В начале мая цинская армия во главе с Сабсу выступила из Айгуня на Якса двумя маршрутами — по реке и по суше. 28 мая оба отряда встретились в районе Чакэчжоу, на подступах к Якса. Сабсу послал Толбузину послание, в котором обвинил последнего в нарушении данного обещания, в новом вторжении в пределы китайских земель и потребовал от него вместе с русскими войсками вернуться на свою землю, пообещав, что в противном случае будет уничтожен. Толбузин не прислушался к предостережению и, напротив, выслал из города свой отряд с задачей атаковать цинские войска. Начиная с 4 июня цинские войска начали ожесточенно штурмовать город. Китайский отряд, действовавший с северной стороны под командованием Ланьтаня, обстреливал город из своих орудий. Отряды под командованием Яциня и Баньдалиша атаковали город с юга. Русские войска вышли из города для того, чтобы принять бой, и были разбиты. Фудутуны Вэньдай и Байкэ во главе отрядов фуцзяньских воинов с лиановыми щитами захватили небольшую высоту к югу от города. Русские войска, вновь вышедшие из города в атаку с целью снять блокаду, были сокрушительно разбиты в рукопашном бою и понесли серьезные потери. Чтобы надолго заблокировать русский гарнизон, Сабсу приказал с трех сторон выкопать рвы и возвести оборонительные укрепления и различные заграждения.
Чтобы перекрыть русским пути отхода или подхода к ним подкрепления, «с западной стороны города напротив реки расположился один отряд», а в 6—7 ли от города вверх по реке в заливе «расположился на судах другой отряд». Вдоль и западного, и восточного берегов реки была создана оборона. Сабсу доложил: «Я, вассал, во главе 2100 человек веду оборону, однако сил явно недостаточно». Император Канси немедленно приказал фудутуну Бодину во главе отряда из 200 офицеров и солдат выступить на подмогу, а уставших коней с передовой линии Сабсу отослать на пастбища к Хэйлунцзяну и в Мэргэнь.
Начиная с 14 июля обе стороны провели пять ожесточенных сражений. Толбузин после серьезного ранения осколком в ногу скончался, а на место военачальника встал Бэйтон. После того как о сложной ситуации в Якса узнал Власов, он послал на помощь отряд из 70 человек под командованием Лоншакова. Лоншаков на речных судах достиг устья реки Эрдокуньхэ, однако попал там в засаду, устроенную цинскими войсками. В поисках выхода, которым можно было бы воспользоваться, чтобы пробраться в Якса, он увидел, что цинские войска с суши и со стороны реки взяли гарнизон города в плотное кольцо и осуществить внезапные вылазки невозможно. В подавленном состоянии он вынужден был отступить в сторону Нерчинска. В связи с тем, что помощи не было, запасы продовольствия таяли, а впереди была суровая зима, русские войска испытывали жажду и холод, их моральный дух падал, они страдали от цинги. Население города с 826 человек упало до 150, а в конце концов в живых осталось лишь 66 человек. Трупы лежали горами, их не было возможности предавать земле.
Поскольку война за Якса была справедливой, она получила глубокую поддержку в сердцах населения и армии. Кроме того, цинское правительство применило стратегический курс «сначала ритуал, потом военная сила», который предусматривал: «накопить достаточно военного провианта, вечно охранять границы на Хэйлунцзяне, давить постоянно, создавая трудности для противника». В результате царская Россия дважды оказывалась на грани безвыходности в отношении Якса. Однако правительство царской России в то время из-за своей политики территориальной экспансии и угнетения народов оказалось в очень трудном положении внутри страны и за рубежом. Армия и материальные ресурсы Сибири были крайне скудны, они не могли оказать какой-либо эффективной помощи русскому гарнизону в Якса. Поэтому русский царь в сентябре 25-го года правления Канси (1686 г.) послал в Пекин миссию Венюкова. С одной стороны, пуская пыль в глаза, посылался большой отряд войск для помощи гарнизону Якса, с другой стороны, Венюков должен был уговорить цинское правительство приостановить блокаду Якса и заявить, что русский царь послал посла Головина в Пекин для проведения переговоров по пограничному размежеванию.
На самом деле последовательная позиция цинского правительства заключалась в том, чтобы посредством переговоров «размежевать границу, чтобы каждая сторона не перешла за свои пределы, чтобы местное население обеих пограничных территорий могло осесть там и не потерять намерения жить в вечной дружбе». И, несмотря на очередное вероломство царского правительства, Якса вновь была возвращена в руки цинских войск. Стоило только русскому правительству проявить желание пойти на переговоры, как цинское правительство сразу же приветствовало этот шаг. Канси немедленно открыто объявил: «Русский царь принял требования ритуала, обратился с просьбой снять блокаду Якса. Мы проявляем великодушие и не намерены устраивать в городе кровавую резню. В соответствии с этим приказом Сабсу должен вывести солдат из Якса, собрать всех в одном месте, собрать вместе боевые корабли. Кроме того, объявляется, что все лоча должны покинуть город, не должны безрассудно обороняться и должны действовать по указаниям русского посланника». Помимо этого, в Якса был послан конный отряд дворцовой стражи, чтобы передать приказ императора. Сабсу, получив зимой императорский приказ, немедленно приступил к его выполнению, предложив русскому гарнизону продовольствие и выразив намерение послать своих врачей для лечения больных. Затем он по собственной инициативе отвел свои войска на 20 ли от города, позволив русским войскам свободно выйти из города и установить контакт с русскими войсками из Нерчинска.
12 июля 26-го года правления Канси (1687 г.) монгольский тушету хан доложил Цинскому двору, что посланный для ведения переговоров русский посланник уже достиг подвластных ему земель. Канси немедленно приказал: «Сабсу должен возглавить отряд воинов и, воспользовавшись тем, что холода еще не наступили, двинуться в район Хэйлунцзян — Мэргэнь, отремонтировать и привести в порядок вооружение, дать отдых лошадям и дожидаться прихода зимы. В отношении важных пунктов по-прежнему вести тщательную разведку. Кроме того, о намерении русского посланника просить о мире и о выводе войск должны узнать лоча в самом Якса». Сабсу, получив приказ, начал действовать. Без всяких условий он снял блокаду Якса, создав благоприятные условия для проведения пограничных переговоров между Китаем и Россией. В результате этого было провозглашено окончание более чем двухлетней войны отпора у Якса.
7 сентября 1689 г. в результате длительных усилий китайской стороны, непрерывного преодоления препятствий и помех, чинимых русской стороной, китайско-русский «Нерчинский договор» был наконец-то официально подписан. Договор состоял в общей сложности из 6 статей и устанавливал размежевание двух сторон на восточном участке границы от Станового хребта до моря и рек Горбица и Аргунь. Договор юридически устанавливал, что весь обширный район бассейнов рек Хэйлунцзян и Уссури является китайской территорией. Одновременно царская Россия, воспользовавшись «Нерчинским договором», уступленный китайской стороной район к востоку от Байкала до Нерчинска включила в состав своей территории. Кроме того, бассейн реки Удихэ, который естественным образом должен был принадлежать Китаю, был определен как ожидающий своего размежевания. Помимо того, Россия получила множество серьезных торговых выгод.
Факты свидетельствуют, что царская Россия — агрессор, Китай — жертва агрессии. Китайско-русский «Нерчинский договор» торжественно заключен в результате равноправных переговоров. Китай в тех исторических условиях не мог не пойти на серьезные уступки, а царская Россия из этого извлекла для себя серьезные выгоды.
Что касается китайской стороны, то победа в военном отпоре у Якса в конечном счете привела к тому, что царская Россия-агрессор вернула Китаю часть захваченных ею земель, прекратила попытки царской России войти в сговор с главарями джунгарских бунтовщиков, что привело к установлению мира на границах Северо-Востока, заложило основы для нормализации взаимоотношений двух государств, что не может не вызывать радости.