В ноябре 1937 г. агент НКВД Зборовский доносил, что Седов, опасаясь внезапного покушения, составил завещание, в котором указал, где хранится его архив (96). В последнем письме Троцкому, отправленном 4 февраля 1938 г., Седов не сообщал о каких-либо признаках заболевания и рассказывал о своей активной деятельности в связи с предстоящим процессом по делу об убийстве Райсса (97). Болезнь Седова началась 10 февраля. В целях обеспечения безопасности его под именем французского инженера Мартэна поместили в частную клинику, принадлежавшую русскому эмигранту. (Во французской больнице при госпитализации необходимо было предъявить паспорт и тем самым раскрыть его настоящее имя.) Невестка Троцкого Жанна Молинье настаивала, чтобы о болезни и местонахождении Седова не сообщалось даже его близким товарищам. Однако, как вскоре стало известно, агент НКВД Зборовский, посещавший больного, «конфиденциально» сообщил об этом некоторым французским троцкистам.
Седову была сделана операция аппендицита, после которой на протяжении четырех дней наблюдалось явное улучшение его здоровья. Однако на пятую ночь Седов, находясь в бредовом состоянии, бродил без присмотра по коридорам больницы, а через сутки умер. В некрологе Троцкий возложил всю ответственность за его смерть на НКВД. Считая весьма вероятным отравление сына, Троцкий подчеркивал, что в распоряжении ГПУ имеются исключительные научные и технические средства, которые могут крайне затруднить работу судебно-медицинской экспертизы. Тайны искусства отравления, усовершенствованного в связи с развитием военной химии, «недоступны, правда, простым смертным. Но отравителям ГПУ доступно все» (98).
Аргументы Троцкого об отравлении Седова подкрепили прозвучавшие на третьем Московском процессе сообщения о специальной лаборатории по испытанию новейших ядов, которая находилась в распоряжении Ягоды, и о применении московскими врачами ядов для убийства больных методами, которые не поддаются контролю. «С точки зрения интересующего нас вопроса, — подчеркивал Троцкий, — почти безразлично, были ли в данных конкретных случаях показания подсудимых правдивы или ложны. Достаточно того, что тайные методы отравления, заражения, содействия простуде и вообще ускорения смерти официально включены в арсенал ГПУ». 19 июля 1938 г. Троцкий направил письмо следователю, занимавшемуся расследованием причин смерти Седова. В нем он заявлял, что версия следствия о естественном характере вызывает сомнения уже потому, что «в течение долгого времени, особенно же последних двух лет, Седов жил в обстановке постоянной блокады со стороны шайки ГПУ, которая на территории Парижа распоряжается почти с такой же свободой, как в Москве». Поэтому гибель Седова следует рассматривать не как обычный случай, а как неожиданную даже для врачей «смерть одинокого изгнанника после долгого единоборства между ним и могущественным государственным аппаратом, вооруженным неисчерпаемыми материальными, техническими и научными средствами... Дело идет о совершенно определенной международной шайке, которая совершает уже не первое преступление на территории Франции, пользуясь и прикрываясь дружественными дипломатическими отношениями» (99). В этом Троцкий усматривал причину того, что расследование причин смерти Седова на протяжении пяти месяцев не привело ни к каким результатам, подобно расследованию кражи его архивов и попытки убить Седова в Мюлузе.
Одно из свидетельств загадочного характера смерти Седова Троцкий видел в том, что оперировавший Седова хирург спросил Ж. Молинье: не покушался ли ранее Седов на самоубийство. «Поворот к худшему в состоянии больного, — комментировал этот факт Троцкий, — оказался настолько резок и внезапен, что хирург, не зная ни личности больного, ни условий его жизни, увидал себя вынужденным прибегнуть к гипотезе самоубийства». Троцкий называл также ряд установленных следствием фактов, подтверждавших подозрения о насильственном характере смерти Седова. Директор клиники, в которой находился больной, по сведениям французской полиции, «сочувствовал большевикам». Настоящее имя Седова было сообщено только владельцу клиники Симкову, который разговаривал с больным по-русски, хотя тот был помещен в клинику под французским именем. Хирург, производивший операцию, отказался дать объяснения следователю, ссылаясь на профессиональную тайну. «Если бы смерть Седова естественно и неизбежно вытекала из характера его болезни, — писал по этому поводу Троцкий, — то у хирурга не могло бы быть ни малейшего интереса или психологического побуждения отказываться от дачи необходимых разъяснений» (100).
Новые факты, связанные с обстоятельствами смерти Седова, выявились в 1955 г., при допросе Зборовского сенатской подкомиссией США. Зборовский был вынужден признать, что он передал резиденту НКВД сведения о болезни Седова и клинике, в которую тот был помещен (101).
Версия о смерти Седова как замаскированном убийстве находит подтверждение и в том, что она произошла в канун третьего Московского процесса, на котором Седов обвинялся в новых преступлениях, в связи с чем он неизбежно выступил бы с убедительными опровержениями.
Изучив хранящиеся в московских архивах донесения агента Зборовского, Волкогонов пришел к выводу, что остается мало сомнений в причастности НКВД к гибели Седова. Правда, прямых распоряжений об убийстве обнаружить не удалось. Волкогонов объяснял это тем, что подобные приказы давались устно, чтобы не оставлять компрометирующих следов. Кроме того, после завершения такого рода «операций» значительная часть связанной с ними документации уничтожалась (102). Косвенное подтверждение этой версии имеется и у Судоплатова, который пишет, что Шпигельглас, докладывая Ежову о смерти Седова, услышал в ответ: «Хорошая операция! Неплохо поработали, а?» (103: 96). Хотя Шпигельглас на допросе назвал эти слова беспочвенным хвастовством и утверждал, что НКВД не имел отношения к смерти Седова, его показания принимать на веру нельзя. Сталинские спецслужбы имели разветвленную структуру, и операция по убийству Седова могла быть осуществлена и без ведома Шпигельгласа.
Судьба самого Троцкого была решена Сталиным, который лично дал задание на его убийство. Павел Судоплатов в своих мемуарах подробно описывает разговор у Сталина в сентябре 1938 г., на котором присутствовал он и Берия. «Берия предложил нанести решительный удар по центру троцкистского движения за рубежом и назначить меня ответственным за проведение этих операций. В заключение он сказал, что именно с этой целью и выдвигалась моя кандидатура на должность заместителя начальника Иностранного отдела, которым руководил тогда Деканозов. Моя задача состояла в том, чтобы, используя все возможности НКВД, ликвидировать Троцкого. Возникла пауза. Разговор продолжил Сталин. — В троцкистском движении нет важных политических фигур, кроме самого Троцкого. Если с Троцким будет покончено, угроза Коминтерну будет устранена. Он снова занял свое место напротив нас и начал неторопливо высказывать неудовлетворенность тем, как ведутся разведывательные операции. По его мнению, в них отсутствовала должная активность. Он подчеркнул, что устранение Троцкого в 1937 г. поручалось Шпигельгласу, однако тог провалил это важное правительственное задание. Затем Сталин посуровел и, чеканя слова, словно отдавая приказ, проговорил: Троцкий должен быть устранен в течение года — прежде чем разразится неминуемая война. Без устранения Троцкого, как показывает испанский опыт, мы не можем быть уверены, в случае нападения империалистов на Советский Союз, в поддержке наших союзников по международному коммунистическому движению. Им будет очень трудно выполнить свой интернациональный долг по дестабилизации тылов противника, развернуть партизанскую войну» (104).
По предложению Судоплатова, непосредственным организатором операции по убийству Троцкого был назначен Эйтингон Н.И., который сформировал в рамках операции «Утка» две параллельные и ничего не знавшие друг о друге террористические группы из просталински настроенных испанских коммунистов. Это были группа «Конь» (Сикейроса) и группа «Мать» (Меркадера).