Чтобы прекратить бунт, Бахметев выстроил на Красной площади свой полк и сказал бунтовщикам: «Советую вам расходиться по домам, в противном случае все побиты будете». Через минуту площадь опустела, и бунт закончился.
Пока известие дошло до Петербурга, только 21 сентября 1771 года императрица издала манифест об отправлении в Москву графа Григория Орлова для подавления Чумного бунта «по довольно известной его ревности, усердию и верности к нам и отечеству». Генерал-фельдмаршал граф Пётр Семёнович Салтыков был снят с должности главнокомандующего Москвы, и на его место был назначен граф Орлов.
«Орлов по природе своей не мог удовлетвориться тем значением, какое он имел при дворе, не мог удовлетворяться ни административною деятельностью как генерал-фельдцейхмейстер, ни деятельностью как член Совета, его тянуло на место войны, где одерживались блистательные победы, где родной брат его жег турецкий флот. Удалиться надолго, на все время войны не было возможности, но он не переставал мечтать о роли начальника отдельного предприятия, которое быстро могло бы положить конец войне; теперь же, когда Москва и вся Россия потребовала энергического действия для спасения их от страшного бича, Орлов не хотел упустить случая оказать великую услугу, приобрести громкую известность» (СМ Соловьев). В беседе с английским посланником лордом Каткартом, который уговаривал Орлова отказаться от поездки в Москву, где бушует чума, Орлов сказал; «Все равно, чума или не чума, во всяком случае я завтра выезжаю, я давно уже с нетерпением ждал случая оказать значительную услугу императрице и отечеству; эти случаи редко выпадают на долю частных лиц и никогда не обходятся без риска; надеюсь, что в настоящую минуту я нашел такой случай, и никакая опасность не заставит меня от него отказаться».
Через пять дней, 26 сентября, несмотря на осенние дожди и дорожную грязь, Орлов, наделённый чрезвычайными полномочиями, выехал в Москву, а 28 сентября он уже присутствовал на первом собранном им заседании Сената. На этом заседании были учреждены предохранительная и исполнительная комиссии, увеличено количество карантинов и больниц, приняты меры к обеспечению Москвы продовольствием 30 сентября Орлов поставил в Сенате вопрос о необходимости снабдить мастеровых и ремесленников пропитанием. Чтобы дать пропитание мастеровым и ремесленникам, Сенат принял решение о покупке казной их изделий. Остальные люди, не имевшие работы, были направлены на расширение рвов вокруг Москвы и на другие чёрные работы. Больные стали получать деньги и бесплатное питание и одежду. По предложению Орлова, Сенат постановил доставить в Москву уксус в таком количестве, которое способно оградить от заразы всех жителей города.
Было дезинфицировано более шести тысяч домов, в которых находились заболевшие чумой, и отведены за городом специальные кладбища, где разрешалось хоронить только умерших от чумы. Чтобы увеличить число больничных пунктов, сам главнокомандующий граф Орлов передал под больницу свой родовой дом на Вознесенской улице (ныне Малая Никитская). По его распоряжению на Таганке был открыт приют для детей, оставшихся сиротами в результате эпидемии, под ведомством вице-президента Мануфактур-коллегии Сукина. Но детей-сирот оказалось так много, что этот приют не вмещал всех привозимых в него. Тогда Опекунский совет согласился принимать их в Воспитательном доме, в который не проникла зараза, потому что он с самого начала эпидемии был строго оцеплен.
12 октября Орлов предложил Сенату издать указ о казни всех тех, кто в вымерших домах грабит оставшиеся пожитки и разносит их по другим домам, заражая людей.
Фаворит императрицы проявил такую энергию, отвагу и распорядительность, что, по отзывам современников, «лично посещал госпитали, оказывал пособие зараженным, являлся среди народа, участвовал в крестных ходах». Он не только бескорыстно служил императрице и отечеству, но и потратил много своих личных денег на борьбу с чумой и её последствиями. Свой родовой дом, отданный под больницу, он полностью за свой счёт оснастил больничными принадлежностями: кроватями, постелями, постельным бельём, оплачивал одежду больных, их питание, медицинские принадлежности и лекарства. Оплачивал он и весь медицинский и обслуживающий персонал.
Разумеется, за 58 дней пребывания в должности главнокомандующего Москвы Орлов не мог полностью победить чуму и её последствия, что позже дало возможность злым языкам говорить, что он и приехал, когда бунт был подавлен, и уехал, когда еще чума не была полностью побеждена. Но императрица иначе думала о заслугах своего героя-фаворита, «настоящего орла».
Соскучившаяся и довольная действиями фаворита, Екатерина II 17 ноября 1771 года издала указ об отзыве графа Г. Г. Орлова из Москвы. На его место в качестве генерал-губернатора был назначен князь Михаил Никитич Волконский, которому выпало на долю продолжение борьбы с остатками эпидемии и участие в окончательном умиротворении москвичей после их Чумного бунта. По велению императрицы 25 ноября в Петербурге и Москве все церкви служили благодарственный молебен за прекращение моровой язвы. Екатерина хотела показать всем, что она имеет фаворита не для личной утехи, она воспитывает настоящих граждан для России, готовых пожертвовать собой в самых тяжёлых для страны обстоятельствах. Поэтому Орлов, вернувшийся из своего как бы героического похода, был встречен в Петербурге с особой торжественностью. В его честь была воздвигнута триумфальная арка и выбита медаль, на одной стороне которой был портрет Орлова в особом военном одеянии с орденами и лентами, а на другой — Курций, бросающийся в пропасть, с надписью: «И Россия таковых сынов имеет».
В продолжение всех 11 лет, когда Григорий Орлов был фаворитом Екатерины, она поддерживала его имидж героя, государственного человека, патриота, гражданина. Так, отправляя Орлова на переговоры с турками, в рекомендательном письме к своей приятельнице Бельке Екатерина дала Орлову такую характеристику: «Граф Орлов, который без преувеличения первый красавец своего времени, должен действительно казаться ангелом перед этими гнусными турецкими бородачами; его свита блестящая и отборная; и мой посланник любит великолепие и блеск. Но держу пари, что его особа сокрушает всех вокруг. Этот посланник — удивительный человек, природа так роскошно наделила его со стороны ума, сердца, души, что у этого человека нет ничего приобретенного — все натура, и все хорошо; но госпожа натура также избаловала его, потому что прилежание труднее для него всего на свете, и до тридцати лет ничто не могло его к нему принудить. Несмотря на то, удивительно, сколько он знает; его естественная прозорливость так далека, что, слыша о предмете в первый раз, он схватывает его крепкие и слабые стороны и оставляет далеко позади себя человека, который начал о нем с ним говорить».
Надо иметь в виду, что эта, на первый взгляд блестящая, характеристика была дана накануне Бухарестского конгресса в Фокшанах, куда, как первый полномочный посланник, был направлен Орлов. Екатерина прекрасно понимала, что неотёсанный, необразованный, грубый солдафон Орлов не подходит на роль дипломата, а потому она предваряет неприятное впечатление, которое он может произвести на членов конгресса, словами: «Но держу пари, что его особа сокрушает всех вокруг», «прилежание труднее для него всего на свете, и до тридцати лет ничто не могло его к нему принудить». «Прилежанием» она называет обучение, а его необразованность старается заменить «естественной прозорливостью».
И Екатерине, и её окружению уже наскучил грубый фаворит. Теперь уже Екатерине не было необходимости удерживать завоёванную переворотом власть, а потому ей не нужен был человек, который своими действиями, зачастую не согласованными с ней, только компрометировал свою покровительницу. Да и Орлов тоже уже тяготился своей ролью фаворита, он был призван к военной деятельности и образование получил только военное, поэтому ему хотелось быть героем сражений, и он завидовал своему брату Алексею, но особенно Петру Румянцеву-Задунайскому. Завидуя Румянцеву, Орлов всячески принижал его значение, показывая себя на заседаниях Сената решительным и боевитым, способным в два приёма победить турок и окончить войну. О Румянцеве он говорил как о медлительном и нерешительном полководце. Поэтому, отправляясь на переговоры с турками, он не ставил целью договор о мире, а больше планировал взять у медлительного Румянцева войска, направить их против турок и, разгромив Османскую империю полностью, дойти до самого Константинополя. Этот проект не осуществился, потому что он не испросил разрешения у императрицы, а Румянцев, несмотря на угрозы разбушевавшегося фаворита, решительно отказался передать войска без повеления на то Екатерины.
