Русских очень удивило, что они обошли молчанием приход в Японию командора Перри. «Вида не показывают, что американцы были у них в Едо, — писал в дневнике Гончаров. — Они думают, что мы и не знаем об этом; что вообще в Европе, как у них, можно утаить, что, например, целая эскадра идет куда-нибудь или что одно государство может не знать, что другое воюет с третьим». Но и явную неправду японцы тоже не говорили: чтобы не потерять лицо, как поняли моряки.

Большинство просьб русских также осталось без ответа. При этом японцы ссылались на вышестоящее начальство: якобы только оно могло решить тот или иной вопрос. Но свежую провизию пообещали доставить без промедления. И действительно, во время стоянки в Нагасаки моряки не нуждались в продовольствии, оно доставлялось на «Палладу» и «Восток» в достаточном количестве: с берега через голландцев или же транспортом «Князь Ментиков» из Шанхая, до которого от Нагасаки было всего трое суток плавания. Погода держалась отличная, здоровье офицеров и матросов было удовлетворительным. На обоих русских судах ежедневно проводились учения: то парусные, то артиллерийские. 6 сентября 1853 г. во время учений произошел несчастный случай: матрос 23-го экипажа Борисов при поднятии парусов упал по собственной неосторожности с фор-салинга на палубу и при падении получил переломы костей с признаками сотрясения мозга, отчего через несколько часов умер.

У офицеров и гардемаринов был свой распорядок. Они занимались описью Нагасакского порта и береговых укреплений, составляя при этом карту. В их повседневные обязанности также входили чтение и переводы с иностранных языков. Кроме того, они совершенствовались в управлении гребными судами, катаясь ежедневно по обширному, живописному и превосходному в морском отношении Нагасакскому заливу. Японцы относились к этому весьма неодобрительно, даже пытались на своих лодках мешать им. Если моряки уходили далеко в море, то японцы принимались махать руками, требуя возвращения. В конце концов офицеры не выдержали: японцам объявили, что если их лодки будут подходить близко к русским судам, то их отведут силой дальше. Путятин тоже приказал объявить, что моряки «и так много делают снисхождения, исполняя их обычаи: не ездят на берег; пришли в Нагасаки, а не в Едо, тогда как могли бы сделать это, а они не ценят ничего этого, и потому кататься будем».

Моряки видели, что Нагасаки «представляет много выгод в морском отношении, имея обширные и безопасные рейды и покойную гавань для стоянки судов и исправления всякого рода повреждений. Находясь в руках какой-либо образованной нации, он, в короткое время, занял бы одно из первых мест в ряду приморских городов». Но крепостные сооружения Нагасаки, по мнению русских офицеров, совершенно не соответствовали современным требованиям фортификационного искусства: «При первом взгляде на батареи, и помещенных на них орудий покажется достаточным для отражения значительной морской силы; но при внимательнейшем рассмотрении нагасакских укреплений окажется, что японцы не имеют понятия ни об инженерном, ни об артиллерийском искусстве».

Моряки пытались уговорить губернатора отвести им место на берегу для проверки хронометров и для магнитных наблюдений, а заодно и для прогулок экипажа, но не добились успеха. Впрочем, они скоро поняли, что губернатор Нагасаки обладал весьма ограниченными правами: даже такой вопрос, принимать или не принимать послания или подарки от русских, решал не он, а столичные власти. Когда Путятин вручал губернатору письмо российского государственного канцлера графа Нессельроде для передачи в японский Верховный Совет, тот прочел полученное им из Эдо повеление, в коем разрешалось принять письмо и уведомить русских, что «ответ на оное в скором времени последовать не может». Незадолго до этой встречи скончался сёгун, что, по мнению японца, значительно замедлит получение ответа. Высказав официальное соболезнование от имени российского правительства, Путятин дал понять губернатору, что если в шестинедельный срок со времени получения письма он не получит ответа, то будет действовать согласно данным ему инструкциям, то есть отправится самостоятельно в столицу Японии.

Целый месяц потребовался для того, чтобы добиться перевода «Паллады» поближе к берегу. Губернатор наконец прислал ответ, что если русские желают, то могут встать на внутренний рейд, но не очень близко к берегу, чтобы не мешать движению японских лодок на пристани. В этом разрешении моряки усмотрели некоторый умысел: «Лишь только фрегат вошел бы в проход, японцы выстроили бы линию из своих лодок позади его и загородили бы нам второй рейд, на котором нельзя было бы кататься на шлюпках; а они этого и добивались. Но мы поняли и не согласились. А как упрашивали они, утверждая, что они хлопочут только из того, чтоб нам было покойнее!»

Путятин же хотел, чтобы русские суда растянулись: корвет встал при входе на внутренний рейд, шхуна и транспорт поместились в самом проходе, а фрегат остался бы на втором рейде, чтобы удержать его за собой. 19 сентября «Паллада» и «Восток» перетянулись на новое место. Для буксировки судов пришло 180 японских лодок, вставших вплотную к фрегату. «Гребцы, по обыкновению, голые, — отметил очевидец, — немногие были в простых, грубых, синих полухалатах. Много маленьких девчонок (эти все одеты чинно), но женщины ни одной. Мы из окон бросали им хлеб, деньги, роздали по чарке рому: они все хватали с жадностью».

25 сентября исполнился ровно год, как на «Палладе» подняли флаг и она вышла на кронштадтский рейд. По поводу годовщины начала похода на судне устроили праздник, включавший в себя молебен и большой обед.

Приглашены были и японцы: приехал Хагивари-Матаса, старший из баниосов, только что прибывший из Эдо с новым губернатором, а также новый, тоже из Эдо, переводчик Эйноске.

В октябре нагасакский губернатор сообщил Путятину о доставке его писем по назначению, а 7 ноября на «Палладу» явились губернаторские чиновники с письменным извещением, что из Эдо в Нагасаки для переговоров с русскими скоро прибудут важные сановники. Путятин решил, что раньше, чем через месяц, встреча не состоится, и, сочтя бесполезным оставаться все это время в Нагасаки, решил отправиться в Шанхай. Японцы, узнав об этом, забеспокоились. После обеда на «Палладу» явились представители губернатора и сообщили, что хотя губернатор и не имеет разрешения из Эдо, но берет ответственность на себя и отводит русским место на берегу. К вечеру приехали уже с конкретным предложением обосноваться в бухте Кибач, которую занимал прежде посланник Резанов. Адмирал тотчас отправил Пещурова, Корсакова и Гошкевича осмотреть место. Те возвратились недовольные, сказав, что место не годится: никакой растительности, песок да каменья. Японцы, получившие отказ, вскоре вернулись с ответом губернатора. Тот, судя по всему, рассердился и сообщал, что другого места он предложить не может.

Через два дня, 11 ноября, моряки заметили, что на берегу бухты Кибач столпились японцы, среди которых выделялись баниосы. Они что-то рассматривали, измеряли, втыкали колышки: всем стало ясно, что для русских готовится другой участок. Он был получше первого, с зеленью, но то были посевы риса и овощей, разместиться среди которых было невозможно. Губернатор, узнав, что и это место отвергается, отвечал, что больше у него нет никаких прав. Указанный же русскими участок принадлежит князю Омуре, и посягать на него он не может. После обеда «Паллада» и «Восток» в сопровождении корвета «Оливуца» снялись с якоря на Шанхай. Перед уходом Путятин объявил губернатору, что если по возвращении в Нагасаки не встретит уполномоченных из Эдо, то сразу отправится туда.

В Шанхае Путятин собирался запастись углем и свежей провизией на несколько месяцев, а также произвести ремонт судов, особенно шхуны «Восток», возвратившейся 3 ноября из Татарского пролива. Кроме того, адмиралу важно было узнать, что делается в Европе, не началась ли там война. В течение месяца все намеченное удалось выполнить. Ремонтные работы произвели в местном доке при участии мастеровых «Паллады», и шхуна выглядела заметно подновленной. 17 декабря 1853 г. русская эскадра взяла курс на Нагасаки, куда пришла через пять дней.