После похорон первого на Руси царя к претендентам на престол Нагим с царевичем Димитрием была приставлена стража, и Нагие были отправлены в их родовое имение — Углич.

19 марта 1584 года Феодор Иоаннович объявил о своём согласии стать царём, но начались волнения среди московского люда, разносящего слухи, что Вельский (родственник Марии, жены Бориса Годунова) хочет погубить царя. Вельского отправили воеводой в Нижний Новгород, а потому только 31 мая Феодор Иоаннович, избранный Земским собором, был венчан на царство.

Регентский совет распался быстро, потому что Феодору Иоанновичу помогали близкие ему люди: дядя царя Никита Романович, царица Ирина Феодоровна и шурин Борис Годунов. В 1586 году Никита Романович умер, и государством стал править как бы триумвират: царь Феодор Иоаннович, царица Ирина и ближний боярин Борис Фёдорович Годунов.

Феодор Иоаннович настолько доверял Борису Годунову, что передал ему правление фактически всем государством Даже европейские владыки писали письма в основном не на имя царя, а на имя Бориса Годунова. Но всё же полностью царь от дел не отстранился.

Царь Феодор Иоаннович, будучи весьма религиозным и богомольным, занимался церковными делами: по традиции посещая монастыри, осведомлялся о положении дел в монастырях и помогал им богатыми вкладами, не пропускал церковных служб, даже сам благовестил на колокольне. Ею внимание к Русской Православной Церкви вылилось в серьёзную работу по учреждению на русской земле патриаршества. И в этом ему помогала царица Ирина. Стараниями царя и царицы 26 января 1589 года Русская Православная Церковь обрела первого Патриарха Московского и всея Руси — Иова.

В 1590 году «слабоумный» царь Феодор Иоаннович неожиданно для всех лично выступил с войсками против Швеции и действовал настолько уверенно и удачно, что война окончилась в 1595 году победой русских войск и позволила по Тявзинскому миру (18 мая 1595) вернуть территории, которые потерял его очень «умный» отец, проигравший Ливонскую войну.

Феодор Иоаннович с Освященным собором постоянно посещал заседания Боярской думы. Казалось бы, царь с Собором только присутствовали в Думе: все дела Думы вёл её глава — Борис Годунов, но это наблюдение со стороны царя имело немаловажное значение для государства.

Вместе с царицей Ириной царь Феодор I (как могли бы мы его называть) занимался обустройством дворцового хозяйства и украшением Кремля. Они выписали из Италии мастера бархатного дела Марко Чинопи и других мастеров, приказали расписать Грановитую палату в новом для того времени стиле и на фресках изобразить самого Феодора Иоанновича, царицу Ирину и Бориса Годунова В 1585 году по воле царя и царицы Фёдор Савельевич Конь начал строительство Белого города в Москве. В 1586 году Андрей Чохов отлил Царь-пушку.

В правление царя Феодора Иоанновича не было казней, и русская земля в его царствование спокойно занималась своим хозяйством.

Считается, что в те времена все государственные дела велись только фаворитом царя, его шурином Борисом Годуновым, что царь Феодор Иоаннович не участвовал «в важнейших событиях своего времени», как представлено это в современных учебниках по истории. Уже одно только учреждение патриаршества на Руси опровергает это мнение, не говоря уж о победе в войне со Швецией и возвращении русских земель с русским населением.

Но и на долю Бориса Годунова выпало много дел Он, прежде всего, предпринимал меры безопасности Российского государства на востоке страны.

В 1586 году были заложены, как сторожевые крепости, города Самара и Воронеж; в том же году воеводами И. Мясным и В. Б. Сукиным был заложен острог Тюмень на месте татарского города Чинги-Тура, завоёванного Ермаком в 1581 году. В 1589 году отрядом казаков Данилы Чулкова основан город Тобольск. В том же году в летописных документах был упомянут город Царицын на Волге. В 1593 году отмечено основание городов Обдорска (Салехарда) и Белгорода, а в следующем, 1594 году — города Сургута на реке Оби.

Государственная деятельность Годунова получила европейскую известность. Королева английская Елизавета I посылала грамоты не только на имя царя Феодора Иоанновича и царицы Ирины, предлагая ей услуги английских докторов по женским болезням, но и на имя Годунова, добиваясь разрешения для английских купцов беспошлинно торговать в русских землях английскими товарами, и при этом называла Годунова её «кровным приятелем», то есть близким по статусу к королевскому титулу.

В последний год жизни царя Феодора Иоанновича (имеется в виду 1597 год, так как Феодор Иоаннович умер 7 января 1598 года) Борис Годунов, чтобы быть любезным боярам, провёл через Боярскую думу Указ об «урочных летах», по которому удлинялся до пяти лет срок сыска беглых крестьян, что впоследствии весьма пагубно отразилось на положении крестьянства, так как, прикрепив крестьян к помещикам как собственность на такой долгий срок, этот Указ заложил основу крепостного права.

Боярин Борис Годунов умел быть любезным всем наиболее важным боярам и снискал если не любовь, то уважение, что впоследствии и открыло ему дорогу к трону.

Царь Феодор Иоаннович умел сдерживать злобный и мстительный характер Бориса Годунова, характер, который проявился в полной мере, когда царя Феодора I не стало, царица Ирина ушла в монастырь, а Борис Годунов, получив титул царя, стал править страной единолично.

После смерти царя Феодора Иоанновича московский престол занял Борис Фёдорович Годунов. Во всё своё семилетнее правление (1598–1605) он не имел никаких фаворитов: он советовался в основном только со своей женой Марией Григорьевной, дочерью знаменитого палача времени Иоанна Грозного — Малюты (Григория) Скуратова-Бельского. Были у Годунова и другие советники из числа Вельских, родственников Марии Григорьевны, но первенствующую роль исполняла она даже при дознании у Марии Нагой, является ли Лжедмитрий I её сыном, она, по свидетельству современников, во время допроса, в котором она активно участвовала, недовольная ответом, бросила в лицо Марии Нагой тяжелый подсвечник с горящими свечами.

Борис Фёдорович, которому сам Патриарх Московский и всея Руси Иов поклонился в ноги, упрашивая его стать царём, был избран на царство Земским собором, затем прошёл церемонию венчания на царство, но это не укрепило его позиций: неурожай, голод, пожар в Москве, уничтоживший почти весь город, обвинение царя Бориса в убиении царевича Димитрия, нашествие Лжедмитрия I — всё это привело к кончине царя Бориса (по некоторым предположениям — к самоубийству), а затем и к уничтожению царицы и царевича Фёдора, объявленного царём. С момента убийства царевича Димитрия в Российском царстве началось Смутное время, формально закончившееся только в 1613 году избранием на русский престол царя Михаила Феодоровича Романова, которому в момент венчания на царство исполнилось всего 17 лет. Царствование Михаила Феодоровича не предполагало никаких фаворитов-советников, потому что вначале главной советчицей и помощницей царя Михаила была его мать, инокиня Марфа (Ксения Ивановна Шестова, в замужестве Романова), и её дальние родственники бояре Салтыковы, но большею частью в сложных ситуациях вопросы решал Земский собор, который в эти времена превратился в постоянно действующий правительственный орган. С 1619 по 1633 год вместе с Михаилом правил его отец, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Филарет (Фёдор Никитич Романов), «царствию помогатель и строитель», имевший титул «великий государь».

После смерти патриарха Филарета в 1633 году царь Михаил Феодорович приблизил к себе Бориса Ивановича Морозова (ок. 1590–1661), который в последующие 13 лет жизни царя был его ближним боярином и советником, воспитателем царевича Алексия, но отнюдь не фаворитом, так как правление царством в той или иной форме ему никогда не поручалось.

12 июля (по иным сведениям 13 июля), в день своего рождения, 1645 года царь Михаил Феодорович Романов скончался от водянки (болезни сердца) в возрасте 49 лет. Российский престол он передал своему старшему сыну, единственному из его сыновей оставшемуся в живых, — 16-летнему Алексию Михаиловичу. (Заметим, что называть царя Алексеем Михайловичем неправомерно, потому что имя царя или высшего иерарха Церкви — Алексий. Отчество царя должно быть «Михаилович» как производное слово от царского имени Михаил, потому что «Михайлович» — это производное от простонародного «Михайло».)