Во всех случаях войсковым действиям предшествовала агентурно-разведывательная работа, которую проводили органы госбезопасности.
Пограничные округа и отряды, охранявшие восстановленную западную границу, вели борьбу с бандформированиями (действовавшими как в нашем приграничье, так и на территории сопредельных государств, особенно в Польше) во взаимодействии с частями и соединениями внутренних войск. Во многих случаях пограничники также взаимодействовали с тыловыми частями фронтов и военными комендатурами, выставленными на освобожденной территории сопредельных государств, а когда возникала необходимость, то и с пехотными частями Войска Польского. Последнее было вызвано тем, что банды, действовавшие в Польше, нередко совершали набеги на советскую территорию, и наоборот, чтобы уйти из-под удара наших войск, некоторые из них пытались там скрыться. В ряде случаев с польской территории банды обстреливали наших пограничников и местных жителей, нападали на советские эшелоны и автоколонны. Например, 6 октября 1944 г. банда «Ягода» из 500 человек совершила налет на ряд населенных пунктов в пограничной полосе Польши, против участка 2-го отряда Украинского пограничного округа.
В целях сосредоточения общих усилий на ликвидации конкретных формирований, действовавших в приграничных районах Польши и СССР, представители советских военных органов в этой стране договорились с высшими польскими военными руководителями о совместных действиях советских пограничных войск и пехотных соединений Войска Польского, выделенных для охраны пограничной линии и борьбы с бандами в приграничных районах.
На основе этой договоренности заместитель министра обороны Польши генерал-полковник Кочец издал приказ, согласно которому командирам 3, 8 и 9-й дивизий пехоты Войска Польского, дислоцированных в пограничных районах, предписывалось установить тесную связь с соответствующими командирами погранчастей Советского Союза, организовав с ними обмен информацией о наличии банд в погранполосе и взаимное планирование по их ликвидации. При выдвижении банды на территорию Советского Союза польские командиры должны были немедленно информировать об этом ближайшие части советских пограничных войск. При получении данных от советских погранвойск о преследовании ими банд на польской территории польское командование обязывалось выделять нужное количество сил и средств для совместных действий по их ликвидации. Во избежание боевых столкновений между пограничными нарядами советских погранчастей и Польши устанавливались опознавательные знаки и сигналы связи.
Поскольку отряд «Ягода» представлял серьезную опасность, польское руководство приказало командиру 3-й дивизии немедленно принять все меры к его ликвидации на территории Польши, согласовав при этом свои действия с действиями частей советских погранвойск.
В это же время Главное управление пограничных войск дало указание командованию Украинского пограничного округа разработать план операции по ликвидации банды «Ягода» (совместно с 3-й дивизией пехоты Войска Польского), договориться с командованием частей Войска Польского о совместных действиях по уничтожению националистических формирований на советско-польской границе и получить разрешение советским пограничникам неотступно преследовать банды на польской территории.
Тесное взаимодействие между советскими погранвойсками и польскими войсками способствовало успешной борьбе с националистическими бандами в приграничных районах СССР и на территории Польши. В октябре – декабре 1945 г. и в течение 1946 г. на территории пограничных районов Польши против участков 2, 88, 89, 90 и 93-го советских пограничных отрядов было проведено более 20 совместных специальных операций, в результате которых было ликвидировано значительное число банд, в том числе и «Ягода».
Ранее, в сентябре – декабре 1944 г., только войска Украинского пограничного округа осуществили 476 специальных боевых операций на восстановленной государственной границе, из них 123 – против крупных подразделений УПА. Для проведения 37 операций привлекались по 2-3 пограничных отряда и части внутренних войск. Уже тогда ряд операций был проведен на территории Польши совместно с польскими частями. Войска Прикарпатского пограничного округа с октября 1944 по февраль 1945 г. провели 158 специальных боевых операций, в ходе которых было уничтожено 5544 и задержано 2980 человек.
Значительное количество специальных боевых операций осуществили войска Белорусского и Литовского пограничных округов. В 1944 г. в Литовском округе было успешно проведено 65 таких операций. Так, в декабре в специальной операции под руководством генерал-майора М.С.Бычковского, длившейся 12 суток, принимали участие 2 пограничных отряда (95-й и 23-й) и 2 полка внутренних войск (261-й и 137-й). В ходе ее было разгромлено 15 националистических групп, убито 284 и захвачено в плен до 800 человек.
Острый характер носила борьба с бандитизмом на территории Калининградской области и Литвы. Так, в марте 1945 г. пограничный наряд комендатуры капитана Погорелова Литовского пограничного округа в составе 5 человек был окружен бандой, насчитывавшей более 50 боевиков. Около часа длился бой, в котором геройски действовал пулеметчик А.Голиков. Он обеспечил своим товарищам выход из вражеского кольца и был ранен. Когда его окружили бандиты, Голиков подорвал их и себя гранатой.
Только на участке 23-го пограничного отряда (г. Клайпеда) с 1944 по 1946 г. было задержано до 10 тысяч нарушителей границы, остатки минской, оршанской, курземской вражеских группировок и националистических банд.
В специальных операциях по ликвидации крупных вооруженных формирований применялась авиация пограничных войск. Самолеты использовались для воздушной разведки, наведения подразделений на обнаруженные банды, высадки десантов, нанесения бомбовых ударов, выставления заслонов на путях отхода бандитов. Например, за первое полугодие 1945 г. летчики-пограничники Украинского погранокруга обнаружили расположение 13 банд. В 1946 г. с помощью воздушной разведки на участках Украинского и Прикарпатского погранокругов было обнаружено 19 бандгрупп.
В январе 1945 г. на специальном совещании во Львове, на котором присутствовали секретари обкомов партии, начальники управлений НКВД и НКГБ областей, а также начальники войск Украинского и Прикарпатского погранокругов, было отмечено, что к концу 1944 г. основные крупные вооруженные формирования (курени, сотни) в районе границы разгромлены. Вооруженная борьба пограничников с бандформированиями и осуществление специальных мероприятий органов госбезопасности по разложению оуновского подполья привели к значительному сокращению возможностей противоправных организаций, резкому падению их влияния в пограничных населенных пунктах.
В связи с этим любопытен отчет оуновского подполья за период с 13 по 18 ноября 1944 г., подписанный одним из его руководителей по кличке «Бурьян»: «Население целиком падает духом. Разговоры ходят среди людей, что раньше были сотни, а теперь все пропало, всех разбили... Где мужчины остались, то соглашаются идти в Красную Армию, что вредит нашей работе... Отношение населения сильно изменилось по сравнению месяц тому назад. Теперь вообще не хотят принимать на квартиры. В прошлом месяце у нас не было пропаганды, а у большевиков ведется пропаганда...»
Тактика действий пограничных отрядов и округов при проведении специальных операций на границе против крупных бандформирований была обобщена в начале 1945 г. Главным управлением пограничных войск в специальном документе, который был доведен до войск западных пограничных округов с требованием руководствоваться им в практической деятельности.
Формирования УПА, понеся большие потери, по указанию «центрального провода» изменили тактику борьбы, больше стали заниматься диверсиями и террором, уклоняясь от прямых боевых столкновений с пограничными войсками. Это отмечалось и в докладе Политуправления пограничных войск «Об обстановке на советско-польской границе за 1944 г.».