Макаров в разгар бомбардировки прибыл на эскадру и распорядился немедленно приступить к разработке подобного же метода стрельбы для ответного удара по японцам. Эта сложная работа, то есть разбивка окружающей местности на квадраты, выбор вспомогательной точки наводки, реконструкция орудийных станков и системы сигнализации, через несколько же дней была закончена. Ответный перекидной огонь был полной неожиданностью для япнцев. Меткая стрельба с «Ретвизана» и «Победы» расстроила все их расчеты и нанесла им значительный ущерб; один из обстреливавших гавань броненосцев был сильно поврежден и едва выбрался из засады.

С каждым днем японцы все явственнее чувствовали сильную и уверенную руку нового командира русского флота. Против каждого их маневра, в самом непродолжительном времени, изобретался контрманевр, точно рассчитанный и действенный. Когда японцы с подбитым броненосцем вышли в море, Макаров, решив, что настал подходящий момент дать бой, вывел из гавани пять броненосцев и шесть крейсеров и смело двинулся в атаку. Но японцы не приняли боя и, развив большую скорость, скрылись.

Больше всего опасался Макаров, темных ночей — по ночам японцы пытались прорваться к Артуру и заградить выход из гавани, затопив брандеры и сбросив мины. На дежурный ночной крейсер возлагалась поэтому особенно ответственная служба, и сам он находился в большой опасности, рискуя быть взорванным неприятельской торпедой. Очень часто Макаров всю ночь проводил на крейсере, выходил на палубу, проверял дежурных, устраивал тревоги, часами всматривался в ночную тьму. На рейде с адмиралом обычно находился полковник Агапеев — начальник военного отдела штаба Макарова.

На ночь спускались предохранительные противоминные сети. Такой порядок был введен на эскадре, тотчас же по прибытии Макарова в Артур. Отсутствие сети в ночь на 27 января, во время первого нападения японских миноносцев на наш флот, и сыграло роковую роль: японцам удалось вывести из строя три лучших наших корабля. Кстати сказать, эти сети должны были быть поставлены, и адмирал Старк, бывший в то время начальником эскадры, даже отдал такое распоряжение, но наместник Алексеев отменил эту разумную меру, считая ее «несвоевременной и неполитичной».

Закупорить вход в Порт-артурскую гавань брандерами японцы стремились упорно и настойчиво.

Первая неудачная попытка была совершена ими еще до приезда Макарова в Порт-Артур, в ночь на 12 февраля. По замыслу японцев брандерские операции протекали ночью. Японские пароходы бесшумно приближались к берегу и старались проникнуть к входу в гавань. В нужный момент командир брандера должен был отдать якорь, нажать кнопку электрического замыкателя и взорвать корабль. Подрывные патроны в особых железных ящиках находились у обоих бортов судна. Получив пробоины, судно быстро шло ко дну. Команду брандеров составляли смертники.

Долгое время русское командование не могло понять: каким образом японцы, приближаясь к Артуру, ориентируются в темноте. Потом выяснилось: японские агенты сигнализировали створными огнями с окрестных гор.

Первая операция с брандерами японцам не удалась. Меткий огонь «Ретвизана» и некоторых батарей, главным образом ставшей потом знаменитой батареи № 15 Электрического Утеса, не позволил японцам приблизиться к берегу, три парохода были затоплены, остальные два не смогли точно ориентироваться и выбросились на берег.

Неудача не сломила упорства японцев. Они подготовляли второй налет, на этот раз более серьезный. В городе ходили слухи, что японцы собираются применить какие-то совершенно особенные брандеры, начиненные сотнями тонн динамита, взрыв их якобы будет такой силы, что уничтожит не только весь флот, но и крепость с городом. Говорили также, что роль брандеров будут выполнить устаревшие броненосцы. Не обращая внимания на панические преувеличения, Макаров подготовил флот и береговые батареи к отражению брандерной операции. Был разработан четкий план уничтожения брандеров. Основной задачей было — не допустить подхода японских кораблей к гавани. Топить их в море.

В ночь на 14 марта командующий японской эскадрой адмирал Того приказал брандерам, под конвоем крейсера «Тацута» и отряда из девяти миноносцев двинуться к Порт-Артуру. Ночь была пасмурная, и это давало возможность японцам подобраться незамеченными. Но японцы встретили хорошо организованную оборону. Несколько русских прожекторов осветили брандеры. Дежурные корабли и береговые батареи открыли такой сильный и точный огонь, что противник смешался и сбился с курса. Один пароход, не дойдя четырехсот метров до бассейна, выбросился на берег и взорвался. Другой был атакован миноносцем «Сильный» и затонул, миноносец «Решительный» потопил третий пароход, четвертый так же как и первый выбросился на берег.

Особенно отличился в эту ночь миноносец «Сильный», действовавший под командой лейтенанта Криницкого. Под градом сыпавшихся снарядов «Сильный» в первую очередь расправился с брандером, а покончив с ним, врезался в отряд сопровождавших брандеры японских миноносцев и вступил с ними в бой. Один вражеский миноносец был затоплен. Стреляя из всех орудий, «Сильный» на полном ходу пошел к другому, желая его протаранить.

Но тот положил руль на борт и увернулся. Не выдержав схватки с «Сильным», остальные японские миноносцы скрылись в темноте. С перебитым паропроводом и пробитой носовой частью, «Сильный» не смог дойти до базы и выбросился на отмель Золотой Горы.

Наблюдавший всю картину сражения и с восхищением следивший за действиями «Сильного» и «Решительного» Макаров на другой же день наградил Криницкого орденом Георгия.

Когда начался ночной бой, адмирал, заслышав первые выстрелы русских орудий, велел подать катер, чтобы лично руководить боем. Потом он перешел на канонерскую лодку «Бобр», которая приняла участие в бою с японскими миноносцами.

«Бобр» вернулся в гавань, когда стало ясно, что брандерская операция кончилась для японцев бесславно.

На утро, когда к водам Порт-Артура приблизилась эскадра адмирала Того, Макаров приказал всему флоту выйти в море. Покружившись, японцы скрылись за горизонтом. Инициатива на море стала понемногу переходить в руки русского флота.

Ночные события 14 марта явились для него экзаменом, и он его блестяще выдержал, потому что прошел хотя всего лишь трехнедельную школу, но школу Макарова. Исключительно смелые действия «Сильного», сражавшегося с пятью японскими миноносцами, и «Решительного», блестящая работа артиллерии, хладнокровие, энергия и неустрашимость личного состава, общий подъем боевого духа, — все это говорило о том, что флот за короткое время стал неузнаваем.

Но останавливаться на достигнутом, — значило идти вспять, — считал Макаров. «Горе тому, кто почиет на лаврах», — часто говорил он. Сделать еще надо было очень много. Казалось бы, что после второй, окончившейся полным провалом, попытки запереть Порт-артурскую эскадру, японцы откажутся от своей затеи. Но Макаров попрежнему, с еще большей энергией, работав над планом отражения очередной брандерской операции. И в самом деле вскоре стало известно, что японцы готовятся к третьей попытке запереть Порт-артурскую эскадру.

Можно было предполагать, что японцы отправят в эту третью операцию значительно большее число брандеров, с расчетом на то, что часть пароходов все-таки сможет прорваться и войти в проход. Макаров решил поэтому организовать три линии оборонительных заграждений. Было установлено круглосуточное дежурство двух миноносцев у самого входа в гавань, они должны были при появлении брандеров с двух сторон атаковать и взорвать их.

Естественно было также ожидать, что брандеры в своем набеге изберут кратчайший путь к проходу в гавань. На этом-то «критическом» направлении адмирал распорядился затопить три огромных парохода Восточно-Китайской железной дороги: «Хайлар» и «Харбин», а еще ближе к входу — «Шилку». Таким образом, вход в гавань прямым путем для брандеров был недоступен.

Район затопления пароходов был минирован. Этим решались сразу две задачи: был загорожен прямой проход для вражеских судов и создавалось прикрытие для дежурных миноносцев. По особому расписанию, помимо миноносцев, в обороне гавани должны были участвовать крейсера и канонерские лодки.