Освободившись от оппозиции со стороны парламента, Яков на протяжении 1686 г. предпринимал шаги по облегчению положения своих единоверцев. Во-первых, он стремился обойти «Тест-акт» и открыть католикам дорогу в армию. Первоначально судьи, мнение которых он спрашивал по этому поводу, высказывались против раздачи военных должностей католикам, но после нескольких смещений и назначений ему удалось добиться нужного решения. Решающим было постановление суда по делу «Хейлс против Годдена». Хейлс, католик, был назначен губернатором Портсмута. Его кучер, Годден, заявил о грубом нарушении «Тест-акта», потребовав выплатить ему 500 фунтов вознаграждения, как и полагалось по закону всякому, сообщившему властям о подобных случаях. В результате Хейлс оказался на скамье подсудимых. В свою защиту он выдвинул тот аргумент, что губернатором его назначил король. Суд согласился с ним. Опираясь на этот судебный прецедент, Яков стал действовать дальше: ввел в Тайный совет несколько пэров-католиков, затем учредил Церковную комиссию, очень напоминавшую суд Высокой комиссии, уничтоженный Долгим парламентом. Главной задачей комиссии было не допускать выступлений англиканского духовенства против католицизма. Епископ Комптон, еще раньше исключенный из Тайного совета, теперь лишился и Лондонского епископства.

Действия Якова встревожили всю страну. Для восстановления католической религии он пользовался абсолютистскими методами, которые ужасали его подданных больше, чем сам абсолютизм. Юристы уже указывали на то, что назревает конфликт между исключительными королевскими прерогативами и правами короля, установленными законом. Более того, они теперь утверждали, что король должен подчиняться не просто какому-то абстрактному закону, но закону писаному, то есть принятому парламентом. Все юристы палаты общин придерживались этой точки зрения.

К концу 1686 г. Яков отвратил от себя многих сторонников, ранее преданных ему. Галифакс, в свое время воспрепятствовавший принятию акта «Об исключении» и тем самым спасший Якова, уехал из Лондона. Дэнби, освобожденный из Тауэра в 1684 г., отказался от своей мечты о союзе церкви и короны. Он понял, что при короле-католике реализовать ее невозможно. Альбемарль, сын генерала Монка, оставил государственную службу. Никто не имел уверенности в завтрашнем дне. Яков правил без парламента и не мог созвать его без риска вызвать в обществе серьезные волнения. Члены палаты общин и лорды, недовольные, лишенные возможности активно действовать, коротали время в своих поместьях. Англиканская церковь, где господствовала доктрина непротивления, осталась чуть ли не единственным оплотом законности в стране. Но и она с трудом сдерживала все возрастающее беспокойство. Лишь мощное влияние Лоуренса Хайда, графа Рочестера, на епископов и духовенство еще помогало предотвратить общественный взрыв. Всем было ясно, что король, со всей решимостью, на какую способна его натура, активно и целенаправленно действует в обход конституции и подрывает позиции государственной церкви.

В течение 1686 и 1687 гг. Яков, держа парламент в состоянии неопределенности и используя свои исключительные прерогативы, продвигал католиков на ключевые посты. Виги и тори, ранее непримиримые, постепенно сплотились. Действия короля привели к тому, что партия, бросившая вызов его брату, объединилась с партией, выступавшей в защиту Карла II. Яков попытался предпринять дерзкий и ловкий политический маневр, но в конечном итоге его расчеты не оправдались. До сих пор король стремился только к тому, чтобы облегчить положение своих католических подданных. Теперь он намеревался заручиться поддержкой диссентеров различного толка, также не признающих англиканство. В случае объединения вигов и тори Яков стремился противопоставить им коалицию папистов и диссентеров, опирающуюся на вооруженные силы, подконтрольные короне. Влиятельного сторонника король нашел в лице Уильяма Пенна, квакера, основателя Пенсильвании, вернувшегося в Англию в 1684 г. Таким образом, лишившись поддержки тех сил, которые на протяжении веков составляли традиционную опору трона, король попытался найти новых союзников, но диссентеры были разобщены и не годились для этой цели. В январе 1687 г. Яков сместил обоих братьев Хайдов. Долгое время они без особого успеха исполняли свои обязанности, не желая служить королю-католику. Седьмого января Лоуренс Хайд, граф Рочестер, был уволен из казначейства. Его сменил граф Сандерленд. Через три дня старший из братьев Хайдов уступил в Ирландии свое место верному стороннику Якова католику графу Тирконнелу. В Шотландии на смену другу Хайдов, управлявшему от имени Его Величества, пришли два католика. Эти назначения стали важными вехами, обозначившими следующий этап правления Якова II. Когда в конце 1685 г. он объявил перерыв в работе парламента, корона начала терять поддержку «кавалеров» и англикан. Теперь же, через два года, отставка Рочестера ознаменовала начало заговора, приведшего к «Славной революции».

Тем временем Яков наращивал и вооружал армию. Войско Карла II насчитывало всего 7 тысяч человек, и содержание его обходилось 280 тысяч фунтов ежегодно. Яков имел более 20 тысяч человек, и это стоило ему 600 тысяч фунтов. К февралю 1686 г. под ружьем находились три лейб-гвардейских конных полка, Королевский конногвардейский полк, десять полков драгун, два батальона пеших гвардейцев и пятнадцать линейных, не считая гарнизонов. Каждое лето в Хаунслоу устраивали большой военный лагерь, на который с опаской поглядывали жители столицы. В августе 1686 г. в учениях участвовало около 10 тысяч человек. Через год Февершэм смог собрать уже 15 тысяч человек и двадцать восемь орудий. Король часто приезжал в лагерь, стремясь завоевать популярность у солдат и офицеров. В центре лагеря, между расположением пеших и конных войск, поставили передвижную деревянную часовню на колесах, где служили мессу. Яков наблюдал за тренировками войск и обедал вместе с Февершэмом, Черчиллем и другими генералами. В армию набиралось все больше рекрутов из Ирландии и офицеров-католиков. Было ясно, что король хочет видеть армию католической. Автор бунтарского памфлета, адресованного солдатам-протестантам, приходской священник Джонсон, был выставлен у позорного столба и бит кнутом. Почти полностью лишенный поддержки, Яков утешал себя тем, что создал грозную армию, какой Англия не видела со времен Кромвеля, против которой в стране никто не смел выступить. На ключевые посты король расставлял католиков. Герцог Бервик, которому исполнилось всего восемнадцать лет, был назначен губернатором Портсмута; губернаторы Гулля и Дувра также являлись католиками. Наконец, лордом-адмиралом, возглавившим флот, стал католик.

Вильгельм Оранский наблюдал за действиями Якова II с самым пристальным вниманием. Вскоре после снятия со своих постов братьев Хайдов он отправил в Лондон своего посла Дикевельта, голландца благороднейшего характера. Перед ним была поставлена двойная цель: постараться убедить английского короля умерить свою прокатолическую политику и склонить его к тому, чтобы выслушать вождей оппозиции. Дикевельт увидел, что все государственные деятели настроены оппозиционно ко двору, и дал понять, что они могут рассчитывать на помощь Вильгельма и Марии. Яков и католическая партия уже несколько месяцев обдумывали план сделать принцессу Анну наследницей трона при условии ее перехода в католичество. Но Анна и все ее близкие являлись убежденными протестантами. Духовным наставником принцессы был епископ Комптон, доверенным советником — Джон Черчилль, ближайшей ее подругой — Сара Черчилль, жена Джона. Всех их связывали искренние и тесные дружественные отношения, что сыграло немалую роль в последующих событиях. Одного только слуха о намерениях короля оказалось достаточно, чтобы эта группа сплотилась еще теснее, а Анна, испуганная тем, что ее могут вынудить сменить веру, приготовилась стать мученицей. Семнадцатого мая 1687 г., уже после отъезда Дикевельта, Черчилль написал Вильгельму письмо, в котором уверял, что, несмотря на всю его преданность королю Якову, он останется до конца верен своей религии: «Могу вам поручиться, что все мои должности и даже благожелательность ко мне короля для меня менее ценны, чем преданность своей вере. Я повинуюсь королю во всем, кроме вопросов религии; и я призываю Бога в свидетели, что я с радостью отдам свою жизнь на службе Его Величеству, так как я весьма благодарен ему за все его милости ко мне. Хотя я живу далеко не как святой, но все же решился, если будет в том необходимость, пострадать за веру и проявить такую же решимость, какую в свое время демонстрировали мученики».