Не обращая внимания на неблагоприятную обстановку в Риме, Леонардо начал заниматься естественнонаучными исследованиями, используя протекцию своего теперешнего покровителя Джулиано де Медичи. Наряду с математикой, механикой, ботаникой и анатомией человеческого тела он на протяжении трех лет занимался гидравликой и конструированием больших зеркал. Причину этого можно найти в том, что папа «на свой страх и риск» передал своему брату Джулиано право на осуществление труднейшего проекта, а именно — на осушение степных болотистых мест. Эти с затхлым запахом стоячие воды, наполнявшие окрестности, являлись не только очагом распространения малярии, но и причиной регулярно происходивших неожиданных разливов, отчего бедному населению, проживавшему в этих районах, нельзя было использовать землю. Перед тем, как начать работу над проектом, Джулиано распорядился, чтобы ему представили «суждения в высшей степени сведущего геометра», и так как он знал о подобном опыте Леонардо, который собирался проводить работы по строительству каналов и осушению болот в Ломбардии, то обратился к нему. Мастер сделал чертежи и рисунки на карте «Agro Pontino» и подал на утверждение свои предложения. Но, как и во многих других начинаниях Леонардо, эта работа прервалась через несколько лет и завершилась только тремя столетиями позже.
Второй проблемой, которая его в то время очень занимала, была попытка изготовить гигантское вогнутое зеркало, с помощью которого он хотел, используя солнечную энергию, нагреть котел, необходимый для текстильного производства (большая его часть находилась в руках Медичи). Но огромный солнечный рефлектор так и не был построен, во-первых, потому что у него возникли разногласия с зеркальщиком из Германии, во-вторых, потому что ему зачастую давали различные поручения в других городах. Во время конфликта с немецким зеркальщиком он даже приостановил вскрытие трупов и прекратил анатомическую работу.
Большинство записей, сделанных Леонардо в рабочей тетради, свидетельствуют о том, что 1515 году он серьезно заболел. Замечание, что ему необходимо плотно укрываться и купить себе «жакет из меха», наталкивает нас на мысль, что он страдал либо ревматизмом, либо, что вероятнее всего, «зародышем чумной болезни», как тогда называли малярию. Он мог ею заразиться во время путешествия по степным болотам в качестве технического советника. В Codex Atlanticus мы встречаем наброски Леонардо, сделанные для Джулиано Медичи, в которых говорится и о болезни мастера: «Я настолько рад восстановлению вашего здоровья, августейший господин (Джулиано мучил прогрессирующий туберкулез легких), что моя болезнь меня почти не тяготит». Кроме того, на одном из листков рабочей тетради появляется пометка, сделанная чужой рукой, с именем и адресом врача, проживавшего в Риме, который не был близким человеком для Леонардо и других представителей его профессии. Еще в одной короткой записи, сделанной в рабочей тетради мастера, он показывает врачей «разрушителями жизни» — (medici me crearono ed esstrusso — «Врачи меня создали и меня убили», Codex Atlanticus), — при этом вспоминают его суждения: «Наблюдай за тем, чтобы у тебя оставалось хорошее здоровье; оценивая его по достоинству, сторонись врачей». Другая запись, сделанная его рукой, недвусмысленно предостерегает от «лекарственных напитков, изготовленных аптекарями». Нам неизвестно, как долго продолжалась его болезнь; однако, из указанных уже ссылок можно сделать вывод, что его здоровье было подорвано хронической малярией.
Вероятно, для того, чтобы прогнать мрачные мысли о своем недуге, он (аналогичным образом это мотивирует Фрейд) занялся описанием могущественного природного катаклизма, где изображал на этот раз во всех деталях мировую погибель и уничтожающий все на своем пути мировой потоп. Из текста сочинения «О всемирном потопе и изображении его в живописи» можно сделать вывод, что он вынашивал мысли о том, чтобы изобразить это событие, может, даже в виде гигантской фрески. Многочисленные рисунки к этой теме, находящиеся в виндзорской библиотеке, задокументировали выразительное значение, которое придавал ей художник. С тех пор его уже не занимали даже литературные описания гигантских размеров катастрофы. Очаровывавшие его ранее бури, извержения вулканов и землетрясения, не повергали его в такой панический страх, какой он испытал от действия несущего смерть всемирного потопа. «Нет ничего ужаснее, ничего бесчеловечнее, чем высокая волна нахлынувшей реки, накатывающейся на побережье», — восклицает Серж Брамли, цитируя утверждения Леонардо. Это странное на первый взгляд пристрастие Леонардо к литературному и живописному отображению природного катаклизма, и, прежде всего, ужасающего могущества воды, могло бы объясниться следующим образом. В детские годы он пережил сильное потрясение, наблюдая бушующие силы природы, и, вероятнее всего, это оставило в его памяти неизгладимые впечатления. Но в своих рисунках Леонардо не оставил нам ключ к решению этой загадки. В «Истории Флоренции», написанной Макиавелли, мы находим упоминание об урагане 1456 года в окрестностях Винчи (Леонардо тогда было около четырех лет), принесшем очень сильные разрушения. Десятилетием позже — 12 января 1466 года, когда художнику уже исполнилось 14 лет, это вновь повторилось. Катастрофически высокая волна реки Арно накрыла все побережье, сметая на своем пути дома, деревья и людей. Наверняка, эти ужасные впечатления остались в памяти мальчика. Вероятнее всего, эта юношеская травма обернулась страстью, возникшей в более поздние годы, регулировать водные потоки, воздвигать дамбы и строить каналы.
Во время пребывания в Риме Леонардо сделал около дюжины изображений бушующих морских волн. Одновременно с этим он окончил свою последнюю картину, находящуюся в Лувре, — добродушно улыбающегося Святого Иоанна Крестителя. Рассуждения о том, что он пытался одолеть в себе апокалипсические картины погибели мира и, следуя проповедям о предстоящем появлении спасителя, изобразил Святого Иоанна Крестителя, ища в нем противовес душевный, являются чисто спекулятивными, но в то же время допустимыми.
В своем сердце папа Лев X оставлял мало места для науки, и естественнонаучные эксперименты и исследования Леонардо классифицировал как «помешательство», ибо ему казалось, что некоторые планы Леонардо не реальны по своей сути и прямо-таки богохульны. Прежде всего, возможно, он оценил так попытки осуществить полет на построенном Леонардо летательном аппарате, и, как свидетельствует современник Джеронимо Кардано, итальянский математик и врач, эта «попытка осуществить полет была сама по себе неудачной». Может быть поэтому, позже мастер отрекся от «естественной концепции» птичьего полета и развивал принцип пропеллера: «винтовой инструмент, вращающийся быстро, крепился сверху и разгонял воздух». Разумеется, такие авантюрные планы Лев X оценил как капризную и бесполезную забаву. Он потребовал от брата Джулиано признать Леонардо непригодным для работы при дворе художником, осуществляющим свою деятельность медленно, вяло и непродуктивно.
Примерно в это время Леонардо нарисовал сангиной знаменитый туринский автопортрет. Усталые глаза, длинные волосы, густые брови и величественная светлая борода были отмечены Ломаццо как «истинный образец достоинства, покоящегося на знаниях». Кажется, что Леонардо примирился со своим прошлым и уже больше ничего не ждал от будущего. Выражение горечи, возникшее в уголках рта, высокий благородный лоб, на котором кроме телесной усталости можно увидеть, что он готов с неутомимой энергией продолжить работу, не прерывая ее.
Тем временем фурия войны вновь возникла на горизонте. В 1515 году, в день нового года, в Париже скончался заклятый враг Италии Людовик XII. Франциск уже летом текущего года решил попытать счастья на Апеннинском полуострове. Со своими войсками он перешел через Альпы в Ломбардию, в жестокой битве при Мариньяно одержал победу над Максимилианом Сфорца и вступил в Милан. В середине декабря состоялись переговоры папы римского с Франциском I, и был согласован новый конкордат, по которому французское государство существенно расширило свою автономию от Ватикана. В этот момент Леонардо находился в папской свите и использовал удобный случай, чтобы добиться благосклонности нового французского короля, что ему, вероятно, было сделать нетрудно: ведь когда-то раньше он уже был на службе у французов. Действительно, как позже напишет Бенвенуто Челлини, король сразу с великой любезностью принял Леонардо. Итак, он с помощью своего нового покровителя одержал победу, оставив не обративший на него внимания Рим, но не отказавшись от верности защитнику Джулиано де Медичи, который до 17 марта 1516 года умирал во Флоренции от туберкулеза. Леонардо поспешил покинуть двор Льва X и направился на берега реки Луары, где расположилась резиденция французского короля.
