8 марта в Порт-Артур прибыл новый командующий флотом адмирал Макаров, начавший подготовку эскадры к решительным действиям, однако деятельность его оказалась весьма непродолжительной. После неоднократных попыток обстрелять русскую эскадру из-за горы Ляотешань (южная оконечность Квантуна) японская эскадра 13 апреля показалась перед Порт-Артуром. Не имея ясного представления о силах японцев, Макаров со всей эскадрой вышел в море, однако, увидев идущие навстречу японские броненосцы, он решил вернуться к Порт-Артуру и развернуть эскадру под прикрытием береговых батарей. Маневр этот закончился неудачно: флагманский броненосец «Петропавловск» наскочил на одну из мин, расставленных накануне японцами, и погиб. Вместе с броненосцем погиб Макаров со всем своим штабом. Остальные корабли, предполагая появление японской подводной лодки, в беспорядке бросились к Порт-Артуру и заперлись в гавани. Того держался вне выстрелов и к вечеру ушел к берегам Кореи.

Господство японцев на море было в значительной степени достигнуто.

Между тем давно подготовленный авангард 1-й армии Куроки (12-я дивизия) еще 6 февраля начал высадку в Фузане и Мозампо, а после уничтожения «Варяга» и «Корейца» остальные части 1-й армии продолжали высадки в Чемульпо и Цинампо. 13 февраля 12-я дивизия закончила высадку и, выдвинувшись на линию Гензан — Пхеньян, отбросила конные части Мищенко, обеспечив тем самым сосредоточение в Корее остальных частей своей армии, которое было закончено к 16 марта.

Мищенко, очевидно, считал свою задачу по «наблюдению» за противником оконченной и, очистив Корею, отошел на правый берег реки Ялу. 1-я армия Куроки начала осторожное продвижение к реке Ялу.

Дальнейшее развертывание японской армии происходило медленно и осторожно. Если окончательному сосредоточению армии Куроки на Ялу предшествовало завоевание господства на море действиями японского флота у Порт-Артура, то десанту 2-й армии Оку на Ляодунском полуострове и его дальнейшему развертыванию содействовал успех Куроки в бою с Восточным отрядом Засулича у Тюренчена 1 мая. 3 мая армия Оку в составе 1-й, 3-й и 4-й дивизий, погруженная на транспорты, уже закончила сосредоточение в порту Цинампо.

К этому времени Того с главными силами эскадры сосредоточился к островам Эллиот, которые являлись удобной и близкой позицией для наблюдения за Порт-Артуром и прикрытия высадки у Бицзыво, где японцы уже высаживались во время японо-китайской войны в 1894 г. Для переброски передового отряда в Бицзыво Того выделил несколько старых кораблей и канонерских лодок. Другой отряд из крейсеров и миноносцев должен был конвоировать транспорты с главными силами армии. Между островами Эллиот и берегом материка были устроены плавучие боны с минами на случай появления здесь русских миноносцев. Для обеспечения предстоящей высадки японцы в ночь на 2 мая сделали новую неудачную попытку заграждения входа в Порт-Артур. Встреченные огнем с кораблей и береговых батарей большинство из двенадцати японских брандеров погибло, а несколько затонувших в проходе брандеров не препятствовали выходу из гавани.

5 мая первый эшелон в 26 транспортов с войсками 1-й и 3-й дивизий подошел к Бицзыво. Первым высадился десант моряков и приступил к постройке пристаней. При малой воде шлюпки останавливались в 1 км от берега, откуда японская пехота шла почти по пояс в воде.

Главнокомандующий Алексеев, выехав из Порт-Артура при первом известии о начавшейся высадке японцев, дал указание флоту никаких наступательных действий не предпринимать и оказывать лишь содействие крепости. Высланный Алексеевым из Пуландяна для противодействия десанту батальон был обстрелян огнем японских канонерок и отошел в исходное положение. Точно так же отошли конно-охотничьи разъезды, охранявшие побережье.

После гибели Макарова во главе Тихоокеанской эскадры оказался слабовольный и нерешительный Витгефт, который по его словам, «не готовился к занятию этой должности». Витгефт являлся начальником морского штаба Алексеева и назначен был командующим эскадрой временно, до прибытия Скрыдлова. Последний, однако, не появился в эскадре, и Витгефт вынужден был оставаться в должности командующего. Он неоднократно устраивал совещания, на которых было решено высадке японцев не препятствовать за отсутствием достаточных сил, а для усиления обороны крепости снять с кораблей менее необходимые орудия и организовать поддержку крепостного фронта корабельной артиллерией. Тем временем довольно удачно заканчивался ремонт поврежденных кораблей высланными из Петербурга специалистами и местными рабочими.

На время высадки 2-й армии главные силы Того держались очень близко от Порт-Артура, часто показываясь на виду крепости, но вне досягаемости ее выстрелов. Это обстоятельство подало мысль командиру минного транспорта «Амур» поставить минные заграждения на наиболее вероятном пути японской эскадры. 9 мая «Амуру» удалось под прикрытием тумана незаметно для блокирующих японских кораблей выйти из Порт-Артура и в 10–11 милях от него поставить минную банку в 50 мин на глубине около 3 м и так же незаметно вернуться в гавань. 15 мая японский отряд из трех броненосцев и двух крейсеров наскочил на эту банку, в результате чего два броненосца получили повреждения несколькими минами. Броненосец «Хатсусе» затонул тотчас же, а «Яшима» — на расстоянии нескольких миль от места взрыва.

Кроме этих двух броненосцев, японцы в течение тесной блокады Порт-Артура и Квантуна, объявленной в начале мая, потеряли за месяц от мин и столкновений кораблей еще два крейсера и несколько миноносцев.

Между тем высадившиеся 5 мая 8 японских батальонов и 2 эскадрона с саперами продвинулись вперед с целью создания тет-де-пона для прикрытия высадки остальных частей 2-й армии. Движение слабых японских частей к Пуландяну не встретило сопротивления, и 13 мая армия Оку в составе около 40 000 человек и 210 орудий была на Ляодунском полуострове и, прервав железнодорожное сообщение с Порт-Артуром, двинулась к Цзиньчжоускому перешейку. Отбросив русские войска к Порт-Артуру, Оку выделил из своего состава ядро 3-й армии Ноги, которая к концу мая пополнилась до 45 000 человек за счет войск, высадившихся в порту Дальнем, и приступила к осаде порт-артурской крепости. Армия же Оку двинулась вдоль КВЖД для действий с юга против главных сил русской армии, которой Куроки уже угрожал с востока. В дальнейшем в промежуток между 1-й и 2-й армиями была направлена 4-я армия Нодзу, высадившаяся в Дагушани.

Таким образом, из-за отсутствия правильно организованной разведки русское командование не имело никаких сведений о силах и группировке противника и поэтому было вынуждено для обеспечения сосредоточения главных сил разбросать свои войска во все стороны, где предполагалось появление японского десанта. Эта пассивность русского командования предоставила японцам возможность беспрепятственно выполнить свое развертывание на азиатском материке по заранее намеченному плану. Развертывание японской армии в 1904 г. представляло собой почти копию развертывания ее в японо-китайскую войну. Однако излишняя осторожность японцев привела к крайней медлительности их развертывания: при пассивности русской армии, обширной береговой полосе и при наличии транспортных средств японцам понадобилось для высадки на азиатский берег трех армий, общей численностью около 170 000 человек, свыше четырех месяцев.

Длительность развертывания японцев и задержка их 3-й армии под Порт-Артуром позволили русским усилиться за счет прибывающих из центра России пополнений, и ко времени сражения под Ляояном превосходство сил оказалось на стороне русских войск.

Ошибка, допущенная русским командованием, распылившим силы для прикрытия своего сосредоточения, обороны Порт-Артура и побережья, имела место также и со стороны японской армии. Тяготение японцев к Порт-Артуру крайне замедлило операции японских войск против главных сил русской армии и исключило возможность достижения решительных результатов в первые же месяцы войны.