Как и его друзья, Вебер знал о своем близком конце, даже если и скрывал это от них и прежде всего от своей семьи. Мысль о том, что он каждый день может умереть, заставила его привести в идеальный порядок все свои бумаги, ценные и личные вещи, даже чаевые персоналу были разложены в подписанные конверты. Завещание Смарт взял себе, чтобы исполнить все в соответствии с волей усопшего. В тот же вечер было произведено вскрытие, в результате которого, в присутствии врачей Д. Ф. Дженкена, д-ра Ф. Форбеса, д-ра П. М. Кинда и д-ра У. Робинсона было сделано заключение: «При вскрытии трупа К.М. фон Вебера, мы обнаружили опухоль с левой стороны гортани. Легкие почти полностью охвачены болезнью, частично с гнойными туберкулами и двумя кавернами, одна из которых величиной примерно с куриное яйцо, другая поменьше. Этим в достаточной степени объясняется причина смерти». Дополнительно к этому специальному заключению в тот же понедельник 5 июня 1826 года доктор Ф. Форбес подал сэру Джорджу Смарту личное заключение следующего содержания: «Уважаемый господин! При осмотре трупа Карла Марии фон Вебер выяснилось следующее: опухоль в гортани слева, легкие сплошь в больших и малых туберкулах, некоторые гнойные, две каверны на левом легком, одна величиной с куриное яйцо, другая немного меньше; на поверхности левого легкого были 2 образования в форме пузыря, которые я сначала принял за гидатиты (Пузыри, которые образуют эхинококки. Прим. авт.) — один величиной с грецкий орех, другой с лесной орех. Они образовались в результате разрыва воздушных клеток легкого. Следовательно, обволакивающая мембрана наполнилась воздухом. Подобные явления можно обнаружить в легких загнанных лошадей». Посмертное заключение мастера обнаружилось позже в бумагах бывшего ученика Юлиуса Бенедикта.

После проведенного на смертном ложе вскрытия, тело изможденного, похудевшего как скелет Вебера забальзамировали и положили в цинковый гроб. Утром 21 июня траурная процессия, состоявшая из 16 траурных и четырех персональных карет, тронулась в путь. Черный катафалк, на котором блестящей краской был нарисован фамильный герб — серп луны и звезда — а также написано слово «Resurgam» в часовню Морфилда везли 6 лошадей, где после реквиема под мелодию траурного марша из оратории Генделя «Саул» 12 музыкантов понесли гроб в склеп. Весь музыкальный мир Лондона был в трауре в связи со смертью «короля музыки». Каролина, которая в это время была с обоими сыновьями в Клейн-Хостервитце, узнала эту страшную весть от своей подруги Шарлотты фон Гаман, которую Фюрстенау письмом известил о событиях в Лондоне. Когда, находясь в саду, она получила известие о смерти мужа, то от боли упала навзничь на землю. Макс Мария, которому в то время было 4 года, побежавший за матерью, никогда не смог забыть этот момент. «Почти сорок лет прошло с тех пор, но в моих ушах и сегодня звучит этот крик, с которым мать обняла его, очнувшись на траве после похожего на смерть обморока, увидев над собой залитое слезами детское лицо».

Благодаря преемнику Вебера в Дрездене, Рихарду Вагнеру, в 1844 году останки его предшественника были перезахоронены в Дрездене, последнем месте творчества мастера. В государственном архиве Дрездена имеется протокол от 1841 года, который только недавно был расшифрован и позволил внести ясность в противоречивые суждения относительно перезахоронения останков Вебера и сооружения памятника Веберу в Дрездене. Согласно этому протоколу, осенью 1840 года нюрнбергский англист Йозеф Гамбилер объездил Британские острова и, будучи почитателем Вебера, разыскал его гроб в часовне Морфилд. Статья «Прах Карла Марии ф. Вебера в Лондоне» в популярном в то время журнале «Европа» 1841 года напомнила с некоторой патетикой, что «…Останки одного из …великих немцев лежат в чужой земле забыты и непочитаемы. Место покоя земных останков любимого немецкого композитора не должно оставаться там, Германия должна принять его в свою землю». Эта статья чуть было не вызвала народное движение, которое объясняется тем, что представители германского домартовского периода (до революции 1848 года в Германии. Прим. перев.) видели в Вебере художника национального и исторического значения. Быстро появились новые статьи, которые подхватили мысль о перезахоронении останков Вебера. А вскоре в Дрездене состоялся концерт из произведений мастера, на котором присутствовали также король Фридрих Август II и его супруга. Доход от концерта должен был пойти на сооружение памятника. Ярым противником этих стремлений был генеральный директор придворного театра Вольф Адольф Август фон Люттихау, который использовал все, чтобы помешать этому. Он утверждал, что такой прецедент будет иметь последствия, что все саксонские капельмейстеры, умершие позже за пределами Дрездена, также должны быть перезахоронены. Только, когда королю было доложено, что недавно созданный комитет по перезахоронению Вебера хочет осуществить это намерение как частное мероприятие, и в результате призыва 16 декабря 1844 года многими оперными и другими театрами Германии были собраны значительные суммы, он обязал своего тайного советника фон Люттихау не препятствовать этому делу.

По инициативе Рихарда Вагнера 25 октября 1844 года английский корабль «Джон Балл» привез останки Вебера в Гамбург, где в честь усопшего на кораблях всех наций были приспущены флаги. Вследствие того, что Эльба была покрыта льдом и маленький корабль не мог доставить гроб в Дрезден, его решено было отправить по железной дороге. После того, как гроб Вебера 14 декабря был доставлен в Дрезден, на следующий день останки маэстро нашли вечный покой на католическом кладбище Дрездена, на родной земле.

Провести медицинский анализ истории болезни Вебера, если о нем судить по биографическим данным, сегодня не представляет большого труда. Сначала мы видим слабого, хромого мальчонку, который только в 4 года научился ходить. Виной тому было тяжелое заболевание тазобедренного сустава, которое всю жизнь доставляло ему много неприятностей и особенно проявлялось при перегрузках или в связи с повышением температуры. Так, в 1812 году, когда впервые проявилась легочная болезнь, он жаловался на «сильные боли после ходьбы». Но и в периоды, когда он не болел, все же хромал, хотя это его особенно не беспокоило. Иначе нельзя было бы объяснить, как он без особых трудностей мог пешком пойти в Бернское предгорье и даже взобраться на Риги. Из имеющихся сведений и описаний в случае Вебера речь, по-видимому, идет о так называемом врожденном вывихе бедра, симптомы которого в общих чертах, особенно на поздней стадии, описал знаменитый греческий врач Гиппократ, родившийся на острове Кос около 460 г. до Рождества Христова. Из-за недостаточного развития шейки бедра на головке бедренной кости одна нога, сначала еле заметно, становится короче другой; вследствие ограничения деятельности мышц, обусловленного таким дефектом, появляется хромота. Характерным для этого заболевания, если оно не выявлено вовремя, является то, что ребенок поздно начинает ходить, при усталости хромота усиливается — симптомы, которые мы видим у Вебера. Так как в то время картина болезни была мало знакома, и, следовательно, не существовало соответствующего лечения этой болезни, то после 40 лет учащались вывихи, затем появлялись признаки деформирующего артрита, связанного с износом и атрофией хрящей, а также с утолщением костей суставов. Хромота и боль при ходьбе естественно усиливались. Сегодня, к счастью, таких последствий не наблюдается, так как врожденные вывихи обнаруживаются у новорожденных ультразвуком и устраняются методом коррекции.

Дитер Кернер не исключал возможность туберкулеза костей у Вебера. Однако упомянутые выше симптомы и дальнейший ход болезни свидетельствуют против такой возможности, не говоря уже о том, что туберкулез тазобедренного сустава причиняет очень сильные боли, которых мы не наблюдаем у Вебера в детстве. Так как в то время не было эффективного лечения, то часто очень рано наступала неподвижность конечности. Пациент с туберкулезом тазобедренного сустава не смог бы подняться в горы Швейцарских Альп.