Участие войск и органов НКВД в ликвидации националистических бандитских формирований на территории Прибалтийских республик требовало особых морально-политических и боевых качеств от всего личного состава. Военнослужащим и оперативным работникам, направленным в эти области пришлось соприкоснуться с новым образом «врага», каким являлись бандиты, прославившиеся своей жестокостью. Это болезненно воспринималось личным составом и требовало переосмысления происходящего, усиления политической и психологической работы в частях и подразделениях.

Пережитый народами СССР и Европы период с июня 1941 по май 1945 годов справедливо историками и политиками оценивается как предкатастрофический для мировой цивилизации. Действительно, планируемые германским фашизмом цели и их практическое осуществление убедительно свидетельствуют о том, что миру был уготован порядок безжалостного уничтожения «неполноценных» народов, рабства и дегуманизации. Десятки миллионов людей разных национальностей погибли в газовых печах, от голода, бомбардировок, в сражениях. Холокост прошелся по всем народам, и он был бы еще более масштабен, если бы на пути осуществления чудовищных идей не встали советские люди, сомкнув свои плечи, проявив стойкость и мужество, и ценой жизни почти 30-ти млн. своих соотечественников остановили врага, а затем и разгромили его. В этом году благодарное человечество отметило 56-ую годовщину Великой Победы.

Великая Отечественная война 1941–1945 гг. явилась для нашего Отечества периодом величайших военных испытаний. Они касались всех государственных структур и, безусловно, органов правопорядка, прежде всего это относилось к войскам НКВД. В войну они вступили необычной военной организацией. С одной стороны, войска являлись составной частью Вооруженных Сил и должны были выполнять свои конституционные обязанности по защите государства. С другой, как войска Наркомата внутренних дел предназначались для решения разнообразных служебных задач внутри страны, для обеспечения безопасности фронта и тыла.

Специфической особенностью правового положения войск НКВД в то время являлась их жесткая встроенность в систему партийного руководства советским государством, обуславливавшая их подчиненность во многих случаях местным партийным и советским органам. С принятием Президиумом Верховного Совета СССР 22 июня 1941 г. Указа «О военном положении» войска оказались в двойной зависимости: с одной стороны — от военных властей в лице командования и военных советов фронтов и, с другой — от местных партийных и советских органов, особенно в вопросах поддержания общественного порядка, безопасности и военного положения.

Начальный период войны был характерен быстрыми изменениями обстановки на фронтах, потерей во многих случаях централизованного управления ходом боевых действий. Именно в этих условиях правовое регламентирование деятельности войск НКВД в различных сферах их боевого и оперативно-служебного применения было крайне сложным и противоречивым. В одном случае командование Красной Армии, в лице командующих фронтами и армиями, отдавало приказы на закрытие частями войск НКВД боевого участка фронта, а другими своими распоряжениями обязывало прикрыть тыл действующей армии от проникновения вражеской агентуры. Такое раздвоение в правовой регламентации протекало почти весь первый год войны, пока они не были строго и четко нормативно оговорены в специальных положениях и других документах. В этих условиях войска НКВД выполняли свои задачи, руководствуясь различными нормативными документами, в части, их касающейся. Основу их составляли постановления Государственного Комитета Обороны, например, постановление ГКО от 4 января 1942 г. «О возложении задач гарнизонной службы в освобождаемых районах на войска НКВД СССР». Этим документом задачи охраны тыла и поддержания общественного порядка возлагались на подразделения войск НКВД, дислоцировавшихся в этих регионах.

Правительство СССР в лице Совнаркома определяло правовое использование войск НКВД в решении многочисленных внезапно возникших задач. 24 июня 1941 г. своим постановлением «О мерах по борьбе с парашютными десантами противника в прифронтовой полосе» Совнарком СССР обязал НКВД выделить значительное количество командиров пограничных и внутренних войск в создаваемые истребительные батальоны, оказать всяческое содействие в из формировании.

Немаловажную роль в организации деятельности войск имели постановления военных советов направлений и фронтов, в распоряжении которых находились или в интересах которых действовали соединения и части войск НКВД. Этими постановлениями регулировалось использование боевых формирований военной структуры НКВД как в непосредственной обороне или наступлении, так и в тыловом обеспечении порядка и безопасности. Особенно это было характерно для Северо-Западного региона.

С 25 июня 1941 г. по решению Совнаркома Союза ССР войска НКВД выполняли задачу по охране тыла действующей армии, осуществляли борьбу с дезертирством, задерживали неорганизованно отступавших военнослужащих и гражданских лиц в прифронтовой полосе. На войска возлагалась задача охраны железнодорожных коммуникаций. Только постановлений ГКО и приказов НКО за период 1941–1944 гг. было издано более двадцати. В том числе и приказ Верховного Главнокомандующего И. В. Сталина от 3 марта 1942 г. «Об улучшении охраны и мерах наказания за хищения и разбазаривание военного имущества», определявший дополнительные задачи войскам. Постоянной оставалась также и задача охраны важных государственных и военных объектов. В ходе войны войска приняли под охрану еще 250 объектов. Особенно это касалось Ленинграда, где чрезмерно серьезная обстановка фронтового города, огромные трудности обеспечения его продовольствием, а также снабжение фронта горючим и боеприпасами требовали дополнительных усилий войск и проведения конкретных режимных мероприятий.

Другим исключительно специфическим обстоятельством в правовом регулировании деятельности войск НКВД в военных условиях являлись решения местных органов власти. Так Исполком Ленинградского Совета депутатов трудящихся своими постановлениями, например: «Об обеспечении общественного порядка и государственной безопасности» и «О дальнейшем укреплении революционного порядка в Ленинграде и пригородах» (27 июля и 25 августа 1941 г.) нацеливал войска НКВД на решение внезапно возникающих задач непосредственно в районах их действия.

Вышеназванное подтверждает, что войскам НКВД в военные годы и особенно в начальный период войны пришлось руководствоваться значительным обилием законных и подзаконных актов, в то же время не имея достаточно строгой правовой базы для действия в различных чрезвычайных обстоятельствах. Регулированием их служебно-боевой деятельности занимался излишне широкий круг руководящих органов, нередко внося дезорганизующие элементы в их функциональные обязанности, порой мешая выполнению основной задачи — обеспечения безопасности фронта и тыла.

Органы внутренних дел в годы войны были менее подвергнуты перестройке и правовое регулирование их оперативно-служебной деятельностью осуществлялось в основном через НКВД СССР и местную советскую власть в лице исполнительных комитетов Советов депутатов трудящихся. Система управлений была подвергнута некоторой реорганизации: образовывались ряд новых отделов и служб, формировались внештатные подразделения, как, например, истребительные батальоны. Значительно усложнился характер задач. Изучение ведомственных актов НКВД СССР и УНКВД по Ленинграду и другим городам северо-запада, регламентировавших перестройку органов внутренних дел показывает, что они сумели изменить свою деятельность в кратчайший срок, максимально подчинив ее решению задач, возникших в связи с войной, обеспечению общественной безопасности.

В работе органов НКВД определились два основных направления: во-первых, участие подразделений милиции в боевых операциях в составе регулярных частей действующей армии, в партизанских отрядах и истребительных батальонах; во-вторых, осуществление мероприятий по поддержанию общественного порядка, борьба с вражескими лазутчиками и уголовно-преступным элементом.