С характерной энергией княгиня окунулась в административную работу и принялась восстанавливать экономический порядок в наивысшем и самом престижном научном учреждении страны, принимая организационные, административные и экономические меры. Концентрируясь на деталях административной работы с самого момента вступления в должность, Дашкова приняла активное участие в деятельности канцелярии Академии наук^[405]. Канцелярия, которую возглавляла Дашкова, надзирала за административными и экономическими делами академии. Она отвечала, среди прочего, за гимназию, различные мастерские, типографию, публикацию «Санкт-Петербургской газеты» и комиссионную продажу иностранных книг. Дашкова появлялась там ровно в девять утра и просматривала ежедневные доклады, просьбы и все прочие текущие дела. Затем она давала указания и записывала их в журнале канцелярии. За один 1784 год в журнале записано 926 приказов, из которых Дашкова подписала 747, а исключение составили лишь те, что были изданы в летние месяцы с 24 мая по 5 сентября, когда она отсутствовала в Петербурге и оставила на службе своих заместителей^[406].

Никакие организационные или экономические дела не проходили мимо ее внимания. Она была трудолюбива, инициативна и полностью вовлечена в академические и коммерческие предприятия. В академическом магазине она организовала распродажу книг с 30-процентной скидкой и умудрилась получить прибыль. В это же время и без всякого сожаления она сожгла все книги неприличного и развратного содержания, заказанные Домашневым. В апреле 1783 года, когда управляющий книжным магазином Е. Вильковский проигнорировал указания Дашковой, она оштрафовала его на 15 рублей^[407]. В дополнение к своим собственным изданиям печатня академии принимала внешние заказы и испытывала трудности со сбором денег за свою работу. В ноябре 1783 года Дашкова написала Николаю Новикову, просветителю, писателю, журналисту и издателю, о его невыплате по счетам^[408]. Академия получила заказ на его словарь русских писателей, и книга была напечатана, но Новиков не смог заплатить за нее. Несмотря на повторные напоминания, Новиков так и не оплатил счет, и Дашкова обратилась за помощью к куратору Московского университета Ивану Шувалову^[409]. Очевидно, письмо привело к желаемому эффекту. Согласно записям 1784 года академия получила от Новикова 839 рублей 11 копеек и некоторое время спустя отправила ему 461 экземпляр его книги^[410]. В первые пять месяцев своего директорства Дашкова смогла получить более 8500 рублей не оплаченных ранее долгов^[411].

Дашкова строго придерживалась правил и установлений, особенно тех, что касались дел финансовых. Когда в ряде случаев вдовы академиков просили дополнительные средства, она им отказывала. А. Б. Храповицкий писал, что при дворе многие считали Дашкову скупой, что «она ни с кем не уживается»^[412]. В своих финансовых делах она была честной, и нет даже намеков на финансовые нарушения или на использование ею фондов в личных интересах. За один год она реорганизовала академию, привела в порядок ее финансовые и административные дела и приняла меры, позволившие ей избавиться от всех долгов и получить большой доход. Императрица похвалила Дашкову за умение находить деньги и разумно использовать их на соответствующие проекты^[413]. Бережливость княгини, однако, привела к появлению историй о том, как она решала даже, казалось бы, самые незначительные академические дела. Жильбер Ромм, французский учитель Павла, тринадцатилетнего сына Александра Строганова, вспоминал, как старый граф купил книгу у Дашковой за пять рублей. Книга оказалась подарочным экземпляром от автора, поэтому Дашкова, осознавшая ошибку, попросила книгу вернуть. Затем она послала тот же том графу обратно, но в этот раз титульная страница с надписью автора была выдрана^[414].

В академии сила Дашковой как администратора заключалась в ее понимании своей ограниченности и того, что она не ученый. Она не игнорировала работу своих коллег и не навязывала им свои идеи или методы. Скорее, ее задача, как она ее видела, заключалась в том, чтобы облегчать их деятельность. Вскоре она прекратила практику увольнения членов академии за «несоответствующие мнения». Но Дашкова была не просто академическим администратором; она участвовала во всех аспектах академической работы, вплоть до организации образовательных программ, написания инструкций по проектам, определения направлений и целей исследований, организации экспедиций, обеспечения финансовой поддержки, популяризации и публикации открытий. Со свойственной ей деловитостью она не только заглядывала в книжную лавку и печатню, но интересовалась также наймом собственности, продажей карт и внешним консультированием.

Княгиня лично председательствовала на многих академических заседаниях вместе со своими советниками О. П. Козодавлевым и В. А. Ушаковым. Козодавлев консультировал ее непосредственно и помогал с публикацией журнала, тогда как Ушаков давал ей деловые советы. Когда Дашкова не могла посещать заседания, она передавала обязанности своему секретарю И. И. Лепехину. Ученый, натуралист, специалист по русскому языку и блестящий стилист, он был ее ближайшим коллегой, а с 1783 года до своей смерти в 1802 году — непременным секретарем Российской академии. Дашкова подбирала свой штат, номинировала новых членов, распределяла задания, следила за их выполнением и вела дискуссии. Ее управление было демократическим, и во время выборов она была на равных с другими членами академии, обладая только одним голосом: «…несмотря на предрассудки века и общественного положения, основою академической жизни [Дашкова] признавала начало равноправности»^[415].

Дашкова попыталась создать серьезную атмосферу, благоприятную для исследований и учебы. Одной из ее первых целей было освобождение академиков от излишней работы в комиссиях и от бюрократического и административного бремени. Она также стремилась оградить ученых от внешнего вмешательства. Академики теперь отвечали перед главой своего собрания, а не перед безличной администрацией^[416]. Она удвоила жалованье Николаю фон Фуссу, который собирался оставить свой пост в академии, и Иоганну Готлибу Георги, специалисту по естественной истории и химии. Тонкий и высокообразованный ученый, он был опытным этнографом, практиковавшим также медицину. Чтобы поощрить наиболее одаренных и плодовитых академиков и сотрудников, она обратилась к Вяземскому с просьбой об их повышении; однако просьба не была услышана и стала еще одним источником огорчений в продолжавшихся битвах с ним^[417]. В конце концов, она увеличила жалованье и повысила в должности многих академиков, хотя всегда должна была бороться за необходимые для этого средства. В январе 1784 года Дашкова опять обратилась к императрице и в течение многих лет продолжала просить ее о продвижении по служебной лестнице Козодавлева, Ушакова и др.^[418] Дашкова демонстрировала большую заботу о своих подчиненных, особенно о менее удачливых и плохо оплачиваемых. Она предложила основать пенсионный фонд из части академических доходов^[419]. Екатерина одобрила этот план и 21 марта 1791 года подписала указ о том, чтобы проценты от суммы в 30 тысяч рублей из академического бюджета поступили на организацию этого пенсионного фонда^[420].