О том, чья злая воля вмешалась в жизнь первопечатника в период с 29 октября 1565 года по 8 июля 1568 года, существует несколько гипотез, ни одна из которых не может считаться единственно верной. Долгое время бытовало мнение, что противниками Ивана Федорова были переписчики книг, видевшие в книгопечатании конец своего ремесла. Однако маловероятно, что их недовольство могло поколебать дело, находившееся под покровительством самого государя.

В начале XIX века известный библиограф Василий Степанович Сопиков предположил, что над первопечатником нависло одно из самых страшных в то время обвинений — обвинение в ереси. В. С. Сопиков пишет, что церковные власти почитали печатные книги «диавольским наваждением», поэтому «отправлять по ним божественную службу казалось тогда делом богопротивным». Но этой гипотезе противоречит то, что возникновению печатного дела активно способствовал высший иерарх — митрополит Макарий.

E. Л. Немировский видит причины отъезда Ивана Федорова в исторических событиях, происходивших тогда в Москве и во всей России. Начатый Иваном Грозным террор коснулся и ближайшего окружения Ивана Федорова. Митрополит Афанасий — преемник Макария, так же как и он, покровительствовавший книгопечатанию, хорошо знавший Сильвестра и Ивана Федорова, не имея возможности повлиять на творящиеся бесчинства, тяжко заболел и в мае 1566 года добровольно ушел с митрополичьего престола. Поп Амос, под началом которого служил Иван Федоров в храме Николы Гостунского, был казнен по царскому приказу. Иван Грозный своей рукой вычеркнул его имя из Лицевого летописного свода, где рассказывалось о крещении царевича Едигера Магмета.

Приблизительно в это же время была сожжена типография Сильвестра. В литературе об Иване Федорове часто встречается упоминание о том, что недоброжелатели первопечатника сожгли Печатный двор. Впервые об этом сообщил Джильс Флетчер — английский посол, побывавший в Москве в 1588 году. Но если бы сгорел действительно Печатный двор, то погибло бы все типографское оборудование. Однако и шрифты, и гравировальные доски, созданные Иваном Федоровым, еще долгое время использовались и им самим, и его преемниками. По мнению современных исследователей, иностранец, плохо знакомый с московскими делами, перепутал Печатный двор с типографией Сильвестра. Позже очевидец писал, что на месте Сильвестрова дома — «Избы у Благовещенья» «ныне полое место межу палат».

Всем известная близость первопечатника к опальному Сильвестру делала его положение угрожающим. Возможно, отъезд Ивана Федорова из Москвы был бегством ради спасения жизни. Однако такому предположению противоречит свобода, с которой Иван Федоров пересек границу России. Известно, как быстро и безжалостно расправлялся царь со всеми, вызывавшими у него хоть малейшее подозрение. Беглеца задержали бы еще у Московской заставы, тем более что первопечатник уезжал не один, а с Петром Мстиславцем, с малолетним сыном Иваном и увозил с собой значительную часть типографского оборудования.

Это породило еще одну гипотезу, будто бы первопечатник уехал с ведома или даже по поручению Ивана Грозного, чтобы при помощи книгопечатания укреплять и поддерживать православную веру в Великом княжестве Литовском. Такой гипотезы придерживался академик М. Н. Тихомиров. Но ее опровергает сам Иван Федоров, недвусмысленно называющий свой отъезд «в иные незнаемые земли» изгнанием. Кроме того, в Московской типографии, продолжавшей работать под царским покровительством и после отъезда Ивана Федорова, имя первопечатника было явно под запретом. Ученики Ивана Федорова Никифор Тарасиев и Невежа Тимофеев в послесловии к напечатанной ими Псалтыри называют стоящим у истоков «дела печатных книг» Ивана Грозного, но ни единым словом не поминают своего учителя.

Еще одна красноречивая деталь, указывающая на поспешный и вынужденный отъезд, — Иван Федоров увез с собой экземпляр «Апостола», предназначенный для поднесения Ивану Грозному. Вероятно, печатники сочли за благо не показываться лишний раз на глаза грозному царю.

Путь Ивана Федорова и его спутников лежал на юго-запад — через Вязьму и Смоленск в столицу Великого княжества Литовского — город Вильну.

Великое княжество Литовское было в то время вторым по величине после Московского царства государством Европы, оно простиралось от Балтийского до Черного моря, занимая территории, на которых сейчас располагаются Литва, Белоруссия, Украина и западные области Российской Федерации.

Для Петра Мстиславца это были родные края. Город Мстиславль, в котором он родился, оставался в какой-нибудь сотне верст в стороне от пути беглецов. Петр с душевным умилением видел знакомые с детства пейзажи, вслушивался в местную речь. Речь эта была понятна не только Мстиславцу, но и Ивану Федорову: большинство жителей Великого княжества Литовского говорили по-русски, хотя местный говор несколько и отличался от московского.

Объяснялось это просто. Во времена Ивана Федорова бóльшую часть территории Великого княжества Литовского составляли земли, изначально входившие в состав Древнерусского государства — Киевской Руси и населенные исконно русскими людьми, сохранявшими православную веру и говорившими по-русски. Хотя именно тогда русский (вернее древнерусский) язык начал разделяться на три родственных языка — русский, белорусский и украинский — процесс этот еще не был завершен, и русские, украинцы и белорусы, жившие на территории Великого княжества Литовского, ощущали себя единым — «русьским» или «славянским» народом. Преобладание русского населения в Великом княжестве Литовском было столь велико, что русский язык стал государственным — на нем составлялись официальные документы, писались законы и летописи, и многие историки называют Великое княжество Литовское Литовско-Русским государством или Юго-Западной Русью.

Корни теснейшей культурной и этнической связи Руси и Литвы уходят в далекое прошлое.

С незапамятных времен к югу от Балтийского моря — на территории части современной Литвы и Белоруссии — обитали многочисленные литовские племена: аукштайты и жемайты (в русских летописях они названы «литва» и «жмудь»), пруссы, земиголы, ятвяги и др. Они занимались земледелием, разводили домашних животных, охотились на лесного зверя. А те, что жили на морском побережье, ловили рыбу и добывали янтарь. Древние литовцы были язычниками. Они почитали бога-громовника Перкунаса и его жену — богиню земли Жемину, богиню любви — прекрасную Милду и владыку подводного царства короля ужей Жалтиса.

На западе литовские земли граничили с Польшей, на востоке — с Русью.

Племенными союзами литовцев управляли князья. В XIII веке князь Миндовг (Миндаугас) объединил под своей властью основные литовские земли — так было положено начало Великому княжеству Литовскому. Честолюбивый Миндовг мечтал о расширении своих владений. Будучи храбрым полководцем и хитрым политиком, он обратил свои взоры на Русь. Обстоятельства сулили литовскому князю удачу: Русь переживала нелегкие времена, ее раздирали княжеские усобицы, а главное — по русским землям только что пронесся ураган Батыева нашествия. Миндовг воспользовался моментом и захватил Черную Русь — часть русских земель, лежавших в верхнем течении Немана, с городами Гродно, Новгородом, Слонимом, Несвижем, Здитовом и др. Территория Великого княжества Литовского увеличилась почти вдвое, его южная и восточная границы отодвинулись далеко вглубь русских земель. Русские князья — владельцы завоеванных территорий, сохраняя власть в своих княжествах, оказались в зависимости от великого князя Литовского.

Однако Миндовгу угрожала серьезная опасность с северо-запада — со стороны немецких рыцарей. К тому времени немецкое духовенство уже не раз предпринимало попытки обратить в христианство язычников-литовцев. Рыцари Тевтонского ордена вторглись в земли пруссов, а рыцари-меченосцы — в земли жмуди. Немецкие миссионеры силой крестили литовцев, подчиняя их своей власти и истребляя непокорных. Литовские племена стойко сопротивлялись поработителям: в битве при Сауле они нанесли рыцарям сокрушительное поражение, но враг был слишком силен, так что свобода и независимость исконного населения края находились под постоянной угрозой.