Проблема заключается в том, что фирма Рыбина в середине 1990-х годов заключила договор с Восточной нефтяной компанией (ВНК) о поставках ей нефти. В 1997 году в результате приватизации контрольный пакет акций ВНК достался «ЮКОСу». Новые хозяева ВНК прекратили поставки нефти фирме Евгения Рыбина. Он подал на них иски в Международный арбитражный и Гаагский суды. После этого на него начались покушения. При этом, по словам Рыбина, служба безопасности «ЮКОСа» вела за ним непрерывное наблюдение. Кроме того, к 1998 году относится еще ряд уголовных дел, в которых фигурируют руководители «ЮКОСа»: убийство мэра Нефтеюганска Владимира Петухова, убийство в том же городе предпринимателя Николая Филиппова, убийство в Москве генерального директора фирмы «Томск-Нефть-Восток» Александра Берлянда.

Еще одно дело Генеральная прокуратура возбудила в июле 2003 года. Оно связано с покупкой «Роснефтью» на Лондонской фондовой бирже 98 % акций зарегистрированной в Великобритании компании AS0C. Этой компании принадлежат лицензии на разработку Ванкорского и Северо-Ванкорского месторождений в Красноярском крае. Когда «Роснефть» объявила оферту на выкуп акций AS0C, менеджмент британской компании договорился с «ЮКОСом» о продаже 19 % акций компании «Енисейнефтегаз». После того как в AS0C пришел подконтрольный «Роснефти» менеджмент, он попытался расстроить эту сделку, как нарушающую правила Лондонской биржи (в момент объявления оферты менеджмент не имеет права проводить никаких сделок с активами компании). Однако «ЮКОС» отказался вернуть акции «Енисейнефтегаза». Президент «Роснефти» написал письмо в Генеральную прокуратуру с просьбой разобраться в этом деле. После этого представители «ЮКОСа» стали обвинять «Роснефть» в использовании силовых структур для оказания давления на конкурентов. По мнению «ЮКОСа», «Роснефти» следовало обратиться со своим делом в Арбитражный суд, а не в Генеральную прокуратуру.

Наконец к атаке на «ЮКОС» подключились сторонники «силовиков» в правительстве, а именно, Министерство природных ресурсов. Минприроды пошло на тонкий ход, нанеся удар не по самой компании Ходорковского, а по наиболее вероятному ее покупателю— концерну Shell. 23 июля Министерство природы РФ вынесло решение о приостановке хозяйственной деятельности Salym Petroleum Development — компании, созданной в 1996 году Shell и российской «Эвихон» (82 % акций принадлежит Sibir Energy). Компания Salym Petroleum Development образована для разработки группы Салымских месторождений, расположенных на территории Ханты-Мансийского автономного округа. Лицензия на право разработки этих месторождений выдана осенью 1998 года.

Запасы входящих в группу Западно-Салымского, Верхнесалымского и Ваделыпского месторождений оцениваются в 80–120 млн. тонн. Потенциальный объем инвестиций в их разработку, по заявлению гендиректора Sibir Energy Генри Камерона, составляет 1 млрд. долларов. Только в разработку Западно-Салымского месторождения в ближайшие три года планируется вложить 700 млн. долл., из которых 100 млн. должны быть инвестированы в 2003 году.

С одной стороны, конфликт Salym Petroleum Development с Минприроды имеет предысторию. Shell, завладев лицензией, не торопилась реализовать ее, несмотря на недовольство местных властей и Минприроды, так как рассчитывала заключить с правительством соглашение о разделе продукции. Но кабинет пересмотрел отношение к режиму СРП с иностранными компаниями, сочтя его невыгодным для государства и утратившим значение в силу стабилизации российской экономики и снижения политических рисков. Удостоверившись в невозможности заключения сверхвыгодного соглашения, партнеры наконец активизировались в декабре 2002 года. Сначала Salym Petroleum Development на общих условиях начала разработку Верхнесалымского месторождения, а в апреле намеревалась приступить к освоению Западно-Салымского.

Но начало освоения почти совпало с проверкой службы контроля в сфере природопользования и экологической безопасности Минприроды, проведенной в конце марта — начале апреля. Не исключено, что оживление и было вызвано информацией о грядущей проверке. По ее результатам компании Salym Petroleum были предъявлены претензии в связи с нарушением условий пользования недрами по срокам составления проектных документов, инвестиционных обязательств, подготовки инфраструктуры, введения месторождений в промышленную разработку, выполнения установленных уровней добычи, выполнения геологоразведочных работ, соблюдения при родоохранных требований.

7 июля Минприроды уведомило компанию о возможной приостановке деятельности SPD на Верхнесалымском месторождении, так как компания-разработчик не полностью выполнила план развития месторождений, утвержденный в 1997 году. В уведомлении, полученном 23 июля, уже говорится об отзыве лицензии на все три месторожде-ния Салымской группы Жесткость позиции Минприроды объясняется тем, что за 9 лет (конкурс на право стать партнером «Эвихона» по разработке Салымских нефтяных месторождений Shell выиграла в 1993 году) Salym Petroleum Development выполнила весьма малый объем работ Кроме того, несмотря на громкие обещания руководства Sibir Energy, объем инвестиций за 2002 год составил лишь 34 % от запланированного — всего 12,9 млн. долларов.

С другой стороны, руководство Минприроды связано с «петербургскими силовиками» и полностью поддерживает их проекты в сфере топливно-энергетического комплекса. В частности, глава ведомства Виталий Артюхов считает справедливым ужесточение требований к частным компаниям, получающим лицензии на разработку сырьевых месторождений. По этой причине события вокруг Салымских нефтяных месторождений могут быть сигналом, адресованным Shell, — «силовики» показывают концерну, что покупка «ЮКОСа» рискованна. «Силовая» группировка демонстрирует, что готова применять административный ресурс не только против российских собственников, но и против транснациональных корпораций.

«Силовики» пытались помешать и слиянию российских активов ТНК и нефтяной компании ВР. В конце июля близкий к «силовикам» президент «Роснефти» Сергей Богданчиков заявил, что возражает против передачи доли ВР в совместном с его компанией проекте «Сахалин-5» новому концерну BP-ТНК. Кроме того, в российских СМИ появились сообщения о том, что ВР задумывается о целесообразности завершения сделки с ТНК. Однако это слияние остановить не удалось. Зато «дело «ЮКОСа» развивалось полностью по сценарию «силовиков». В октябре 2003 года начался новый акт «нефтяной драмы».

25 октября 2003 года «силовики» окончательно перешли Рубикон. В этот день в новосибирском аэропорту Толмачево по обвинению в хищении чужого имущества в крупном размере путем обмана в составе организованной группы и неуплате налогов в особо крупном размере был арестован глава «ЮКОСа» Михаил Ходорковский. Вскоре после задержания Ходорковского был наложен арест на 44 % акций компании.

Задержание Ходорковского вызвало настороженную реакцию делового сообщества и, соответственно, фондового и валютного рынков. Последние сразу отреагировали снижением котировок большинства акций и ростом курса доллара.

Стало ясно, что номенклатурно-политическая группировка «петербургских силовиков» взяла курс на окончательное выдавливание «старомосковской» элиты из высших эшелонов власти и перехват собственности, которая находится под ее патронажем. Не случайно в «деле «ЮКОСа» появились политические жертвы — уже 30 октября была принята отставка руководителя администрации президента Александра Волошина — одного из лидеров «старо-московской» группировки.

Ситуация, достигнув апогея, вынудила Путина публично обозначить свою позицию. 27 октября президент категорически заявил, что торга по поводу «ЮКОСа» не будет. Таким образом, Путин дал понять, чью позицию он поддерживает в разгоревшемся конфликте. В то же время президент указал, что дело «ЮКОСа» — не прецедент и не повод для начала масштабной кампании по переделу собственности. Тем самым он прямо исключил массовую деприватизацию.