Цезарю пришлось в основном вести борьбу против двух легатов Помпея — Луция Афрания и Марка Петрея. Военные действия сосредоточились в районе города Илерда. Вначале они развивались не очень успешно для Цезаря. Был даже такой момент, когда бурным течением реки Сикарис оказались разбиты и снесены мосты, а Цезарь со значительной частью своих войск очутился чуть ли не в положении осажденного, отрезанного от продовольствия, от подкреплений.
Афраний и Петрей уже направляли победные реляции в Рим. Как пишет об этом сам Цезарь, здесь многие считали, что война почти окончена, и спешили в дом Афрания с поздравлениями. Кое-кто из числа сенаторов, пока остававшихся в Риме, решил, что наконец-то пробил час принять окончательное решение и перебежать к Помпею. В числе их был и Цицерон. Несмотря на мольбы и заклинания Целия Руфа, письма самого Цезаря, наконец, наперекор прямому запрету Марка Антония 7 июня он тоже переправился в Грецию.
Тем временем положение Цезаря изменилось к лучшему. Ему удалось примерно в 30 километрах от своего лагеря тайно от противника навести через реку мост и таким образом обеспечить снабжение армии продовольствием. В это же время пришло известие из-под Массилии: флот Децима Брута нанес чувствительное поражение эскадре массилийцев, пытавшихся прорвать блокаду. Но решающее значение имел тот факт, что сначала пять крупных испанских общин, расположенных к северу от Ибера (Эбро), перешли на сторону Цезаря, а затем к ним примкнуло еще несколько более отдаленных общин. Вероятно, на такое решение оказали влияние не только текущие события, но и та добрая слава, которая сопровождала имя Цезаря еще с тех пор, когда он, как пропретор Дальней Испании, освободил население от контрибуции, наложенной в свое время Метеллом Пием.
Во всяком случае, положение изменилось настолько, что Афраний и Петрей решили отступить в область кельтиберов, где, кстати сказать, позиции помпеянцев были значительно сильнее. Однако Цезарь, умело маневрируя, сумел отрезать противнику путь к Иберу и вынудил в конечном счете вражеское войско вернуться в район Илерды. Здесь ему удалось окружить врагов в безводной местности, и, не дав ни одного крупного сражения, избегая лишнего кровопролития, Цезарь вынудил Афрания и Петрея капитулировать.
Чтобы довести войну в Испании до конца, следовало еще решить вопрос о Дальней Испании — провинции, которой управлял в данное время Марк Теренций Варрон, знаменитый ученый-энциклопедист. Его позиция была сначала не очень определенной, или, как иронически замечает Цезарь, он «колебался по мере колебания счастья», и, когда дела оборачивались как будто не в пользу Цезаря, он даже начинал готовиться к борьбе против него.
Однако считать кампанию полностью завершенной было преждевременно: кроме дел в Испании оставалась еще Массилия.
Хорошо укрепленный город стойко сопротивлялся в течение полугода. И хотя массилийцы потерпели неудачу еще в одном морском сражении и несли большие потери при неоднократных вылазках, они капитулировали лишь тогда, когда их положение стало абсолютно безнадежным. Домицию Агенобарбу и на сей раз удалось спастись: он бежал на быстроходном корабле.
Еще под стенами Массилии Цезарь узнал о том, что Эмилий Лепид по уполномочию народного собрания провозгласил его диктатором. Это было очень важное известие, так как диктатор помимо всего прочего имел право созывать комиции для проведения консульских выборов, к чему Цезарь в данное время питал особый интерес.
Прибыв в Рим в конце ноября 49 г., Цезарь вступил в права диктатора. Из мятежного проконсула, каким он все же оставался в глазах многих римлян, ему необходимо было превратиться в законно избранного высшего магистрата. Поэтому Цезарь воспользовался диктаторской властью на очень недолгий срок, всего лишь на те одиннадцать дней, что он провел в Риме.
Соотношение сил противников перед балканской кампанией было следующим. Помпей имел в своем распоряжении почти целый год для подготовки. Он сумел его использовать и собрал большие силы. У западных берегов Греции был сосредоточен огромный флот: 500 боевых кораблей и большое число легких и сторожевых судов. Верховное командование флотом находилось в руках злейшего врага Цезаря, его старого соперника по эдилитету и консульству, Марка Кальпурния Бибула. В Македонии стояло пешее войско, девять легионов; союзные государства и города Востока выслали многочисленные вспомогательные отряды. С двумя легионами спешил на помощь из своей провинции Сирии Квинт Метелл Сципион. Конница Помпея насчитывала 7 тысяч всадников, причем к ним относился, по словам Плутарха, весь цвет римской и италийской молодежи. Помпей лично руководил военными упражнениями своей армии — умение и ловкость пятидесятилетнего полководца, как уверяет тот же Плутарх, вызывали всеобщее восхищение. Располагая такими огромными силами, Помпей собирался перезимовать со своим войском на иллирийском побережье, где он под защитой флота чувствовал себя спокойно и откуда раннею весной 48 г. легко мог вторгнуться на территорию Италии.
Что касается Цезаря, то его возможности были, по-видимому, не столь блестящими. В его распоряжении находилось примерно двенадцать легионов, но боеспособность частей была далеко не одинакова. Многие участники галльских походов ожидали давно желанного увольнения, да и долгий путь из Испании изнурил солдат; вдобавок в Апулии и в окрестностях Брундизия стояла в том году сырая и холодная погода. Но самая крупная неприятность заключалась в том, что, когда Цезарь прибыл в Брундизий, он убедился в невозможности переправить все свои наличные силы на Балканский полуостров. Для этого не хватало судов. Но не в его манере было откладывать уже решенное дело: он и на сей раз предпочел внезапность действий долгой и тщательной подготовке. Посадив на имеющиеся суда примерно 20 тысяч человек, он, незамеченный вражеским флотом, 5 января 48 г. благополучно переправился к берегам Эпира.
Желая полностью использовать все выгоды, вытекающие из быстроты и внезапности появления на Балканском полуострове, Цезарь решил предпринять еще одну, теперь уже последнюю, попытку мирных переговоров. Данный момент он находил наиболее подходящим, а общую ситуацию — наиболее благоприятной. Помимо того, он все же помнил напутствие римской толпы, и демонстрация миролюбивых устремлений могла быть ему только на пользу.
Нашелся и подходящий человек для такого щекотливого поручения. В качестве посла, который должен был сообщить его предложения Помпею, Цезарь избрал Л. Вибуллия Руфа, дважды попадавшего к нему в плен: в первый раз под Корфинием, а затем в Испании. Суть предложений сводилась к следующему: оба полководца должны наконец сложить оружие и не искушать судьбу. Они оба понесли серьезные потери. Так, если иметь в виду Помпея, то он лишился Италии, Сицилии, Сардинии, обеих Испаний и 13 когорт воинов. Цезарь же потерял африканскую армию Куриона и войска Антония, капитулировавшие под Куриктой. Таким образом, их положение, их силы в данный момент были примерно равны, и эти-то обстоятельства делают вполне возможными и даже желательными переговоры, ибо тот, кому судьба пошлет в дальнейшем перевес, конечно, не захочет и слышать о мире. Поэтому оба полководца должны сейчас дать на военной сходке клятву о роспуске своих войск в трехдневный срок, предоставив подготовку самих мирных условий сенату и народу.
Вибуллий Руф поспешил к Помпею, стремясь не столько выполнить деликатное поручение, сколько как можно быстрее известить Помпея о самом факте появления Цезаря с войском. Помпей же находился на пути из Македонии к Аполлонии и Диррахию. Узнав теперь о приходе Цезаря, он ускорил продвижение своих частей, дабы не дать Цезарю возможности захватить города на западном побережье. Но и Цезарь, конечно, не терял времени впустую. Высадив солдат, он буквально в ту же ночь отправил корабли обратно в Брундизий для доставки остальных легионов и конницы. Однако этот рейс оказался несчастливым. Марк Бибул, досадуя на то, что уже один раз он упустил Цезаря, подстерег возвращавшийся флот, уничтожил его и установил строжайшую охрану и контроль над всем побережьем.