Народ, возмущённый покровительством родственникам-преступникам, а кроме того, введением новых непосильных налогов и новых откупов, требовал казни и Морозова. Испуганный Морозов спрятался в царском дворце. С большим трудом удалось царю спасти жизнь своему фавориту, бывшему «дядьке», а ныне свояку, срочно отправив его в ссылку в Кирилло-Белозерский монастырь. Через полтора месяца, когда бунт утих и на Земском соборе было принято решение, царь вызвал Морозова из ссылки и снова сделал его ближним боярином и своим помощником в делах управления государством. Теперь Морозов стал по-иному относиться к простому народу и в дальнейшем своими милостями добился расположения к нему москвичей.
Московское народное возмущение, охватившее, можно сказать, все сословия городского населения: и посадских, и стрельцов, и купцов, и дворян, — было направлено против политики правительства, его главы — царского фаворита Бориса Морозова, которому так беспредельно доверял Алексий Михаилович.
После московского бунта 2–4 июня 1648 года и ссылки фаворита 19-летний Алексий Михаилович взял правление государством целиком в свои руки. Сразу после июньских событий Алексий Михаилович получил совместное требование от посадских людей, стрельцов и дворян (служилых по отечеству) срочно созвать Земский собор. Алексий Михаилович принял это требование к действию, и 16 июля 1648 года Земский собор состоялся, и на нём было принято решение составить новый свод законов — Уложение. В срочном порядке царь создал специальную «уложенную комиссию», главой которой назначил князя Никиту Ивановича Одоевского, и сам принял участие в её работе. Вернувшийся из ссылки Борис Морозов стал трудиться над Уложением и наедине с царём по частям рассматривал представленный уложенной комиссией текст. Уже 1 сентября 1649 года Земский собор утвердил свод законов, получивший позже наименование «Соборное уложение 1649 года». В нём, чтобы искоренить взяточничество при рассмотрении челобитных и предотвратить народные волнения, было строго прописано, кто освобождается от уплаты за челобитную, а кто должен платить и сколько. В Уложении определялись также земельные и семейные отношения; наказания за уголовные и политические преступления; было окончательно оформлено законодательство по крепостному праву.
Алексий Михаилович продолжал советоваться с Борисом Ивановичем в делах, имевших внешнеполитическое значение. С осени 1649-го по август 1653 года была проведена экспедиция Ерофея Павловича Хабарова-Святитского в Приморье. В 1650 году была принята от имеретинского царя Александра III присяга на верность русскому царю. В 1652 году был основан город Иркутск. В том же году было начато восстановление утраченной за 100 лет росписи Архангельского собора Московского Кремля артелью под руководством мастеров Степана Резанца и Симона (Пимена) Ушакова «письмом против прежнего». В 1653 году был основан Читинский острог. В том же году начались церковные реформы патриарха Никона, приведшие к расколу Русской Православной Церкви. В октябре 1653 года Земский собор принял решение о воссоединении Левобережной Украины с Россией. В следующем году на Переяславской раде гетман Украины Богдан (Зиновий) Михайлович Хмельницкий провозгласил воссоединение части Украины с Россией.
В мае 1654 года Алексий Михаилович пошёл в поход на Польшу, войска которой вторглись на русские земли. Морозов, которого царь пожаловал высшим военным званием — дворовым воеводой, то есть командиром «полка государева», принял участие в этом походе. В июле-августе 1654 года были освобождены от поляков Ростиславль, Дорогобрк, Полоцк, Мстиславль, Орша, Гомель, Чечерск. 23 сентября был освобождён Смоленск, а в июле-августе 1655 года — Витебск, Минск, Гродно, Вильно (Вильнюс), Ковно. Но в 1655 году на Польшу напала Швеция и захватила Варшаву и Краков. Это обстоятельство, осложнившее выход России к Балтийскому морю, заставило Россию вести мирные переговоры с Речью Посполитой. Так как русская сторона потребовала присоединения к России всех завоёванных ею земель, но Польша на эти требования не согласилась, 24 октября 1656 года был заключён не мир, а перемирие.
Вернувшись с войны, 66-летний Борис Иванович Морозов отошёл от дел по состоянию своего здоровья. Алексий Михаилович, искренне привязанный к нему, навещал его и продолжал с ним советоваться. Умер ближний боярин Борис Иванович Морозов в 1661 году в возрасте 71 года.
Другим любимцем царя Алексия Михаиловича, царским другом, фаворитом (хотя в те времена такого слова и не слыхивали), был московский боярин Артамон (Артемон) Сергеевич Матвеев (1625–1682).
Н. И. Новиков, известный просветитель XVIII века, первый крупнейший русский издатель, в 1776 году, почти через 100 лет после гибели Матвеева, с подачи Екатерины II, предоставившей ему документы из царских архивов, издал книгу «История о невинном заточении ближнего боярина Артемона Сергеевича Матвеева», в предисловии к которой представил читателю героя этой книги: «Сей есть Артемон Сергеевич Матвеев, ближний боярин, наместник разных городов, царские большие печати и государственных посольских дел оберегатель, приказов стрелецкого, казанского и других, тако ж и Монетного двора главный судия. Сей муж неутомимыми услугами, верностию и преданностию к государю, беспредельною любовию к отечеству, милосердием к народу, мудростию и правосудием в делах политических и гражданских, храбростию и прозорливостию в делах воинских и, наконец, ученостию своею снискал к себе славное название царского друга и благодетеля народа». Далее Н. И. Новиков в этом предисловии раскрыл особенности личности боярина Матвеева, его высокий культурный уровень, просвещённость, ум, знания, его любовь к наукам и искусству.
Артамон Сергеевич Матвеев, сын дьяка, служил на Украине, участвовал в войнах с поляками и осаде Риги (1657). Где и как он познакомился с царём Алексием Михаиловичем, неизвестно, хотя можно предположить, что стрелецкий голова Матвеев мог «предстать пред очи царя» во время войны с Польшей. Во всяком случае под Соборным уложением 1649 года среди крупных деятелей того времени, подписавших его, значится и подпись стрелецкого головы Артамона Матвеева Алексий Михаилович заприметил умного, смелого и честного стрелецкого голову, приблизил к себе «Сергеича», привязался к нему душой и стал ему полностью доверять. Но особенно близким другом и фаворитом царя «Сергеич» стал после марта 1669 года, когда умерла любимая супруга Алексия Михаиловича — царица Мария Ильинична из рода Милославских — и когда царь стал искать утешения в своём горе. У Артамона Матвеева был дом в западноевропейском вкусе, даже имелся домашний театр, но главное — в его доме воспитывалась Наталья Кирилловна Нарышкина, двадцатилетняя боярышня. Через неполных два года после кончины Марии Ильиничны Алексий Михаилович 22 января 1671 года женился на Наталье Кирилловне Нарышкиной, и Артамон Матвеев получил статус ближнего боярина и, как фаворит, — самые высокие посты в государстве, перечисленные Н. И. Новиковым в его книге о Матвееве и выше процитированные нами. Алексий Михаилович любил Артамона Сергеевича за его ум, бескорыстие, непоказную скромность, а особенно за его воспитанницу Наталью Кирилловну, получившую воспитание в новом европейском духе, но с сохранением русских национальных традиций.
В мае 1672 года Артамон Матвеев, имевший до этого времени чин стрелецкого головы, был возведён, по случаю рождения царевича Петра Алексиевича, в сан окольничего, а в конце 1674 года — в звание боярина.
Артамон Матвеевич не пользовался, как боярин Морозов, своим положением для личного обогащения. Будучи наместником многих российских городов, фактически правителем на обширной территории, главой Стрелецкого, Казанского и других приказов, главой Монетного двора, где чеканились деньги, Матвеев всюду навёл порядок: пресек казнокрадство, которое приводило к многомесячным невыплатам жалованья стрельцам и работным людям, к задержкам и несправедливому наделению стрельцов и их семей земельными дачами (участками), установил порядок внимательного отношения к людям и скорого рассмотрения челобитных, справедливо решал возникавшие конфликты и споры. Все видели и знали, что Матвеев — человек честный и справедливый и вполне заслуживает уважения и даже народной любви. Свидетельством народной любви явился случай, о котором Н. И. Новиков рассказал в предисловии к книге об Артамоне Матвееве.
