Помимо тех, кто выступал открыто против правительства Линкольна, в тылу северян действовали тайные сторонники южан. Члены подпольной организации «Рыцари Золотого Круга» совершали ночные налеты на военные объекты северян, поджигали жилые поселки.
На Юге же действовала тайная организация северян «Герои Америки», оказывавшая помощь Северной армии. Особенно активной были выступления негров в тылу южан. В штатах Кентукки, Миссисипи негры сжигали дома своих хозяев, общественные здания, хозяйственные постройки.
В этой обстановке легко распространялась шпиономания. Герой рассказа Марка Твена «Любопытное происшествие», говоря о временах гражданской войны, вспоминал: «На Севере тогда конца не было слухам о шпионах мятежников, — говорили, что они проникают всюду, чтобы взрывать наши форты, поджигать наши гостиницы, засылать в наши города отравленную одежду и прочее в том же роде». В обстановке всеобщей подозрительности правительство северян принимало меры, шедшие вразрез с конституционными нормами страны. Хотя А. Линкольн вошел в американскую историю как символ борьбы за демократию, его правительство разрешило, чтобы лиц, «подозреваемых в нелояльности и шпионаже, арестовывать и содержать в военных тюрьмах без суда в течение неопределенного времени». Десятки тысяч людей были арестованы и заключены в тюрьмы. Аналогичные меры и по схожим причинам предприняло и правительство Конфедерации.
Для таких действий были известные основания. Бойцы невидимого фронта продолжали наносить удары своим противникам даже после окончания войны, которая завершилась падением столицы южан Ричмонда и капитуляцией генерала Ли перед генералом Грантом под Аппоматоксом 9 апреля 1865 года. Через пять дней 14 апреля президент Линкольн был убит участником тайного заговора южан актером Бутсом. Новым 17-м президентом стал масон Эндрю Джонсон (15 апреля 1865 — 4 марта 1869).
Победу Севера приветствовали во многих странах мира. Для Севера же победа означала торжество того способа производства, который господствовал в этой части страны и успех предприимчивых янки над южной аристократией. Страна сохранила единство. Ликвидация рабства освободила не только 4 миллиона негров, но и производительные силы страны. После гражданской войны страна вступила в период бурного экономического развития. С I860 по 1870 год общая стоимость промышленной продукции увеличилось с 1 885 862 до 3 385 860 долларов. Численность рабочего класса возросла за эти годы с 1311 тысяч до 2733 тысячи человек. Лишь за период с 1867 по 1873 год в стране было сооружено 54 тысячи километров железных дорог.
Однако победа Севера была достигнута тяжелой ценой. В «Истории XIX века» говорилось: «По официальным докладам за 1865–1866 годы, война обошлась Северу в 280 000 человек, из коих 5220 офицеров и 91 000 солдат пали в боях или умерли от ран, а 2320 офицеров и 182 000 солдат умерли от болезней. Эти цифры, вероятно, ниже действительности. Что касается убитых и раненых южан, то их число никогда не было официально установлено». Как и в предыдущих войнах, американские солдаты гибли прежде всего от болезней.
Север понес и немалые материальные потери. В «Истории XIX века» говорилось, что «в финансовом отношении последствиями войны для Союза явились долг в 3 миллиарда долларов и введение строго протекционистского таможенного тарифа».
Южные же штаты, ставшие зоной боевых действий в течение 4 лет, были разорены войной. Эти трудности были усугублены развалом плантационного хозяйства после ликвидации рабовладения. X. Зинн писал: «После того, как рабы, стоимостью в миллиарды долларов, ушли, богатство Юга было уничтожено. Теперь Юг ждал помощи от федерального правительства». Однако в 1865 году северяне полностью контролировали федеральное правительство и поэтому игнорировали интересы Юга. Зинн писал: «В 1865 году Соединенные Штаты потратили 103 294 501 доллар на общественные работы, но Юг получил лишь 9 469 363 доллара. Например, Огайо получило миллион долларов, а Кентукки, его сосед к югу через реку, лишь 25 тысяч. В то время как Мэн получил 3 миллиона, Миссисипи получил 136 тысяч. В то время как было выделено 83 миллиона на субсидирование железных дорог «Юньон пасифик» и «Сентрал пасифик», что привело к созданию трансконтинентальной дороги через Север, подобную субсидию Юг не получил».
«Реконструкция» Юга сопровождалась его разорением. Северяне вели себя на Юге как оккупанты. Люди, возглавившие местную администрацию в южных штатах, беззастенчиво грабили край. В январе 1866 года один из персонажей романа «Унесенные ветром» сообщает Скар-летт О'Харе, что городом «управляет лихая банда из республиканцев, scallawags и carpetbaggers». Об этих загадочных персонажах говорится и в «Истории XIX века». Там сказано, что «бывшие рабовладельческие штаты» управлялись «carpetbagger'a и scallawag'a (северными авантюристами, вступившими в союз с негритянскими политиками)». Про «carpetbaggers» (буквально — саквояжники) говорили, что они прибывали на Юг с почти пустыми саквояжами, а возвращались на Север богачами. Слово «scallawag» означает «мошенник», «негодяй», «прохвост».
На первых порах северян на Юге активно поддерживало негритянское население, поверившее в возможность реализации своих требований. Однако, как замечал У. Фостер, «победившие капиталисты Севера боялись освободить негров по-настоящему. Они достигли своей основной цели, нанеся военное поражение плантаторам, лишив их власти над федеральным правительством и сковав Юг экономическими оковами. Они совершенно не сочувствовали разумному требованию негров дать им «сорок акров и одного мула» и предоставить все гражданские права. Капиталисты Севера не желали создавать прослойку зажиточных негров-фермеров и рабочих… Победивший Север приступил к перестройке побежденного Юга на свой лад… Северные капиталисты, крепко держа в своих руках федеральное правительство, проводили законы о тарифах, налогах, железных и др., ставившие южные штаты в неблагоприятные условия, всячески ограничивали размах и характер промышленного строительства на Юге, используя политических деятелей Юга в качестве своих марионеток».
Между тем на Юге стало разрастаться движение белых плантаторов, разоренных после своего поражения. Была создана террористическая расистская организация ку-клукс-клан, приступившая к террору против негритянского населения. Негров линчевали, их дома сжигали. Только в мае 1866 года в городе Мемфис (Теннеси) ими было убито 46 негров, главным образом ветеранов гражданской войны. Там же куклуксклановцы сожгли 90 домов, 12 школ и 4 церкви в негритянских кварталах. Летом 1866 года в Новом Орлеане расисты убили 35 негров. С 1867 по 1871-й в Кентукки куклуксклановцы совершили 116 нападений на негров, чуть ли не каждое из которых сопровождалось линчеванием.
Победа Севера в гражданской войне и временные действия по обеспечению представительства черного населения в законодательных органах штатов и всей страны в период «Реконструкции» не положили конец расовой дискриминации на Юге, которая вскоре приобрела изощренные и эффективные формы. Негры бежали от преследований на Север, но и там распространялись расистские предрассудки, а вместе с ними — расовая дискриминация и дикие расправы над неграми. Зинн замечал: «В период между 1889 и 1903 годом в среднем раз в неделю линчевали двух негров — их вешали, сжигали, калечили на всю жизнь». В статье «Соединенные Линчующие Штаты», написанной в 1901 году, Марк Твен констатировал: «Суд Линча уже добрался до Колорадо, до Калифорнии, до Индианы и теперь — до Миссури! Вполне возможно, что я доживу до того дня, когда посреди Юнион-сквера в Нью-Йорке, на глазах пятидесятитысячной толпы, будут сжигать негра, и ни одного представителя закона и порядка не будет поблизости».
Еще одним следствием гражданской войны стала неспособность многих белых южан оправиться духовно после поражения. Как свидетельствует американская литература, погруженные в ностальгию по ушедшим временам, многие аристократические роды Юга, ощущавшие себя «унесенными ветром», медленно вырождались.