Морской дом строился и существовал исключительно на частные пожертвования, и поиск благотворителей шел постоянно. Этим занимался попечительский совет. Пожертвования во Владивостоке собирал командир Владивостокского порта контр-адмирал Н. А. Гаупт, в Японии к сбору средств подключился владыка Николай. В своем дневнике он записал: «Нагасакский консул князь Гагарин пишет, что предпринятый им матросский дом почти готов, что ныне задумывает еще постройку и основание русской школы в Нагасаки для русских детей, и вместе — для образования из японцев и переводчиков; просит советов на этот предмет». Николай II, пожертвовавший пять тысяч рублей для церкви в Нагасаки, столько же выделил и для Морского дома. Для обустройства нового заведения многое сделал лейтенант Михаил Михайлович Веселкин. Внушительную сумму, 2000 руб., принес благотворительный концерт в Токио, устроенный женой посланника А. П. Извольского. Она написала около 500 пригласительных писем, и на них охотно откликнулись как русские, так и некоторые японцы. К сожалению, сами моряки не особо отличились участием в этом благом деле.

Претворить в жизнь свой проект по созданию русской школы князь А. А. Гагарин по разным причинам не смог. Тем не менее в начале января 1902 г. на одном из зданий Нагасаки появилась вывеска «Russian School». Эту первую русскую школу в Японии открыл Николай Васильевич Машкевич, а освящение ее совершил игумен Вениамин. Русский язык был одним из первых иностранных языков, с которым познакомились японцы. Большую роль в распространении интереса к нему среди жителей Нагасаки сыграла стоянка «Аскольда», и попытки открыть здесь школу русского языка предпринимались неоднократно. В Нагасаки была отправлена и часть тиража «Русской азбуки» (Россия но ироха), составленной и напечатанной в 1861 г. в Хакодате Иваном Маховым. Тогда здесь обучались русскому языку сорок японских мальчиков. Очень часто русские занимались репетиторством, имея семь — восемь учеников. Некоторое время в Нагасакской высшей коммерческой школе (Nagasaki High Commercial School) преподавал В. В. Попов (W.W. Popoff).

Н. В. Машкевич окончил юридический факультет Новороссийского университета. После учебы он работал преподавателем математики в Ришельевском реальном училище в Одессе, потом около десяти лет преподавал в Хабаровске, пока не перебрался в Японию. Найти помещение под школу было непросто. Отношение к русским уже стало меняться в худшую сторону. «Интересен также разговор с вице-губернатором по поводу школы, где вице-губернатор, между прочим, сказал, что между японцами существует убеждение, распространяемое и поддерживаемое англичанами, что раз японец принял православную веру, то он делается русским подданным и больше для Японии не существует». Несмотря на это предубеждение, Машкевич все же добился своего, сумев открыть Русскую школу. Вероятно, она закрылась во время Русско-японской войны.

Владивостокский путеводитель тех лет отмечал: «Большое значение имеет для нас порт Нагасаки, в котором уже перебывали десятки тысяч русских людей на пути из Европейской России, из Порт-Артура, а главное дело, приезжавших сюда лечиться. Здесь постоянно проживает много русских, о чем свидетельствуют даже многочисленные вывески на русском языке, а также основанный для бесприютного русского люда Морской дом. Здесь весьма многие японцы говорят по-русски, а по другую сторону бухты имеется так называемая русская деревня Инаса, где находят постоянный приют наши матросы и простолюдины, где бегают немало полурусских, полуяпонцев Митек, Андрюшек и т. д.».

Увы, Инаса давала приют и другого рода. В 1896 г., на самое Рождество, на Русском кладбище хоронили Ивана Павлова, музыкального квартирмейстера 1-й статьи хора музыкантов начальника экспедиции Тихого океана команды крейсера «Рюрик». 9 февраля того же года в возрасте 25 лет умер Никита Варфоломеевич Дутов. В 1898 г. скончались два русских матроса: Иван Шунин с «России» и Алексей Севастьянов с «Сивуча». На следующий год троих членов экипажа не досчитался крейсер «Рюрик»: Александра Попова, Максима Прохорова и Алексея Васильченко. На крейсере «Память Азова» умерли двое: Омзеле Маутолей и Филипп(?). Понесла потери и канонерская лодка «Кореец»: не стало Владимира Подваркова и Николая Емельянова.

Мария Ивановна Троицкая скончалась 1 июля 1898 г. 38 лет. В 1899 г. умерли губернский секретарь 29-летний Дмитрий Иванович Волосевич и трехлетний Георгий Скуратов. Михаил Иванович Овчинников, 28-летний мещанин из г. Ветлуги, и Николай Григорьевич Рагулин, 35-летний мещанин из г. Рыльск, скончались в один день, 11 декабря 1900 г. История умалчивает о том, что случилось с ними.

В 1902 г. в Инасе появились новые могилы: командора броненосца «Сысой Великий» Дениса Кокина (5 января), матроса крейсера «Громобой» Ефима Петрова (8 марта), казака Верхнеудинского полка 5-й сотни Даржапа Балгинова (28 апреля), отставного коллежского регистратора Филиппа Котлярского (9 июня), машиниста броненосца «Пересвет» Феодора Домашева (31 июля), кочегара парохода «Аргунь» Франца Петерсона (1 ноября), техника из г. Хабаровска И. И. Михайлова (23 ноября) и матроса броненосца «Полтава» Тимофея Муравьева (8 декабря). В 1903 г. скончались кочегар парохода «Шилка» Василий Смирнов (17 января) и титулярный советник Квантуйского флотского экипажа Иннокентий Иванович Горностаев (8 ноября).

Русских людей, умерших в Нагасаки, не всегда хоронили на Русском кладбище в Инасе. Некоторых увозили на родину. Так, перевезли во Владивосток и захоронили в ограде Покровского храма прах Владимира Павлиновича Пьянкова, ушедшего из жизни 28 февраля 1903 г. Он приехал в Нагасаки лечиться от туберкулеза, но болезнь, видимо, зашла слишком далеко.

Уже в первые годы пребывания в Нагасаки русского флота там стали появляться рестораны русской кухни. Самым известным считался ресторан «Волга» (Volga), расположенный в Инасе на Shiga-no-Hatowariishi. Его владелицей была знаменитая О-Матцу (Moro'oka Matsu), некогда известная нагасакская гейша, а посещали заведение в основном русские моряки. Обстановка ресторана была европейской, со столами и стульями, подавали в нем русскую еду, но он располагался в старом японском доме, и это придавало заведению восточный колорит, что нравилось иностранным посетителям.

Известно, что Николай Второй во время своего визита в Нагасаки познакомился с О-Матцу, когда та была гейшей. Сохранился ее своеобразный портрет — в виде куклы в натуральную величину, которую преподнес наследнику перед отплытием из Японии знаменитый мастер Кавасима Дзимбей II. Считается, что этот подарок был изготовлен мастером по инициативе императора Японии после инцидента в Оцу, но поскольку он носил чересчур неофициальный характер, решили, что куклу подарит Дзимбей. Николай познакомился с мастером 28 апреля 1891 г. в пригороде Киото, где находилась его фабрика. Мастер встретил наследника одетым во фрак и сам давал объяснения на французском языке.

Их знакомство имело продолжение: Дзимбею позднее пожаловали почетное звание поставщика Двора Его Императорского Величества, а еще позже наградили орденом Св. Станислава. Произведения Дзимбея произвели сильное впечатление на наследника престола. Так случилось, что ковер его работы с изображением конных самураев, стрелявших из луков по бегущим собакам, стал прощальным подарком императора Мэйдзи цесаревичу Николаю, ибо идея этого подарка возникла после трагического события в Оцу. Ковер дополнили специальным бордюром с изображением императорских гербов — японской хризантемы и российского двуглавого орла. Самой знаменитой работой Дзимбея стало оформление зала Административного совета во Дворце Мира в Гааге, так называемой «Японской комнаты».

Именно маленькие гостиницы с ресторанами при них становились прибежищем большинства русских офицеров, вынужденных коротать дни в Нагасаки во время зимней стоянки или заходов в этот порт для отдыха или ремонта. Зачастую, как и «Волгу», их содержали бывшие гейши, хорошо знакомые со вкусами и пристрастиями посетителей. «Таким образом, — писал очевидец, — Инаса выросла и превратилась в одно громадное заведение с названиями гостиниц «Оматсу», «Очие», «Фукуда» и другие; разница этого заведения от обыкновенного публичного дома заключается лишь в том, что в Инаса дела вершатся на семейном положении, а именно: каждый гость получает временно жену-наложницу. Дела обыкновенно оканчивается через посредство и под санкцией милой Оматсу-сан, а довольно часто оканчиваются и довольно таки плачевно для господ клиентов, им приходится уезжать с пожизненными «орденами Венеры». Русские моряки сумели завоевать и отстоять этот знаменитый уголок в Японии, куда они приезжают полечиться или отдохнуть от тяжелых трудов на эскадре. Никто из иностранцев не сует туда носа, да если бы и да, то успеха не имел бы. Русский моряк гораздо приятнее и желательнее, чем иностранец, у него все нараспашку; последний рубль и тот ребром, не препятствуй лишь моему нраву. А раз карман наизнанку, то милая Оматсу-сан готова выложить душу».