В начале 50-х перед отечественной наукой и промышленностью была поставлена задача создания носителя, способного доставить ядерный заряд на межконтинентальную дальность. Работы над межконтинентальными ракетами, согласно Постановлению правительства от 20 мая 1954 г., развернулись в двух направлениях. Первое — создание межконтинентальной баллистической ракеты. Ею стала знаменитая «семерка» Р-7 ОКБ-1 С.П. Королева. Второе — создание межконтинентальных крылатых ракет. В работе по этому направлению помимо ОКБ-301 С.А. Лавочкина с ракетой Ла-350 «Буря», ОКБ-23 В.М. Мясищева с М-40 «Буран», ОКБ-156 А.Н. Туполева с Ту-121 (самолет «С») и Ту-123 (самолет «Д») участвовало и ОКБ-49 Г.М. Бериева с проектом сверхзвуковой межконтинентальной ракетной системы П-100 «Буревестник».

Непосредственным руководителем работ по межконтинентальной ракетной системе в ОКБ стал А.Г. Богатырев.

Двухступенчатая крылатая ракета могла применяться как для нанесения ядерного удара, так и для ведения фото- и радиотехнической разведки. Использование в варианте разведчика предусматривало два варианта: на предельную дальность, без возвращения, с передачей данных разведки по радиоканалу и с возвращением в точку старта и спасение отсека оборудования на парашютах. В отсеке оборудования устанавливалась система радиоразведки СРС-3 «Куб-3», система фоторазведки «Плутоний», система навигации и управления «Ратесин», автопилот.

Скоро стало очевидным, что на данном этапе крылатые ракеты не в состоянии конкурировать с баллистическими в качестве стратегического средства доставки ядерного заряда, и военно-политическое руководство

СССР сделало окончательный выбор в пользу баллистических ракетных комплексов. А вот работы по разведывательным вариантам стратегических крылатых ракет, еще представлявших интерес для военных заказчиков, продолжились и после принятия на вооружение ракеты Р-1. Правда, в конце концов на вооружение в 1964 г. поступил только созданный в ОКБ А.Н. Туполева дальний беспилотный разведчик ДБР-1 «Ястреб», вариант Ту-121. Остальные, в том числе и П-100, не выдерживали конкуренции с еще одним творением ОКБ С.П. Королева — спутником-разведчиком «Зенит». В силу вышеуказанных причин П-100 так и не была воплощена в металле (в отличие от «Бури» или Ту-121).

Еще одной необычной задачей, которую пришлось выполнять ОКБ Г.М. Бериева, стало создание советского аналога американского самолета U-2 — высотного самолета-разведчика С-13.

События, давшие толчок началу работ ОКБ-49 по высотному разведчику, имеют мировую известность. 1 мая 1960 г. под Свердловском зенитной ракетой комплекса С-75 был сбит американский самолет-разведчик U-2. Пилотировавший его летчик Френсис Г. Пауэрс спасся на парашюте и был арестован как нарушитель Государственной границы СССР.

Факт пресечения полета U-2 стал поводом для громкого международного скандала, хотя самолеты-шпионы к тому моменту неоднократно безнаказанно фотографировали важнейшие военные и промышленные объекты СССР. Но поднимать шум, не имея возможности уничтожить нарушителя, было политически невыгодно, и вот теперь радоваться могли все — политики в Кремле, получившие козырь в «холодной войне» с США, военные, одержавшие серьезную победу в воздухе, а в руки к специалистам авиационной промышленности в буквальном смысле с неба свалился самолет, воплотивший в себе самые последние достижения самолетостроения основного вероятного противника.

Место падения обломков сбитого U-2B самым тщательным образом прочесали и все, что смогли найти, доставили в НИИ ВВС. Там «дар небес» с серийным номером 56-6693 был досконально изучен (вплоть до летного белья пилота).

В составленном НИИ ВВС отчете отмечалось: «Самолет У-2 (так в оригинале, — Прим. ред.) представляет большой интерес для ВВС из-за большой высотности (более 20 000 м) и дальности (7000–8000 км) при небольшом взлетном весе (около 11 000 кг), а также представляет большой интерес по своему оборудованию, предназначенному для разведки». В заключении к этому документу содержалось предложение: «Поручить одному из КБ в течение 1960–1961 гг. воспроизвести высотный разведчик для фото- и радиоразведки на базе двигателя J75-P2-P13 и представляющего интерес оборудования».

28 июня 1960 г. вышло Постановление СМ СССР № 702–288 о воспроизведении двигателя Пратт-Уитни J75-P2-P13. Работы по его советскому аналогу РД-16-75 вело ОКБ-16 в Казани. Через месяц, 23 августа 1960 г., вышло Постановление СМ СССР № 918–383 «О воспроизведении самолета-разведчика У-2 по сохранившимся останкам и материалам сбитого самолета». Основным исполнителем работ, согласно постановлению, стало ОКБ-49 во главе с Г.М. Бериевым.

Работы над аналогом U-2, получившим обозначение С-13 (внутри ОКБ — «изделие «Ю»), начались сразу после выхода постановления, поскольку сроки были поставлены очень жесткие — в первом квартале 1962 г. предъявить две машины на испытания. Всего планировалось построить пять самолетов С-13.

Самолет планировалось использовать как высотный разведчик (в этом варианте на него устанавливался АФА-60 — аналог американского фотоаппарата типа 73-В), как сверхвысотный перехватчик для уничтожения дрейфующих аэростатов и метеоразведчик.

В Таганрог доставили все обломки U-2, которые удалось собрать, после чего требовалось выполнить невероятно сложную и кропотливую работу — собрать из этих отдельных фрагментов макет самолета. Эту задачу успешно решили, проведя одновременно, совместно с ВИАМ, анализ конструкционных материалов, из которых был изготовлен «американец». После этого начали изготовление металлического макета аналога и одновременно выпуск рабочих чертежей самолета.

Очень многое в оборудовании самолета сильно отличалось от принятого в СССР. Например, при катапультировании летчик должен был потянуть две ручки на бортах кабины для сброса фонаря, причем сделать это одновременно, иначе механизм могло заклинить. По советским нормам в этом случае положено было ставить одну рукоятку. Конструкторы даже обратились по этому поводу к ведущему летчику-испытателю ОКБ П.П. Бобро, который дал философский ответ: «Если платят, то можно дергать и две сразу!»

Металлический макет изделия «Ю» построили к 1 апреля 1961 г., а 1 июля закончили выпуск рабочих чертежей. Одновременно в ОКБ-49 выпустили и сдали в производство чертежи на стенды для испытаний двигателя РД-16-75 и отдельных систем и механизмов самолета.

В аэродинамических трубах ЦАГИ провели испытания моделей, результаты которых показали высокие аэродинамические характеристики самолета (например, максимальное аэродинамическое качество достигло 25). Правда, малую полетную массу U-2 (около 11 000 кг) выдержать не удалось, поскольку все отечественные аналоги американского оборудования упорно «прибавляли» в весе.

Работы по машине «Ю» были свернуты так же внезапно, как и начаты. 12 мая 1962 г. вышло постановление СМ СССР № 440–191 о прекращении работ по самолету С-13.

В процессе проектирования разведчика С-13 специалисты ОКБ приобрели определенный опыт, а ряд технических решений был внедрен в последующих разработках.

В конце 60-х годов, из-за падения интереса заказчиков к гидроавиации, Г.М. Бериев вынужденно берется за разработку сухопутных машин различного назначения. В 1964–1965 гг. силами опытного производства ОКБ были доработаны, испытаны и сданы заказчику специальные комплексы «Торос» и «Игла» на базе самолета Ил-18.