Никита Романович не участвовал в Казанском походе. В 1559 году он получил чин окольничего, а в 1563 году стал боярином.

В начале Ливонской войны Никита Романович был воеводой (но не первым) в передовом полку, а затем — воеводой в сторожевом полку. В 1565 году Никита Романович служил воеводой в Кашире. А в 1572 году он вновь в Ливонии третьим воеводой в полку правой руки. Какие-либо сведения о победах или неудачах, за которые лично отвечал Никита Романович, отсутствуют, за исключением того, что в 1575 году отряд под его командованием взял Пернов — небольшой городок в Ливонии (ныне город Пярну).

Из Захарьиных-Яковлевых в Ливонской войне участвовал воевода боярин Иван Петрович Яковлев.

Дела в Ливонии шли плохо, и Иван Грозный, склонный от природы ко всяким мистификациям (мы еще расскажем о татарском царе Симеоне), решил учинить комедию с созданием «Ливонского королевства». На роль опереточного короля был приглашен герцог Магнус, владетель острова Эзель. Ливония, чай, не Эзель — островок 80 на 40 верст, и Магнус радостно принял предложение и в 1570 году приехал в Москву, где царь Иван объявил его королем ливонским и женихом своей племянницы Ефимии, дочери князя Владимира Андреевича.

В Москве Магнус дал присягу Ивану IV, согласно которой Магнус становился вассалом царя. Жителям Ливонии даровались все прежние права, вольности, суды и обычаи. Они сохраняли свою религию и даже получали право беспошлинно торговать в русских городах. Надо ли говорить, что вся эта оперетта была рассчитана на то, чтобы добиться поддержки хотя бы части населения Ливонии и успокоить польского и шведского королей. Не надо объяснять, что в случае удачи Грозный стал бы выполнять взятые обязательства. К Магнусу пристало несколько тысяч дворян и горожан, в основном из немцев, но подавляющее большинство населения разгадало хитрость Ивана и не делало различия между Магнусом и другими московскими воеводами.

21 августа 1570 года Магнус подошел к Ревелю с 25-тысячным русским войском и большим отрядом из немцев. Увещевательная грамота, посланная в Ревель, не подействовала, и Магнус начал осаду. Но голод жителям города не грозил, шведские корабли снабдили их всеми необходимыми запасами, и поэтому вынудить жителей сдаться не удалось.

Пальба осадной артиллерии также не причинила особого вреда ни укреплениям, ни самому городу. 16 марта 1571 года Магнус велел сжечь свой лагерь и бежал в Нарву. Пока шла осада, умерла невеста Магнуса Ефимия, но Иван не растерялся и предложил «королю» руку младшей ее сестры Марии. Магнус, не раздумывая, согласился, но на всякий случай удалился в свои владения на остров Эзель.

В конце концов Иван выдал свою племянницу Марию Владимировну за Магнуса, но дал Магнусу только городок Каркус, а назначенных за Марией в приданое денег не дал вовсе. Иван боялся, как бы Магнус на русские деньги не нанял бы войска и не стал бы действовать против русских.

Летом 1575 года русские взяли Пернов, при этом воевода Никита Романович Захарьин обошелся очень милостиво с жителями города, разрешил им со всем добром выйти из города, а что они не могли сразу взять с собой, то забрать после.

В январе 1577 года 50-тысячное русское войско осадило Ревель и опять не смогло его взять. «Король» Магнус вновь сражался на стороне русских, что, однако, не мешало Ивану подозревать «короля» в измене.

В начале 1578 года в боевых действиях наступил перелом — шведы осадили Нарву, а поляки вновь вторглись в южную Ливонию. Магнус перебежал на сторону поляков. В битве у города Венден поляки убили шесть тысяч русских, из восьми воевод четыре было убито, а остальные четверо взяты в плен.

В 1579 году в новгородскую землю вторглись шведы. Польский король Стефан Баторий взял Полоцк, а в следующем году — Велиж, Усвят и Великие Луки. 26 августа 1581 года 100-тысячное польское войско осадило Псков, где начальствовали двое бояр князей Шуйских — Василий Федорович Скопин и Иван Петрович. Шуйские успешно защищали город. Был отбит тридцать один штурм поляков, осажденные сделали сорок шесть вылазок.

Неудача под Псковом вынудила Стефана Батория пойти на мирные переговоры с Иваном Грозным.

5 января 1582 года в местечке Яме-Запольском было подписано перемирие с Польшей сроком на 10 лет. В переговорах участвовал посредник от Папы Римского Антония Поссевино. По условиям этого договора Россия уступала Польше всю Ливонию, Полоцк и Велиж на границе Смоленской земли, но сохраняла за собой устье Невы.

В августе 1583 года новгородские воеводы и шведский генерал Делагарди заключили перемирие на три года с условием, чтоб у обоих государств осталось то, чем владели они до сих пор. В результате за шведами остались русские города Ям, Иван-город и Копорье.

В 1560 году старые советники царя Сильвестр и Алексей Адашев были удалены из Москвы. Разрыв Ивана с ними состоялся осенью 1559 года еще при жизни царицы Анастасии, и инициатором разрыва была сама царица. Как позже писал Грозный: «За одно малое слово с ее стороны явилась она им неугодна, за одно малое слово ее они рассердились».

Адашев был отправлен в действующую армию в Ливонию, где был заключен в тюрьму в Дерпте. После двух месяцев заключения Адашев умер. Сильвестр удалился в Кирилло-Белозерский монастырь. По поводу Сильвестра царь писал: «Сыскав измены собаки Алексея Адашева и всех его советников, мы наказали их милостиво; смертной казнью не казнили никого, но по разным местам разослали. Поп Сильвестр, видя своих советников в опале, ушел по своей воле, и мы его отпустили не потому, чтобы устыдились его, но потому, что не хотели судить его здесь: хочу судиться с ним в вечной жизни, перед агнцем Божьим».

После неудачи со сватовством сестры польского короля Иван обратил свои очи на Восток и в 1561 году женился на девице Кученей, дочери кабардинского князя Темира Гуки (в русских летописях он именовался Темрюк Айдарович). Кученей перекрестили в Марию, но она так и осталась дикой черкешенкой — плохо говорила по-русски и отличалась вспыльчивостью.

По случаю вступления во второй брак Иван Грозный составил новое завещание, в котором закреплялся порядок престолонаследия и определялось имущественное положение новой царицы и возможных ее детей. В завещании также назывались имена душеприказчиков, которые должны были войти в опекунский совет при наследнике. Главными опекунами царевича Ивана Ивановича стали Данила Романович Захарьин, Василий Михайлович Захарьин, Иван Петрович Захарьин-Яковлев и Федор Иванович Колычев. Последний, кстати, был отдаленным родственником Захарьиных — основатель его рода Федор Александрович Колыч был внуком Андрея Кобылы и двоюродным дядей Захарьина-Кошкина. Рюриковичи князь А. П. Телятевский и кравчий князь П. И. Горенский-Оболенский занимали в совете подчиненное положение. Князь Телятевский был потомком князей Тверских-Микулинских. При дворе Телятевские служили по спискам «помещиков из Ярославля». Телятевский и Горенский-Оболенский были молоды и при Алексее Адашеве не занимали видных постов. Это и определило выбор царя Ивана.

Бояре-регенты целовали крест на верность царевичам и царице Марии. Они поклялись не искать себе государя «мимо» наследника и управлять страной по царскому завещанию, следуя тому, «что есми государь наш царь и великий князь написал в своей духовной». В тексте присяги говорилось: «А правити нам сыну твоему государю своему царевичу Ивану по твоей духовной грамоте».

Таким образом, в случае смерти Грозного вся полнота власти переходила в руки бояр Захарьиных. Однако и при его жизни регенты играли важную роль в жизни государства. Так, в мае 1562 года царь отправился в литовский поход и оставил «ведать Москву» своего восьмилетнего сына Ивана, а с ним бояр Данилу Романовича, Никиту Романовича и Василия Михайловича Захарьиных, Василия Петровича Захарьина-Яковлева и князя Василия Андреевича Сицкого (мужа Анны Романовны Захарьиной). Заметим, что «ведать Москвой» по тогдашней терминологии означало не заведовать городским хозяйством, а управлять всем Московским государством.