Борьба со всемогущим великим канцлером, как водится, поначалу велась на периферийных участках, удары направлялись против второстепенных лиц, ему служивших, и главное лицо постепенно лишалось помощников и верных адептов и агентов. Бестужев ещё сопротивлялся, ему даже удалось прогнать с должности секретаря КИД ставленника Шуваловых Д.В. Волкова и поставить вместо него своего человека — Пуговишникова, до этого служившего при Петре Фёдоровиче связным по любовным делам. Но Шуваловы парировали это поражение ещё более мощным ударом: они свалили заведующего канцелярией барона И.А. Черкасова и поставили на его место А.В. Олсуфьева, тайного врага канцлера. «Таким образом, — писал французский посол Лопиталь в конце 1757 года, — Олсуфьев будет единственным хранителем драгоценностей и денег её величества и будет производить все расходы на её одежду и гардероб».

Ныне это может показаться нам странным и даже смешным, чтобы первый министр, формально не отстранённый от своей должности, лишившись возможности распоряжаться гардеробом Елизаветы Петровны, автоматически терял влияние на внешние дела государства! Но таковы были нравы «галантного» века и правила придворного этикета.

Месть была жестокой — это был конец.

Говорят, что за битого десять небитых дают. Вряд ли эту пословицу можно было применить теперь к Бестужеву-Рюмину. Жизнь жестоко била этого человека и в конце концов добила.

Расследование по делу Апраксина имело своей целью добраться в первую очередь до канцлера. Так что Алексей Петрович отлично понимал, чем всё это могло закончиться. В субботу 26 февраля 1758 года он был арестован. В этот день проходили два правительственных заседания, и канцлер, вероятно, чувствуя грозу над своей головой, не поехал ни на одно из них и остался дома. Но поступило приказание Елизаветы явиться, и Алексей Петрович был вынужден поехать. Его арестовали у дворцового подъезда сразу, как только он вылез из коляски. Один из братьев Воронцовых так описал это событие:

«В соседней комнате находился наготове гвардейский капитан. Маршал, князь Трубецкой, непримиримый враг Бестужева, взялся объявить ему его опалу и сделал это довольно бессердечно, собственноручно сорвав с него Андреевскую ленту… Затем позвали гвардейского капитана, сопровождавшего Бестужева домой. Отряд гвардейцев окружил карету, а в доме его уже стоял усиленный караул».

После ареста Бестужева наследник престола Пётр Фёдорович приветствовал Лопиталя сияющим от радости лицом и словами:

— Как я жалею, маркиз, что мой бедный друг Шетарди уже умер! Это известие доставило бы ему столько удовольствия!

Есть данные о том, что падению великого канцлера сильно посодействовал его камергер Брокдорф, сделавший на него донос. Бедный голштинец! Его беспечная радость по поводу крушения русского патриота скоро, слишком скоро отзовётся ему непредвиденными бедами и страданиями.

Документы бывшего канцлера конфисковали, но самые «интересные» для его врагов бумаги Алексей Петрович успел сжечь. Он заранее готовился к худшему и успел также предупредить об этом великую княгиню Екатерину Алексеевну. Но последовавшую после ареста переписку между ними следствие всё-таки перехватило, что и составило главный обвинительный материал против бывшего канцлера. Следственная комиссия, состоявшая из членов Конференции князя Трубецкого, генерал-фельдмаршала А.Б. Бутурлина (1694—1767), начальника Тайной канцелярии графа А.И. Шувалова и секретаря Д.В. Волкова, рьяно и с большим пристрастием принялась за дело, но ничего существенного Бестужеву-Рюмину предъявить так и не смогла. Александр Борисович Бутурлин признавался: «Бестужев арестован, а мы теперь ищем причины, за что его арестовали». Ничего нового для себя Алексей Петрович на сей раз не узнал: всё было, как в тот первый арест во время правления Анны Леопольдовны…

Вслед за канцлером были арестованы бывший наставник великой княгини в русском языке и начальник департамента герольдии Василий Ададуров, бывший адъютант графа А.Г. Разумовского, тесный приятель С. Понятовского Елагин, а также служивший у Бестужева на побегушках итальянец-ювелир Бернарди.

Судопроизводство тянулось более года, не дав нужных результатов. Правда, пытке Бестужева не подвергали. Преступное сообщничество канцлера с великой княгиней Екатериной Алексеевной, имевшей целью парализовать действия русской армии в Пруссии, доказано не было. Остались также ненайденными и письмо Екатерины фельдмаршалу Апраксину, и проекты Бестужева о наследовании русского престола. Их канцлер успел уничтожить. Бестужев заранее почувствовал сгущающиеся над головой тучи и постарался, чтобы все улики, в том числе у его сообщников, исчезли.

Следствие главным образом уцепилось за письмо канцлера Екатерине, переданное на следующий день после ареста через управляющего голштинскими делами князя Штамбке.

В нём бывший канцлер сообщал Екатерине, чтобы она ничего не опасалась, поскольку он все компрометирующие бумаги сжёг, и советовал «поступать смело и бодро с твёрдостью и помнить у что подозрениями ничего доказать нельзя». Бестужев условился со Штамбке продолжить переписку с великой княгиней и общаться с ней через тайник, закладываемый в груде кирпичей рядом с домом Бестужева. Но тайник был вскорости обнаружен, а курьер — музыкант, изымавший и закладывавший записки в кирпичи, был схвачен на месте.

Доказательств государственной измены, тем не менее, добыто не было, но следствие и даже императрица догадывались о существовании далеко идущих проектов Бестужева, поэтому Волков главное внимание на допросах арестованного уделял именно им. Если бы они обнаружились, или если бы Бестужев признал их составление, ему без сомнения грозила бы смертная казнь за государственную измену.

Следствие длилось целых 14 месяцев, и всё это время Алексей Петрович сидел безвыездно в своём доме. Через полтора месяца после ареста к нему явился председатель следственной комиссии князь Трубецкой и приказал содержать своего недруга в строгости, никого к нему не допускать, кроме слуги Редкина, не давать ножей, а страже — сержанту с часовым — ни на минуту не отлучаться с поста. Костомаров пишет, что супруга Бестужева беспрестанно плакала, сын Андрей сердился, а сам граф только стонал и терпеливо ждал смертного часа.

Наконец, в апреле 1759 года состоялся приговор.

Его обвинили в том, что он старался вооружить великого князя и великую княгиню против императрицы; что он не выполнял письменных высочайших указов и мешал их исполнению; что, зная о намерениях Апраксина отвести армию в тыл, не донёс о том государыне, а вместо того хотел исправить дело сам, приплетя «в непозволенную переписку» такую персону, «которая не должна была принимать участия», то есть Екатерину, чем «нечувствительно в самодержавное государство вводил соправителей и сам соправителем сделался».

Е. Анисимов справедливо считает, что Бестужев, вмешавшись в придворную интригу о престолонаследии на стороне великого князя Петра Фёдоровича и великой княгини Екатерины Алексеевны, совершил серьёзную ошибку. Но, с другой стороны, сведения о том, что Елизавета и «братья-разбойники» Шуваловы задумали лишить великого князя права престолонаследия, выслать его с женой обратно в Голштинию, а на трон возвести их сына Павла, не оставляли им иного выбора, как попытаться помешать таким планам, а ставка на них канцлера, с учётом плохого состояния здоровья Елизаветы, была вполне реальным и здравым шагом. Плохо, конечно, что в эту интригу был замешан английский посол Уильяме. Спустя 44 года англичане приложат свою «тяжёлую» руку к свержению сына Петра Фёдоровича.

В качестве наказания комиссия назначила Бестужеву смертную казнь отсечением головы. Однако государыня-императрица проявила милость и приказала отправить его в ссылку в подмосковное имение Можайского уезда, которое бывший канцлер назвал Горетовом. За ним последовала его жена и единственный сын Андрей. В манифесте о преступлениях бывшего канцлера, в частности, говорилось: «велено ему жить в деревне под караулом, дабы другие были охранены от уловления мерзкими ухищрениями состарившегося в них злодея». Бывший канцлер беспрекословно сложил с себя все чины и обязанности и вернул в казну все награды, кроме одной — портрета Петра I.