7 апреля 1612 года, почти сразу после занятия Ярославля, от лица земского ополчения по всем русским городам рассылаются грамоты. В грамотах, уже не стесняясь в выражениях, расписываются беззакония казаков Заруцкого и Трубецкого. Русские города призываются послать в Ярославль «изо всяких чинов людей человека по два», с ними собрать Земский собор и выбрать «по совету всего государства» царя, чтобы стоять с ним вместе «против общих врагов, польских и литовских, и немецких, и русских воров, которые новую кровь в государстве всчиняют». Грамота была подписана не одним Пожарским, а боярами В. П. Морозовым, В. Т. Долгоруким, окольничим С. В. Головиным, несколькими стольниками, дворянами и дьяками — всего 50 подписей.
Созыв Собора в обстановке смуты и хаоса — дело не недель, а долгих месяцев. Поэтому в Ярославле, не дожидаясь Собора, было создано земское правительство, управляющее уже большей частью России. В Ярославле возникли приказы (нечто типа министерств) — Поместный приказ, Монастырский приказ и др. В Ярославле был устроен Денежный двор, и началась чеканка монеты. Земское правительство вступает в переговоры с зарубежными странами.
Значительную роль в правительстве играл Кузьма Минин. Нижегородский мещанин получил необычный и внушительный титул — «Выборный всею землей человек».
Разумеется, кроме светской власти должна быть власть и духовная. Для созыва Большого собора нужно было время, а пока был создан Духовный совет, во главе которого был поставлен бывший ростовский митрополит Кирилл. Тот самый Кирилл, которого без особых оснований сместил с митрополии Гришка Отрепьев, дабы поставить туда своего благодетеля Филарета Романова. С 1606 года Кирилл проживал в Троице-Сергиевом монастыре. Выбор Кирилла не был случаен. В начале 1612 года в Москве от рук поляков принял мученическую кончину патриарх Гермоген. Филарета Романова, гостившего у польского короля в Ярославле, ни патриархом, ни митрополитом не считали. По церковному обычаю следующим по старшинству после патриарха считался новгородский митрополит, но новгородский митрополит Исидор был в шведском плену. За ним следовал казанский митрополит Ефим, но он был крайне необходим в Казани, а далее следовал по старшинству ростовский митрополит. Таким образом, была организована и своя церковная власть, и под рукой был почти неоспоримый кандидат в патриархи.
Ярославское правительство учредило и новый государственный герб, на котором был изображен лев. На большой дворцовой печати были изображены два льва, стоящие на задних лапах. При желании введение нового герба можно объяснить тем, что все самозванцы выступали под знаменами с двуглавым орлом — гербом русского государства — еще со времен Ивана III. Но с другой стороны — новый государственный герб был уж очень похож на герб князя Пожарского, где были изображены два рыкающих льва. Да и сам Пожарский теперь именовался «Воевода и князь Дмитрий Михайлович Пожарково-Стародубский».
Деятельность ярославского правительства начала приносить плоды. Даже отдаленные области Поморья и Сибири слали деньги и своих представителей в Ярославль.
Казалось, еще немного, и Земский собор изберет славного воеводу царем, а митрополита Кирилла — патриархом. Со смутой было бы покончено в течение нескольких месяцев. Вся история государства Российского могла пойти по другому пути.
Однако судьба распорядилась совсем иначе. В июле 1612 года войско гетмана Ходкевича двинулось на Москву. Перед Пожарским и Мининым возникла роковая дилемма — идти к Москве означало своими руками погубить план спасения государства, который был уже на грани успеха. Под Москвой волей-неволей придется сотрудничать с первым ополчением, признать его легитимность и делить плоды победы. А то, что собой представляла публика из первого ополчения, Пожарский и Минин знали не понаслышке. Не было никакого сомнения, что воровские казаки и впредь будут источником смут и потрясений. Но, с другой стороны, стоять в Ярославле и ждать, пока Ходкевич разгонит казаков и деблокирует войско Гонсевского, тоже было нельзя. Это скомпрометирует второе ополчение и особенно его вождей. Узнав о походе Ходкевича, многие казачьи атаманы из подмосковного лагеря писали слезные грамоты к Пожарскому с просьбой о помощи.
С аналогичной просьбой к Пожарскому обратились монахи Троице-Сергиева монастыря. В Ярославль срочно выехал келарь Авраамий Палицын, который долго уговаривал Пожарского и Минина.
Из двух зол пришлось выбирать меньшее, и Пожарский приказал готовиться к походу на Москву.
Однако Пожарского в первом ополчении ждали не все. «Боярин» Заруцкий люто ненавидел прославленного воеводу. По его указанию в Ярославль отправились двое казаков — Обреска и Степан. Там им удалось вовлечь в заговор смолян Ивана Доводчинова и Шанду, а также рязанца Семена Хвалова. Последний был боевым холопом князя Пожарского. Заговорщики решили убить Пожарского, когда он будет осматривать пушки на центральной площади Ярославля. В тесноте казак Степан попытался ударить князя ножом в живот, но промахнулся и попал в бедро стоявшего рядом ополченца Романа. Степана схватили, и на пытке он назвал своих товарищей, которые также во всем признались. Преступники были заключены в тюрьму. Позже часть из них отправили в Москву на «обличенье». Там они во всем покаялись и были прощены по просьбе Пожарского.
Понятно, с каким чувством после всего происшедшего Пожарский и ополченцы выступали в поход на Москву, где вместо союзников их ждали убийцы. Но откладывать поход было нельзя — приходили тревожные вести о приближении к Москве войска Ходкевича. Пожарский отправил передовые полки. Первым полком командовали воеводы Михаил Самсонович Дмитриев и Федор Левашов. Этот полк должен был подойти к Москве и, не входя в стан Трубецкого и Заруцкого, поставить себе особый острожек у Петровских ворот. Вторым полком командовали Дмитрий Петрович Лопата-Пожарский и дьяк Семен Самсонов. Этот полк должен был стать у Тверских ворот. Была еще одна причина спешить к Москве — надо было спасти дворян и детей боярских, все еще остававшихся в первом ополчении, от казацкой расправы.
В свое время украинские города направили в первое ополчение своих ратных людей. Теперь они стояли в Никитском остроге под Москвой и постоянно подвергались оскорблениям и угрозам со стороны казаков Заруцкого. Украинцы послали к Пожарскому в Ярославль дворян Кондырева и Бегичева с соратниками просить, чтобы ополчение отправлялось на Москву как можно скорее, чтобы спасти их от казаков. Когда посланцы увидели, в каком довольстве живут ратники второго ополчения, то не могли промолвить и слова от душивших их слез. Многие во втором ополчении лично знали Кондырева и Бегичева и теперь едва узнавали их — так жалко они выглядели. Им дали денег и одежду и отправили назад с радостным известием, что ополчение выступает к Москве. Заруцкий и казаки узнали, с какими новостями возвращаются Кондырев и Бегичев, и решили избить их. Дворянам удалось укрыться в полку Дмитриева, а остальные украинцы разбежались по своим городам.
Разогнав украинцев, Заруцкий решил преградить путь второму ополчению. Он отправил несколько тысяч казаков на перехват полка Лопаты-Пожарского. Однако после короткого боя дворянская конница разогнала воровских казаков.
Одновременно Заруцкий вступил в переговоры с Ходкевичем, войско которого остановилось у Рогачева. Стороны почти договорились о переходе Заруцкого к полякам, но в последний момент об этом стало известно в стане первого ополчения. Поляк пан Хмелевский убежал от Ходкевича и сообщил Трубецкому, что Заруцкий ведет переговоры с эмиссаром Ходкевича поляком Бориславским. Последний был схвачен и умер под пытками, а Заруцкий вместе с 2500 казаками в ночь на 28 июля бежал по Коломенской дороге. В Коломне жила Марина Мнишек с сыном. Заруцкий забрал их с собой, разграбил Коломну и ушел на Рязанщину, где обосновался в городе Михайлове.
В конце июля главные силы второго ополчения выступили из Ярославля, отслужив молебен в Спасском монастыре у гроба ярославских чудотворцев — князя Федора Ростиславича Черного и его сыновей Давида и Константина, взяв благословение у митрополита Кирилла и у всех властей духовных.
