Никаких возражений против этой кандидатуры избрания на российский престол у бояр не было. 13 июля 1645 года Земским собором в Москве Алексий Михаилович был всенародно избран царём, а 28 сентября того же года был венчан на царство по старинному чину в Успенском соборе Московского Кремля.
Царь Михаил Феодорович, будучи на смертном одре, просил своего любимца — боярина Бориса Ивановича Морозова — служить его сыну Алексию, новому царю, так же усердно и честно, как служил ему.
Это поручительство умирающего отца богобоязненный Алексий Михаилович, несмотря на открывшиеся впоследствии неблаговидные дела Морозова, чтил до конца дней своих.
Мать царя Алексия, царица Евдокия Лукьяновна, хоть и была моложе своего мужа на много лет, не пережила ухода своего супруга и умерла через месяц после смерти Михаила Феодоровича. Вот уж поистине: «и умерли в один день».
Шестнадцатилетний царь Алексий Михаилович, по натуре человек души доброй и даже поэтической, оставшись в течение одного месяца сразу без отца и матери, нуждался в заботе и дружеской поддержке, а потому стал очень близок к своим сёстрам, особенно к старшей сестре, царевне Ирине, которая после смерти родителей и даже после женитьбы царя на Марии Ильиничне Милославской (16 января 1647 года) стала почитаться как главная в царской семье Романовых.
Чувство привязанности он испытывал и к своему бывшему воспитателю, «дядьке», другу отца, Борису Ивановичу Морозову, который, естественно, стал его фаворитом при Государевом дворе. В сане ближнего боярина Морозов стал главным в управлении государством от имени царя: он руководил приказами Большой казны, Стрелецким и Иноземным, был непременным членом Царской думы. Иностранцы считали его «умным правителем». Однако, по меткому замечанию С. М. Соловьёва, Морозов не сумел «возвыситься до того, чтобы не стать временщиком», то есть фаворитом, который в своём положении приближённого к царю заботился прежде всего о своём обогащении.
В течение первых трёх лет своего царствования, с 1645 по 1648 год, Алексий Михаилович занимался лишь внешней политикой: урегулированием отношений с польским королём Владиславом, борьбой с самозванцем Лубой, а все внутренние государственные дела поручил своему любимцу — боярину Борису Ивановичу Морозову, фактически сделав его главой правительства.
Молодой царь знал Бориса Ивановича Морозова как человека образованного, умного, понимавшего государственные запросы времени, безусловно честного, но внутреннего содержания этого ловкого, хитрого боярина, не считавшего зазорным наживаться за счёт царской казны и сомнительных сделок, Алексий Михаилович не знал и потому беспредельно ему доверял.
Например, царь даже не догадывался, какую ловкую операцию провёл Борис Морозов, решивший породниться с ним, чтобы быть ещё ближе к трону. В 1647 году Алексий Михаилович решил жениться. Из 200 боярышен и дворянок боярами была выбрана Царской Невестой и одобрена царём боярышня Марья Всеволожская. Такой ход событий был не в интересах Бориса Морозова, имевшего другой план женитьбы царя.
Для полагающейся традиционной встречи Царской Невесты с царём, организацию которой взял на себя Борис Морозов, Марью Всеволожскую одели в очень тяжелое парчовое платье, обильно украшенное драгоценными камнями, крепко затянули ей волосы, а на голову водрузили тяжёлый золотой венец, весь в крупных драгоценных камнях. В избе, в которой предполагалась встреча, очень сильно натопили печи. От волнения, духоты, тяжести платья, боли в стянутых волосах и давления венца на голову невеста упала в обморок, что и было нужно для обвинения её в нездоровье, в падучей болезни. Такая девушка, по мнению бояр, царицей, родительницей наследников, быть не могла. Марью Всеволожскую со всей её родней, как обманувших ожидание царя, сослали в Сибирь.
Народ, а особенно придворные быстро распознали, кто придумал такую проделку с устранением невесты, и обвинили в этом боярина Бориса Морозова, хлопотавшего вокруг невесты. Видимо, основания для такого предположения были веские, потому что не прошло и года, как по задумке Морозова царь женился на Марии Ильиничне Милославской, а Борис Иванович Морозов — на её родной сестре Анне Ильиничне Милославской.
А произошло это так. У московского дворянина Ильи Даниловича Милославского, с которым Борис Морозов был давно хорошо знаком по всякого рода коммерческим, в том числе и плутовским, сделкам, было две дочери с небольшой разницей в возрасте — Мария и Анна. Морозов решил, что этот вариант гораздо лучше, чем женитьба царя на Всеволожской, потому что какую бы из сестёр ни выбрал царь, он сам женится на другой и станет близким родственником царя и его семьи.
Г. К. Котошихин в труде «Россия в царствование Алексия Михаиловича» пишет, что в скором времени после истории с Марьей Всеволожской царь Алексий пошел в Успенскую церковь на молитву, увидел там молящихся сестёр Милославских и повелел привести их к себе на «верх», то есть в палаты его сестёр, царевен Ирины, Анны и Татианы. Царю больше понравилась Мария, а Морозов женился на Анне.
Алексий Михаилович прожил со своей Марией Ильиничной в счастье и согласии до её смерти 3 марта 1669 года, то есть почти 21 год, и имел с ней 13 детей. Анна, выйдя замуж за Морозова, была несчастной: муж не любил её, частенько бил и всячески над ней издевался.
Общий тесть царя и Морозова — московский дворянин Илья Данилович Милославский — сразу после такой удачной выдачи дочерей замуж получил высокие чин и должность, стал именоваться князем и… стал усиленно, без зазрения совести обогащаться за счёт казны и поминок (взяток). Одного своего родственника, окольничего Леонтия Плещеева, он устроил через Морозова судьёй Земского приказа, а второго — Петра Траханиотова — главой Пушкарского приказа, что обеспечивало безнаказанное собирание взяток. Плещеев и Траханиотов, войдя в сговор с Милославским и боярином Морозовым, под их покровительством и при их участии брали взятки якобы за скорейшее рассмотрение челобитных, притом с положительным результатом Для этого они специально затягивали дела по челобитным, некоторые, неоплаченные и неугодные им челобитные уничтожали, а царю все дела докладывали в выгодном для них свете. Долго такое наглое взяточничество продолжаться не могло, и народ 1 июня 1648 года, собравшись у Кремля, попытался передать свои жалобы в челобитных непосредственно царю, выезжавшему по делам из Кремля. Но стрельцы и близкие к Плещееву и Траханиотову люди не допустили людей до царя, а, как только царь уехал, бросились на толпу, стали избивать людей плетьми и топтать лошадьми. Народ рассвирепел; люди стали кидать в обидчиков камнями, ловить всадников за ноги, чтобы сбросить с лошади. Так начался всеобщий бунт московских горожан.
На следующий день, 2 июня, москвичи ворвались в Кремль и вновь попытались передать царю челобитную, но бояре, среди которых был и Морозов, взяли эту челобитную, на глазах у всех разорвали её и с высокого крыльца бросили клочки в толпу челобитчиков. При этом Морозов приказал стрельцам выгнать всех челобитчиков из Кремля. И тогда оскорблённые люди отказались повиноваться. Весть о несправедливости быстро разнеслась по Москве, и уже вся Москва бросилась на обидчиков. Прежде всего москвичи разгромили двор боярина Бориса Морозова, убили его дьяка Назария Чистого, который был, можно сказать, правой рукой боярина. А жене Морозова, Анне Ильиничне, сказали, что если бы она не была родной сестрой царицы, то её тоже бы растерзали на куски. Разорив дворы Петра Траханиотова и гостя (купца) Василия Шорина, восставшие горожане потребовали на расправу Леонтия Плещеева и его покровителей — Морозова и Траханиотова.
Чтобы успокоить народ, Алексий Михаилович, посоветовавшись с боярами, распорядился казнить Леонтия Плещеева и Петра Траханиотова.
4 июня, когда палач вывел на Красную площадь Плещеева, толпа народа в ярости накинулась на него, вырвала его из рук палача и тут же на месте растерзала. На следующий день был предан казни Траханиотов.
