин Ф. В. Шереметев не подвергся опале вместе с Шуйскими и сохранил боярский чин. Но в 1589–1590 годах, видимо, не без связи с делом Шуйских он был вынужден постричься в монахи.

Разгромив клан Шуйских, Борис дал ясно понять князьям Рюриковичам, что им и их сторонникам нечего и мечтать о престоле.

Управление Россией из коллегиального, как это было в 1584–1585 годах, постепенно переходит в единоличное правление Бориса Годунова. Естественно, это сказывается и на богатстве рода Годуновых. В 1584–1586 годах царь Федор жалует Борису и его родне десять вотчин. Отметим лишь пожалование в 1586 году Бориса большой северной волостью Вага.

Англичанин Горсей писал в 1589 году, что годовой доход Годуновых составляет 175 тысяч рублей, и они могли выставить в поле сто тысяч воинов. Цифры эти несколько преувеличены, но они показывают, по крайней мере, порядок богатства Годуновых.

Еще в 1586 году Борису Годунову пришла в голову мысль учредить патриаршество на Руси. Не будем спорить, чего больше хотел достичь Борис — величия России или усиления своей власти. С началом царствования Федора Борис не разделяет свои интересы с интересами России. Позднейшие историки, в значительной своей части настроенные враждебно к Годунову, не найдут ни одного поступка боярина, а затем и царя Бориса, совершенного в личных целях и шедшего вразрез с интересами государства.

Как известно, Русь приняла крещение от Византии. Главой Православной церкви был константинопольский патриарх. Русская митрополия первые три века своего существования рассматривалась в Константинополе как второстепенная периферийная епархия. Флорентийская уния 1438 года (попытка объединения с католиками) и, взятие в 1453 году Константинополя турками необратимо подорвали авторитет константинопольского патриарха. Одновременно Московское княжество стало мощным государством. Греческая церковь превратилась в иждивенку Москвы. В такой ситуации вполне понятно желание Москвы иметь своего патриарха рядом с единственным тогда православным государем — Царем всея Руси.

С учреждением патриаршества в Москве надо было спешить, так как польский канцлер Ян Замойский уже поднимал вопрос с константинопольским патриархом о переносе патриаршеского престола в Киев. Вспомним, что к началу XVII века чуть ли не две трети бывшей Киевской Руси с православным населением находилось в составе Речи Посполитой. Учреждение патриархии в Москве было не только задумано, но и лично исполнено Борисом Годуновым. В «черновой» работе ему помогали дьяки братья Андрей и Василий Щелкановы. Боярская дума и московский клир в этой трагикомедии выполняли лишь роль статистов. В 1588 году константинопольский патриарх Иеремия прибыл в Москву по приглашению Бориса. Кстати, это был первый визит константинопольского патриарха на Русь. Переговоры с патриархом затянулись более чем на полгода и велись исключительно Борисом и Щелкановыми. Хитрый грек приехал в Москву за щедрыми субсидиями, а о Московском патриаршестве поначалу и слышать не хотел. Казалось бы, ситуация безнадежная, так как учреждение патриаршества без согласия главы Православной церкви могло привести к расколу и смуте на Руси. Борис буквально шел по лезвию бритвы. Им был подкуплен один из спутников Иеремии архиепископ Элассонский Арсений. После очередных безрезультатных переговоров Иеремия в присутствии Арсения ляпнул, что патриарха в Москве он ни за что не поставит, а, в крайнем случае сам готов остаться в Москве патриархом. Арсений немедленно сообщил об этом Борису. Естественно, такой блестящий дипломат не упустил свой шанс. Московские приставы, охранявшие патриарха, начали просить его стать патриархом в Москве. Вроде бы по секрету передавали, что царь и бояре только и мечтают видеть Иеремию в Москве. Лесть вскружила голову Иеремии и он, не дожидаясь официального предложения, публично согласился учредить в Москве патриархию и самому стать во главе ее. Патриарх попал в ловушку Бориса. Царь Федор прислал официальную грамоту: «Будет похочет быти в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия, и ему быти патриархом в начальном месте во Володимире, а на Москве бы митрополиту по-прежнему; а не похочет… быти в Володимере, ино на Москве учинити патриарха из Московского собору».

Грек быстро навел справки и выяснил, что к тому времени Владимир стал захолустным городком. Иеремия категорически отказался. Борис и Щелкановы поочередно вели задушевные беседы с патриархом. Борис обещал Иеремии несметные сокровища в обмен на грамоту о «постановлении митрополита Иова патриархом». Понятно, что никто другой Борису был не нужен. А Щелкановы пояснили патриарху, что из Москвы он не уедет, пока не уступит. В конце концов грекам пригрозили утоплением в Москве-реке. Аргументы были неотразимы, и Иеремия уступил. 26 января 1589 года константинопольский патриарх возвел Иова на московский патриарший престол. За это Иеремии из царской казны отвалили небывало большую сумму на построение новой патриаршей резиденции и нового собора в Константинополе.

Не забывал Борис заручиться и поддержкой среднего духовенства. Семейство Годуновых давало огромные вклады, по тысяче и более рублей, в Троице-Сергиев, Соловецкий, Кирилло-Белозерский, Иосифо-Волоколамский монастыри. Таким образом, церковь в целом безоговорочно поддерживала Бориса.

15 мая 1591 года в Угличе погиб царевич Димитрий. Это событие стало прологом к Великой смуте начала XVII столетия. Уже много столетий историки спорят о причинах смерти Димитрия. Рассматриваются три основные версии.

Согласно первой версии царевич Димитрий был зарезан убийцами, нанятыми Борисом Годуновым. По второй версии он зарезался сам в припадке эпилепсии. По третьей версии семейство Нагих заранее узнало об опасности, грозящей Димитрию, и заменило царевича другим мальчиком.

Начнем с последней версии. В маленьком Угличе чуть ли не все горожане знали в лицо царевича. Читателю нет нужды напоминать, что представители знати всегда занимали привилегированное положение в церквах на службах, во всевозможных церковных и светских шествиях, праздниках и т. п. Наконец, как могли обознаться многочисленные мамки, няньки, мальчики — товарищи по играм, дворяне, представители городской администрации, видевшие труп младенца? А следственная комиссия из Москвы? Она что, тоже не осматривала труп убитого?

Бредовость третьей версий очевидна. Мало того, что реализация ее была технически невозможна, даже идея подмены не могла прийти в головы Нагих. И дело не в том, что это семейство отличала скудность умственных способностей. Предположим, у Нагих нашлись умнейшие советники, так разве они не продумали бы последствий подмены? Не нужно было иметь семи пядей во лбу, чтобы сообразить, что после убийства подставного ребенка последует ссылка или заточение Нагих. А как потом доказать, что царевич истинный? Ведь тогда московские правители могли без проблем объявить его самозванцем и посадить на кол без лишних разговоров.

Оппоненты могут возразить, мол, в 1605 году вся Россия поверила в чудесное спасение царевича Димитрия. По сему поводу хорошо сказал современник польский канцлер Ян Замойский: «Зарезали и не посмотрели кого, это что, Плавтова комедия?» А через два века Пушкин напишет:

К словам поэта можно добавить, что до «правды слов» самозванца не было дела ни московским боярам, ни обнищавшим дворянам южных городов, ни купцам и, само собой, ни холопам, мечтавшим избавиться от кабалы и вдоволь пограбить. Были, естественно, и люди, искренне верившие в чудесное избавление царевича, но и сейчас, в начале XXI века, имеется значительный контингент людей, готовых верить в плачущие иконы, в инопланетян, в оживление мамонтов, найденных в Сибири, и т. д.