В случае капитального ремонта в Сан-Диего подводные лодки оставались там около месяца в распоряжении школы подводного плавания. Это мероприятие было направлено на то, чтобы лодки типа «S» периодически находились то в северной части Тихого океана, то в Калифорнии. Такая практика существовала все время, пока эти лодки действовали в районе Алеутских и Курильских островов.

Для усиления обороны 3 апреля 1942 года в Датч-Харбор пришла подводная лодка «S-35». Вскоре прибыли еще две лодки. К концу мая в состав лодок, патрулировавших в районе Алеутских островов, входили подводные лодки: «S-23», «S-18», «S-35», «S-27», «S-28» и «S-34».

Помимо патрулирования в северной части Тихого океана, эти лодки начали кампанию по уничтожению японских рыболовных судов, добывавших в этом районе рыбу, которая являлась дополнительным продовольствием для японского населения. Подводные лодки потопили несколько рыболовных судов, но не встретили ни одного японского военного корабля. Присутствие подводных лодок на Алеутских островах вынудило японцев временно отложить вопрос о вторжении в этот район. Боевые действия начались в июне, одновременно с наступлением в районе острова Мидуэй.

Для отражения возможной атаки на Аляску адмирал Нимиц направил в район Алеутских островов крупное соединение военно-морских и военно-воздушных сил, в состав которого входили: 5 крейсеров, 11 экскадренных миноносцев, флотилия малых военных кораблей и 169 самолетов. Там же находились и ранее упомянутые 6 подводных лодок. Командующим всеми американо-канадскими силами в этом районе был назначен контрадмирал Теоболд.

В июне изменили систему береговой обороны на участке Сиэтл-Ном; самолеты вместе с подводными лодками приступили к регулярному несению дозорной службы и поиску противника на подступах. Были обнаружены японские подводные лодки, разведывавшие район бухты Колд-Бей, Кадьяк и Кыска. Японские морские самолеты-разведчики все чаще появлялись в районе Датч-Харбора и Сиэтла. Враг приближался.

Японцами для проведения операции было сформировано мощное ударное соединение в составе авианосцев «Рюддзе» и «Хятака», двух тяжелых крейсеров, трех эскадренных миноносцев и вспомогательных судов. Эта операция была не только стратегическим маневром для отвлечения американских сил от района южных морей, она имела также задачу захвата островов Кыска, Адака и Атту. Японцы намеревались, укрепившись на этих внешних островах, превратить их в базы, с которых они бы осуществляли контроль над всей Алеутской грядой. Они также хотели использовать острова в качестве трамплина для броска на Датч-Харбор, Кадьяк и территорию самой Аляски.

Американские самолеты-разведчики обнаружили японское ударное соединение 2 июня. Это были в основном армейские самолеты, которые на следующий день из-за плохой погоды не смогли подняться в воздух, а тем временем корабли противника подошли к острову Уналяска на дистанцию 150 миль. С японских авианосцев поднялись две эскадрильи бомбардировщиков, но большинство самолетов вернулось из-за тумана обратно. Только несколько машин прорвались к Датч-Харбору и сбросили бомбы на береговые сооружения. Во время налета был сбит один и сильно поврежден другой японский самолет. На следующий день, когда погода несколько улучшилась, японские самолеты вновь атаковали Датч-Харбор. При этом они подожгли нефтехранилище и потопили старый корабль, стоявший у пирса, При попытке атаковать форт Глин японцы потеряли два истребителя и два бомбардировщика. Тем временем американские и канадские самолеты атаковали японские авианосцы, но безуспешно. Ночью ударное соединение японских кораблей отошло по направлению к Атту и Кыске.

Вышеупомянутые действия происходили накануне наступления японцев в районе Мидуэя. У японцев даже было в связи с этим намерение отозвать свои корабли из района Алеутских островов. Однако этого не произошло, но из плана японских сил было исключено вторжение на Адак; захват же японцами островов Атту и Кыска являлся очередной задачей. Эта задача 6 и 7 июня была выполнена.

Однако вскоре острова Атту и Кыска стали подвергаться почти ежедневным атакам американских самолетов, что постоянно беспокоило верховное командование Японии. Снабжение и содержание этих отдаленных баз стоило японцам больших усилий.

Когда подводные лодки типа «S» впервые пришли в район Алеутских островов, командующий подводными силами Тихоокеанского флота заявил, что если северная часть Тихого океана станет театром активных боевых действий, то находящееся там соединение лодок типа «S» должно быть усилено эскадренными подводными лодками из Пирл-Харбора. Но это было осуществлено уже после захвата японцами островов Кыска и Атту.

Причиной гибели лодки «S-27» были тяжелые метеорологические и навигационные условия в районе Алеутских островов. Лодка находилась в разведке в районе Константин — Харбора (остров Амчитка) в 60 милях от оккупированного японцами острова Кыска. В течение полярного дня, продолжавшегося 18 час., лодке все время угрожали сторожевые самолеты противника, и она была вынуждена находиться в подводном положении и только ночью, длившейся шесть часов, могла всплывать для зарядки аккумуляторных батарей.

По окончании разведки в районе Константин — Харбора командир «S-27» решил провести разведку вокруг острова Кыска. В соответствии с этим 19 июня 1942 года после полудня лодка пошла к намеченной цели и вскоре почти достигла острова. В сумерках лодка всплыла для зарядки батарей. Над морем стлался легкий туман. К сожалению, этот туман, скрывая лодку от японских самолетов, ограничивал видимость с подводной лодки.

Незаметно течение относило лодку к берегу. Стемнело, видимость снизилась до нулевой. Без радара или эхолота, которые могли бы предупредить командира об опасности, лодку отнесло на 5 миль от ее первоначальной позиции, и в 22 часа она села на мель в 350 м от острова Амчитка[11].

Всю ночь команда безуспешно пыталась сняться с мели. Не удалось выручить лодку и на следующий день. К этому времени ухудшилась погода; волны начали перекатываться через корабль, оголялись винты, крен достигал 12° на левый борт. Машинное отделение было затоплено водой, поступавшей через пробоину в прочном корпусе. Создалась опасность, что из поврежденной кормовой батареи начнет поступать хлористый газ. Командир приказал команде покинуть лодку. При помощи одной трехместной резиновой шлюпки команда постепенно перебралась на берег. Предварительно было отправлено шесть радиограмм с донесением о случившемся. Через шесть дней команда «S-27» была подобрана летающей лодкой и доставлена в Датч-Харбор.

Потеря «S-27» ослабила систему обороны Алеутских островов. К счастью, подкрепления из Пирл-Харбора уже были в пути. 28 июня в Датч-Харбор пришла лодка «Гроулер», а следом за ней пришли «Трайтен», «Финбэк», «Триггер», «Грунион», «Гэтоу», «Туна» и «Хэлибат». Таким образом, к концу лета в районе Алеутских островов было восемь современных эскадренных подводных лодок. Оборонительные силы района пополнились также четырьмя лодками типа «S». Из атлантического океана в Датч-Харбор пришли лодки «S-30», «S-31», «S-32» и «S-33». Из вновь прибывших лодок и пяти оставшихся лодок типа «S» было сформировано соединение, предназначенное для действий в районе Алеутских островов.

Боевые действия эскадренных подводных лодок начались сразу же после их прихода в этот район. Первый корабль противника был потоплен подводной лодкой «Трайтон». 4 июня близ острова Агатту с подводной лодки был обнаружен японский эскадренный миноносец «Нэнохи». Только через 10 час. командиру лодки удалось атаковать миноносец двумя торпедами. Одна из торпед попала в среднюю часть корабля; через несколько минут эскадренный миноносец водоизмещением 1600 т затонул.