Штолета выпраўляліся экспедыцыі, каб папоўніць музей гістарычна важнымі матэрыяламі. Сярод сябраў Віленскай археалагічнай камісіі амаль нікога не было летувіскай нацыянальнасці, таму і даследаванні вяліся ў асноўным на тэрыторыі Беларусі. Нават у Ковенскай губерні абследавалася яе паўночна-ўсходняя частка, дзе жыло пераважна беларускае насельніцтва. З такіх рэгіёнаў, як Жамойція і Дзукія, матэрыялаў паступала вельмі і вельмі мала. Ішлі знаходкі з Віленскага павета, дзе летувісаў пражывала тады толькі каля двух адсоткаў, з Троцкага павета, дзе іх было некалькі больш. Прыкладна такой была тады і «расстаноўка» навуковых сіл у Вільні. Сам Я. Тышкевіч ды ўсе яго калегі лічылі гэта натуральным і пытанне аб «дыскрымінацыі» не ўзнікала.
У канцы года на пасяджэнні Віленскай археалагічнай камісіі кожная экспедыцыя рабіла сваю справаздачу, аформіўшы яе ў выглядзе рэфератыўнага даклада. Рэчавы матэрыял паступаў у музей, а самі рэфераты змяшчаліся ў «Записках Виленской Археологической комиссии», якія выходзілі штогод. У абмеркаванні вынікаў праведзеных экспедыцый удзельнічалі многія сябры камісіі, але найбольш чынны ўдзел браў Я. Тышкевіч. Ён жа даваў устаноўкі і на наступны год. Тут вучоны зыходзіў з уласнага вопыту, а таксама з дзейнасці падобных арганізацый іншых краін.
Самым урачыстым для музея і Археалагічнай камісіі стаў дзень 1856 года, калі сабраўся народ на адкрыццё першай экспазіцыі. Прыехалі сюды і тыя, хто слаў свае экспанаты, ганаровыя госці з Вільні і іншых гарадоў Беларусі. Усім уручаўся спецыяльна напісаны верш-лісток У. Сыракомлі на памяць пра адкрыццё музея. Людзей сабралася нямала. Да ўсіх прысутных звярнуўся арганізатар і стваральнік Віленскага музея старажытнасцей, яго кіраўнік Яўстах Тышкевіч, які адзначыў важнасць гэтай падзеі для адраджэння гісторыі і культуры края. У гэты дзень ён быў у самым найлепшым настроі — ажыццявілася яго даўняя мара. Ён прымаў віншаванні гасцей, новыя ахвяраванні для музея і не ведаў, што радасць гэтая будзе нядоўгай.
Пасля свята — зноў упартая праца. Ішла яна без асаблівых бедаў, але цяжкасцяў хапала. Па-ранейшаму ўсе арганізацыйныя клопаты браў на сябе Я. Тышкевіч, які хадзіў да розных сталаначальнікаў Вільні, да выдаўцоў, у цэнзурны камітэт. Яго аўтарытэт вучонага дапамагаў музею, і ўсе астатнія супрацоўнікі маглі поўнасцю аддацца навуковай справе. Рэгулярна праходзілі паседжанні Археалагічнай камісіі, на якіх чыталі рэфераты, ацэньвалі новыя паступленні ў музей, планаваліся чарговыя экспедыцыі. А.Кіркор рыхтаваў каталогі музея. Збіраліся матэрыялы для наступных выданняў «Запнсок Внленской Археологнческой комнсснн».
Навуковая дзейнасць музея набыла дастаткова шырокі розгалас. Пра яе чулі ў Маскве, Кіеве, Кракаве, Адэсе… У 1862 годзе ў Вільню прыязджаў ужо тады прызнаны гісторык М.І.Кастамараў (1817–1885). Ён сустракаўся з Я. Тышкевічам, А.Кіркорам, У. Сыракомлем, А. Адынцом, М. Маліноўскім. З гутарак з імі госць вынес цяжкае ўражанне ад іх нялёгкага жыцця: «Гэта кола літаратараў было ў няласцы ў тагачасных польскіх патрыётаў, якія глядзелі на іх, як на здраднікаў агульнай справе»{19}. Пра Я. Тышкевіча зазначыў: «Гэта быў старамодны чалавек з лысай галавою і меў на выгляд гадоў 60…»
Навуковая грамадскасць прызнала заслугі Я. Тышкевіча, абраўшы яго ў 1859 годзе ганаровым сябрам Пецярбургскай Акадэміі навук. Вучоны дзякаваў за аказаны яму высокі гонар Д. М. Блудава: «Міласцівы гасудар, граф і Дзмітрый Мікалаевіч. Маю шчасце ад 5 студзеня за № 5 атрымаць дыплом на званне Ганаровага сябра імператарскай Акадэміі навук, спяшаюся прынесці вашаму сіяцельству і ўсяму вучонаму саслоўю Акадэміі шчырую падзяку за надзвычай высокі зроблены гонар і прыемную ўвагу да пасільнай маёй працы і імкненняў на карысць грамадскую. Маю гонар пакорнейша прасіць ваша сіяцельства прыняць завярэнне ў маёй высокай павазе і паўнейшай адданасці. Гр. Я. Тышкевіч»{20}.
…Настаў 1863 год. Выбухнула паўстанне, якое пачалося ў Польшчы, але, як і ў 1830 годзе, польская шляхта нядоўга супраціўлялася расейскай арміі і ўвесь цяжар руху перамясціўся на ўсход, у Беларусь, дзе актыўнасць атрадаў інсургентаў адзначалася яшчэ і ў 1864 годзе. У гэтым была выключная заслуга Кастуся Каліноўскага. Думы правадыра беларускага паўстання былі блізкія і многім супрацоўнікам музея, сябрам Археалагічнай камісіі.
Віленская казённая адміністрацыя разглядала музей старажытнасцей як адзін з цэнтраў «польскай інтрыгі» і па загаду генерал-губернатара М. М. Мураўёва ў 1864 годзе ён фактычна быў зачынены. Спыніла сваю дзейнасць і Віленская археалагічная камісія. Замест яе працавала іншая — «Комиссия для разбора и приведения в известность и надлежащий порядок предметов, находящихся в Виленском музеуме древностей». У інспіраваную М. М. Мураўёвым камісію былі ўключаны І.П. Карнілаў — папячыцель навучальнай акругі, М. В. Глебаў-Стрэшнеў — сваяк М. М. Мураўёва, П. А. Бяссонаў — дырэктар навучальні, фалькларыст і этнограф, М. Ф. Гарбачэўскі — архіварыус, а таксама А. Р. Пшчолка — настаяцель сабора. На пасяджэннях камісіі не раз прысутнічаў цывільны губернатар С. Ф. Панюцін. Усе яны былі прыхільнікамі пецярбургскай арыентацыі. Дзеля прыліку ў склад гэтай «світы» ўключылі і самога Яўстаха Тышкевіча, аднак з яго думкамі ніхто не збіраўся лічыцца. Кіраваў камісіяй А. Д. Сталыпін, бацька вядомага Пятра Сталыпіна, міністра ўнутраных спраў, старшыні савета міністраў. Цікавасць да работы камісіі праяўлялі і нават прысутнічалі пры разборах матэрыялаў музея грамадзянскі губернатар С. Ф. Панюцін, адзін з самых першых гісторыкаў паўстання 1863–1864 гадоў В. Ф. Ратч, палкоўнік П. В. Баброўскі.
Да ўсяго меў дачыненне ў краі сатрап Мураўёў, даваў ён указанні і па рэарганізацыі музея, каб тут надалей былі «живые свидетельства искони присущей здешнему краю русской жизни». Для пяцідзесяцігадовага Я. Тышкевіча гэта азначала крах яго надзей. На яго вачах экспанаты музея «рэвізавалі» і як «шкодныя» адпраўлялі ў Маскву. Але і гэта яшчэ не ўсё. Бадай, найбольшую крытыку вытрымаў вядомы вучоны з боку польскіх экстрэмістаў, якія абвінавачвалі яго як кіраўніка музея і Археалагічнай камісіі ў самых розных грахах. Словам, ён атрымліваў удары як справа, так і злева.
Я. Тышкевіч вельмі перажываў за ўнікальныя музейныя калекцыі, з якімі ўлады паступалі бесцырымонна. Супрацьстаяць гэтай афіцыёзнай кампаніі місіянераў было проста бессэнсоўна, і ён прымае рашэнне зняць з сябе паўнамоцтвы куратара-кіраўніка музея. З вялікім болем у душы археолаг у 1865 годзе пакідае Вільню і пасяляецца ў невялікім мястэчку Біржы, якое належала яго сваяку Язэпу Тышкевічу, таксама археолагу. Сум па музейнай справе, заняпад грамадскага жыцця пасля задушэння паўстання, закрыццё некаторых перыядычных выданняў, паўсюдная русафобія — усё гэта канчаткова выбіла Я. Тышкевіча з каляіны нармальнага жыцця. Не вельмі ўзрадавала яго і вестка аб пераглядзе рашэння мураўёўскай камісіі і вяртанні з Масквы ў Вільню вывезеных экспанатаў. Назад трапілі далёка не ўсе прадметы, толькі 206 адзінак захавання. Не вярнулася, напрыклад, унікальная аршанская кальчуга са славянскімі пісьмёнамі. Яна і да сённяшняга дня экспануецца ў Дзяржаўным гістарычным музеі ў Маскве.
Я. Тышкевіч зразумеў, што больш яму не давядзецца вярнуцца да музейнай дзейнасці. Частка яго збораў з Віленскага музея старажытнасцей пазней трапіла ў калекцыю польскага этнографа З. Глогера, а потым у Нацыянальны музей у Варшаве. Толькі невялікая частка з тых калекцый засталася ў Вільні. Нават не дасведчанаму ў гэтых справах чалавеку было зразумела, што тут задумана стварыць фактычна новы музей паводле мураўёўскага ўзору. Неўзабаве так яно і здарылася. Толькі дзякуючы старанням беларускага археолага І.Луцкевіча частка Тышкевічавых збораў увайшла ў фонд Беларускага нацыянальнага музея ў Вільні (1921–1945). У пасляваенны час новымі ўладамі тыя калекцыі былі падзеленыя і трапілі ў розныя музеі Летувы, а старыя супрацоўнікі рэпрэсіраваныя{21}.
