Быстрый отъезд Поликарпова породил у исполнителей мнение, что он в спешке недостаточно хорошо разобрался в ситуации. Чертежи могли быть использованы «конкурирующими» организациями, что нарушало приоритет конструкторского бюро. Исполнители хотели заручиться устным распоряжением Поликарпова, узнать его мнение по этому вопросу. Поэтому отправку чертежей они задерживали, несмотря на напоминания наркомата.

Вернувшись из командировки, Николай Николаевич, выслушав своих сотрудников, без тени досады и неудовольствия сказал: «Посылайте, срочно посылайте. Пусть учатся, а у нас с вами еще многое впереди».

Чертежи в тот же день были отправлены. Как гражданин, как патриот он не мог поступить иначе. Лозунг: «Все для фронта, все для победы!» — находил горячий отклик в сердцах всех советских людей.

Передача чертежей позволила сократить сроки создания новых истребителей МИГ с двигателем М-82, Як-7 с тем же мотором, а также Ла-5, сыгравшего большую роль в Великой Отечественной войне.

После начала войны началась интенсивная подготовка первого экземпляра ТИС (А) с двумя двигателями АМ-37 к первому полету. 11 июля 1941 г. Поликарпов назначил М. К. Янгеля ведущим инженером по машине, а ЛИИ НКАП — ведущим летчиком Ю. К. Станкевича. Первые полеты были произведены 30 и 31 августа. Повышенные температурные режимы воды и масла, неприятности с уборкой шасси потребовали проведения некоторых доработок. 10 сентября самолет был возвращен на завод № 51, и поэтому испытания в ЛИИ возобновились с 29 сентября. 13 октября 1941 г., после принятия решения об эвакуации ЛИИ НКАП, ТИС (А) перелетел в Арзамас, затем, 18 октября, — в Казань, где уже находилось ЛИИ. Но там в отношении самолета было дано указание провести сначала заводские испытания, а потом уже доводочные в ЛИИ НКАП. ТИС (А) разобрали и по железной дороге отправили в Новосибирск.

Второй и третий экземпляры ТИС строились, но ввиду небольшой производственной мощности завода и загруженности другими заданиями к началу эвакуации они были готовы только на 50–60 %, и по этой причине до конца 1941 г. работа над ними была приостановлена.

В октябре 1941 г. удалось достроить и вывести на аэродром первый экземпляр истребителя ИТП (М) с новым мотором М-107.

Кроме плановых работ, Н. Н. Поликарпову приходилось выполнять и экстренные, вытекающие из неотложных потребностей фронта.

25 июня 1941 г. народный комиссар авиационной промышленности А. И. Шахурин приказал заводу № 51 срочно спроектировать и построить 16-местные планеры в количестве 2 экземпляров. Они получили обозначение «С».

В годы Второй мировой войны планеры широко использовались для проведения транспортно-десантных операций в тылу врага, для доставки партизанам боеприпасов и снаряжения. В конце июня 1941 г., кроме Поликарпова, 7-местный планер проектировал О. К. Антонов, 11-местный — В. К. Грибовский, 20-местный — П. В. Цыбин.

При разработке планера коллектив конструкторского бюро завода № 51 стремился учесть все особенности боевого применения, включая доставку крупногабаритных грузов, возможность посадки на плохо оборудованные аэродромы. Так как после посадки в тылу врага планер обычно уничтожался, он должен был быть простым в производстве и иметь минимальную стоимость.

Внутри ОКБ вместо «С» чаще использовалось другое обозначение планера — «БДП».

Боевой десантный планер БДП представлял собой деревянный высокоплан с полотняной обшивкой крыла и оперения, рассчитанный на переброску 16–20 человек с вооружением. В воздушном бою десантники могли использовать семь пехотных пулеметов ДП. Стрелковые точки прикрывались броневыми листами толщиной 5 мм. После посадки они становились индивидуальными бронещитками пулеметчиков. Взлетал планер на колесной тележке, сбрасываемой из кабины летчика, а садился на лыжное шасси. Для улучшения взлетно-посадочных свойств использовались щитки. Размах крыла равнялся 20 м, площадь — 44,7 кв. м, длина — 13,6 м. Пустая конструкция весила 1435 кг, нагрузка — 1936 кг, полетный вес составлял 3371 кг.

Первый экземпляр был выпущен из сборочного цеха уже в конце августа 1941 г. и передан в ЛИИ на совместные испытания 4 сентября 1941 г. Однако в пути около Каширы планер был посажен нашими истребителями из состава ПВО Москвы, а затем сильно поврежден местными жителями. Испытания удалось продолжить лишь спустя три месяца.

По мере приближения фронта к Москве воздушные налеты противника становились более частыми, систематическими. У летчиков со сбитых германских бомбардировщиков находили карты, на которых были отмечены авиационные заводы и организации.

Ухудшающееся положение на фронте заставляло работать, не считаясь со временем. Н. Н. Поликарпов распорядился установить в своем рабочем кабинете раскладушку и сутками не уходил с завода. Кроме производственных, приходилось решать и другие неотложные задачи, в частности готовить завод № 51 к ликвидации последствий возможных налетов германской авиации.

«К 22 июля, когда был проведен первый воздушный налет на Москву, — вспоминал В. Г. Сигаев, — у нас уже был оборудован штаб ПВО, вырыты щели — укрытия (это были окопы в рост человека), водоем, заполненный водой на случай пожара. Было также организовано дежурство руководящего состава. Поликарпов, Давыдов, Бахрах, Кувшинов и др. — от администрации; Ионов, Князев, Сигаев и др. — от парторганизации; Капитонов и др. — от профорганизации.

Секретарь комитета ВЛКСМ Александров стал начальником штаба ПВО. Долгие дежурства в ожидании объявления тревоги сплачивали нас. Часто велись доверительные разговоры… Дежурил с нами и Николай Николаевич. Наравне со всеми, по ночам. Он разделял с коллективом все трудности и тяготы военного времени».

По указанию Поликарпова на заводе была организована специальная команда по проведению восстановительных работ после бомбежек. Она состояла из противопожарного, противохимического (считалось, что немцы могут использовать и химическое оружие) и санитарного звеньев. Началась военная подготовка личного состава завода.

В ночь на 22 июля 1941 г. немецкая авиация совершила первый массированный налет на Москву. До утра в небе гудели самолеты, рвались бомбы, стрекотали пулеметы, била зенитная артиллерия.

Несколько зажигательных бомб упало и на территорию завода № 51, но возникшие пожары быстро ликвидировали.

Несколько фашистских самолетов прорвалось в район Патриарших прудов. Николай Николаевич взял бинокль и вышел на балкон. Александра Федоровна уговорила его спуститься в убежище. По просьбе встретившегося на лестничной площадке управдома Николай Николаевич поднялся на крышу, чтобы помочь дружине местной противовоздушной обороны тушить зажигательные бомбы. Воздушные бои на подступах к столице шли всю ночь.

В целом, благодаря высокой эффективности системы ПВО г. Москвы, пожары и разрушения были относительно небольшими. Немцы потеряли 22 самолета.

Следующую ночь германская авиация повторила массированный налет, и он также был отбит с потерями для противника. В дальнейшем налеты на Москву продолжались, но соединений такой численности немцы уже больше не выделяли. Бомбежки столицы дорого стоили противнику, потерявшему более двухсот летчиков.

После этих событий Николай Николаевич отправил семью на дачу Марии Федоровны, сестры жены, находившуюся в 42 километрах от Москвы.

В результате оборонительных сражений в Заполярье, Прибалтике, Белоруссии, на Украине немецко-фашистским войскам были нанесены чувствительные потери. В ходе Смоленской битвы на два месяца было задержано наступление немецких войск на Москву. В весьма ограниченные сроки большинство предприятий страны перешло на выпуск военной продукции.

С конца июня началась эвакуация авиапромышленности на Урал, в Поволжье, Сибирь, Среднюю Азию сначала из западных районов страны, затем и из центральных. В НКАП, как и в других наркоматах, начали разрабатываться соответствующие планы, рассчитываться потребное количество железнодорожных вагонов, других транспортных средств. К 12 августа 1941 г. полностью эвакуированы 25 заводов, в том числе №№ 35, 43, 81, 115, 156, 165, 380, 381, 453, 463, 464, 465, 483, заканчивалась эвакуация ленинградских авиационных предприятий №№ 23, 47, 387. В Куйбышеве завершалось создание дублеров заводов № 1 и № 24 под номерами, соответственно, 122 и 337.