В этих делах и заботах Дионисия прошла зима 405–404 гг. Весной Дионисий начал кампанию по восстановлению державного положения Сиракуз в Восточной Сицилии, презрев прошлогоднюю договоренность с Гимильконом. Он пошел на сикульский городок Гербесс, однако начатая было осада оказалась прерваной внезапно вспыхнувшим возмущением в лагере сиракузян. Сиракузские ополченцы убили своего начальника, назначенного Дионисием, и избрали новых стратегов. Этот военный мятеж послужил сигналом к выступлению всех антитиранических сил. Граждане Сиракуз призвали на помощь изгнанников из Этны и совместно начали осаду акрополя на Ортигии, где к тому времени уже укрылся Дионисий с ближайшими соратниками. На помощь восставшим сиракузянам, по их просьбе, Мессана и южно-италийский город Регий прислали свои флоты — до 80 кораблей в совокупности. Наконец, из Коринфа — метрополии сиракузян — прибыл стратег Никотел, уполномоченный возглавить операцию по свержению тирании в Сиракузах.

Положение Дионисия одно время было столь отчаянным, что он был готов даже начать переговоры и сложить оружие при условии предоставления ему от восставших права свободно покинуть Сицилию. Тогда один из его друзей по имени Эллопид сказал ему вошедшие в историю слова: «Дионисий, твоя власть будет тебе прекрасным погребальным покровом». Устыженный Дионисий воспрянул духом и со своими сторонниками мужественно продолжал выдерживать осаду. Ему удалось обмануть бдительность своих противников и привлечь к себе подкрепления, в том числе наемный отряд в 1200 всадников из южно-италийской области Кампания, ранее состоявший на службе у карфагенян и сумевший пробиться в замок тирана. Пополнив ряды своего воинства, Дионисий предпринял внезапную и решительную атаку на позиции своих врагов и нанес им сокрушительное поражение. Малочисленная дружина тирана обратила в бегство многотысячное ополчение горожан, и многие сочли, что тут не обошлось без вмешательства неких божественных сил. Это произвело такое впечатление на восставших, что сиракузские ополченцы разбежались по округе; часть участников восстания, числом до 7000 человек, отступила в Этну, ранее занятую всадниками.

Победив, Дионисий проявил политическую мудрость и великодушие, свойственные истинно великим властителям. Ни о каких репрессиях не было и речи, государь позаботился о почетном погребении своих павших противников и во имя установления гражданского мира объявил амнистию всем без исключения участникам восстания. Большинство сиракузских граждан с признательностью в душе откликнулось на этот призыв и вернулось к мирной жизни, многие из тех, кто укрылся в Этне, возвратились в Сиракузы. И хотя немало было и таких, кто, отвергнув все предложения Дионисия, остались в своем убежище и хранили непримиримую ненависть к тирану, ожидая благоприятного случая для возобновления борьбы, в последующие годы его правления никаких массовых антитиранических выступлений более не случалось.

Этому способствовали и предпринятые Дионисием дополнительные меры по усилению безопасности своей власти: акрополь был окружен вторым кольцом укреплений, граждан принудили сдать все имеющееся у них оружие, а новые наемные отряды увеличили численность войска тирана. При этом важную услугу в наведении порядка Дионисию оказали его союзники спартанцы. Прибывший из Спарты военачальник Арист помог устранить очень опасного для нового режима коринфского стратега Никотела.

Уладив внутренние трудности, Дионисий с 403 г. возобновил дипломатические и военные действия по принуждению к подчинению власти Сиракуз отпавших варварских племен и греческих полисов. Используя только свои наемные отряды, он овладел Этной, два года служившей оплотом для его самых заклятых врагов, и в 400 г. основал неподалеку от нее новый город Адран, названный по имени сикульского божества, знаменитый храм которого находился в этом месте. Затем Дионисий подчинил своей власти или вовлек в тесные союзные отношения большую часть сикульских общин. Наконец, он добился вхождения в Сиракузскую державу городов восточного побережья: Леонтин, Катаны и Наксоса. Леонтины были покорены средствами дипломатии и не пострадали. Участь Катаны и Наксоса, захваченных при содействии изменников, оказалась трагической. Оба города подверглись разграблению и полному разрушению, их население частью разбежалось, а частью было продано в рабство. Руины Наксоса Дионисий отдал соседним сикулам, а в Катане была основана колония его кампанских наемников, сыгравших важную роль в подавлении восстания 404 г.

Суровая расправа Дионисия с Катаной и Наксосом вызвала возмущение в соседних Мессане и Регии. Масла в огонь подливали сиракузские оппозиционеры, для которых тот же Регий стал основным пристанищем после потери ими Этны. В 399 г. объединенные силы этих двух городов даже выступили в поход против тирана, но их наступление развивалось только до границы сиракузских владений. Тут в войске союзных городов разгорелись серьезные внутренние разногласия (организованные, скорее всего, тайными агентами Дионисия), вынудившие регийцев и мессанцев повернуть назад и направить сиракузянам предложения о мире. Дионисий не преследовал отступающих, а, напротив, охотно пошел на заключение мирного договора, который обеспечивал ему надежный тыл и развязывал руки для предстоящей новой войны с Карфагеном.

Еще в 404 г. нападением на Гербесс Сиракузы фактически упразднили действие своего соглашения с Карфагеном, но до военных столкновений между ними дело пока не доходило. Дионисий был занят упрочением собственной власти и консолидацией сил сицилийских греков под своим началом, а карфагеняне долго оправлялись от последствий страшного мора.

Вместе с тем, Дионисий сразу после окончания своей первой войны с Карфагеном приступил к подготовке второй. В 402 г. он начал строительство новой большой стены вокруг Сиракуз, включившей в городскую черту и обширный район Эпипол с находившимися там каменоломнями. Этим исключалась возможность тесной блокады города, как произошло во время войны с афинянами. К возведению этой стены Дионисий привлек 60 тыс. рабочих, разумно организовав их труд и поощряя к работе продуманной системой вознаграждения. Наиболее умелых работников он приглашал к обеду за свой стол и сам подавал пример усердия, трудясь на стройке в качестве простого каменщика. Благодаря этому огромная стена была построена в кратчайший срок. В своей крайней западной оконечности она была увенчана небольшой, но мощной крепостью Эвриал, развалины которой сохранились до нашего времени.

Затем все силы были обращены на производство оружия и постройку нового военного флота. В дополнение к имеющимся у Дионисия 110 кораблям, было построено еще более 200 судов, преимущественно триер. Некоторое количество от общего числа составили тетреры и пентеры, с четырьмя и пятью рядами весел с каждого борта, соответственно. Такого размера и вида суда были тогда изготовлены впервые в истории греческого кораблестроения. В то же время оружейные мастерские Сиракуз производили не только паноплии — полные комплекты тяжелого защитного и атакующего вооружения для пехотинцев, но и метательные боевые машины — катапульты и баллисты различных видов. Все эти работы выполнялись под непосредственным наблюдением, а часто и при личном участии Дионисия и его доверенных лиц. Удивляясь кипучей энергии тирана, один из его друзей как-то спросил, бывает ли у него свободное время? Дионисий глубокомысленно ответил: «Нет, и никогда пусть не будет!». По свидетельству философа Аристотеля, Дионисий на протяжении всего своего правления сам следил, чтобы все содержалось в порядке в его государстве.

Население города с пониманием относилось к предпринимаемым Дионисием энергичным мерам, поскольку идея освободительной войны с заклятыми врагами западных эллинов владела умами сиракузян. Сочувствие в массах помогло Дионисию выполнить все задуманное быстро и качественно, и поразительный результат этой деятельности послужил укреплению его авторитета.