Назавтра Исана смотрит в бинокль на развалины киностудии и видит в окне павильона обнаженную девчонку. Неожиданно он замечает группу подростков, которые обвиняют его в том, что он шпионит за ними. Они спрашивают, почему Исана с Дзином живут здесь, ни с кем не общаясь. Исана объясняет им, что он поверенный деревьев и китов. Пригрозив расправой, подростки заставляют Исана пустить к себе в дом Боя — подростка, чья рана начала гноиться, и Инаго — ту самую девчонку, которая предлагала Исана переспать с ней. Исана едет в аптеку за лекарствами для больного, а Инаго присматривает за Дзином. К удивлению Исана, девушка относится к малышу заботливо и внимательно.
Один из подростков — Такаки — рассказывает Исана о Китовом дереве. В детстве Такаки слышал о нем, мечтал о нем, но так никогда и не видел. Название «Китовое дерево» вызывает у Исана теплое чувство, ему тоже начинает казаться, что такое дерево существует. Вернувшись из аптеки, Исана падает с велосипеда. Подростки смеются, совсем не думая о том, что ему может быть больно. Исана поражается их жестокости. Такаки приезжает за Исана на краденой машине и продолжает рассказ о Китовом дереве. Через несколько дней Такаки показывает Исана тайник подростков: они обосновались на заброшенной киностудии. Они разобрали шхуну, которую один из них должен был стеречь, по частям перетащили ее в один из павильонов, а там собрали и стали изучать морское дело, чтобы впоследствии отправиться в плавание. Подростки объединились в Союз свободных мореплавателей и живут прямо здесь, оборудовав в подвале кубрик.
Увидев, что Такаки привел Исана, Бой, который почти выздоровел и вернулся на шхуну, хочет застрелить «этого сумасшедшего»: никто чужой не должен знать обих тайнике. Исана не боится смерти: Инаго так хорошо заботится о мальчике, что тот может обойтись без отца. Но Исана должен выполнить свою миссию — поведать пришельцам из других миров, что на земле царствовал не человек, а киты и деревья. Бой боится, что Исана донесет на них полиции, но все остальные подростки проникаются доверием к Исана и предлагают ему присоединиться к ним.
Человек по прозвищу Короткий, которому уже сорок лет, так что он даже старше Исана, рассказывает, что в тридцать пять лет вдруг начал сжиматься и сжимается до сих пор. Действительно, его конечности кажутся слишком длинными по сравнению с чересчур коротким туловищем. Его отправили в психиатрическую лечебницу, но он сбежал оттуда. Ему нет места в мире обычных людей, и он чувствует себя нормально в обществе подростков. Слушая рассуждения Исана о деревьях и китах, подростки приходят к мысли, что у него есть то, чего им не хватает: умение облечь свои мысли в слова. Они считают, что его прекрасное владение словом может им пригодиться.
Исана исповедуется подросткам в своих грехах: в бытность свою секретарем тестя он приводил к нему мальчиков, потакая его извращениям. Однажды они случайно убили мальчика, и с тех пор Исана не знает покоя. В качестве «специалиста по словам» Исана начинает заниматься с подростками английским языком, выбрав для этого «Моби Дика» и Достоевского в английском переводе. Поначалу он опасается, что беседы старца Зосимы покажутся подросткам слишком нравоучительными, но они слушают с огромным интересом, а слово «prayer» (молитва) буквально захватывает их. К удивлению Исана, подростки очень полюбили Дзина и с удовольствием слушают серьезную музыку. Исана живет в предчувствии конца света, а подростки ждут Великого землетрясения — между ними много общего.
Подростки привлекают в Союз свободных мореплавателей солдата сил самообороны — возлюбленного Инаго. Они хотят, чтобы он научил их обращаться с оружием. Исана просит свою жену Наоби найти место на побережье, где он и его друзья могли бы пожить две-три недели. Наоби находит им такое место в Идзу, но там Короткий совершает предательство — фотографирует военные учения Союза свободных мореплавателей и продает фотоснимки еженедельнику. Он хочет вынудить подростков убить его, считая, что преступление сплотит их и превратит Союз свободных мореплавателей в боевую организацию. Подростки устраивают суд над Коротким, во время которого один из них — Тамакити — случайно ранит Короткого. Понимая, что рана Короткого смертельная, подростки решают казнить его. Каждый из них бросает в него камень. Исана и солдат стоят в стороне. Солдат, прихватив заряженный автомат и бросив Инаго, садится на мотоцикл и сбегает, подростки пускаются в погоню. Один из них — Тамакити — бросает гранату в рыбачью шхуну. Шхуна загорается, и подозрение падает на солдата. Солдат кончает с собой. Инаго становится любовницей Исана, Исана, Дзини, Инаго возвращаются в Токио, в убежище. Там их встречают подростки: киностудию разрушают, им было некуда деться, и они, разбив окно, влезли в убежище Исана.
В павильоне на киностудии остался один Бой: он ни за что не соглашается оставить шхуну. Чтобы она не попала в чужие руки, он взрывает ее. Рабочие, разрушающие киностудию, избивают Боя. Тамакити отвозит умирающего товарища в клинику Токийского университета и оставляет в аркаде. Подростки размышляют, как быть дальше. Исана просит Наоби помочь достать деньги на корабль, чтобы отправиться вместе с подростками в плавание. Наоби выдвинула свою кандидатуру на выборах, и Исана надеется, что ей выгоднее, чтобыее муж и сын плавали по морю, защищая китов, а не сидели в атомном убежище. Наоби обещает предложить строительной компании выкупить у Исана убежище и землю — вырученных денег хватит на задуманное предприятие. На всякий случай подростки делают запасы продуктов — если им предстоит осада, они им понадобятся в убежище, если же их ждет плавание, они возьмут их с собой. Чтобы не подвергать опасности ребенка, подростки предлагают Исана с Дзином покинуть убежище, но Исана хочет сообщить жене, что они с Дзином взяты в заложники — тогда она наверняка предоставит в их распоряжение корабль. Из окна убежища видны полицейские автомобили. Моторизованный отряд окружил здание. Подростки стреляют, полицейские пускают слезоточивый газ. Они призывают осажденных сдаться.
Подростки ждут приезда жены Исана. Наоби приезжает, но заявляет, что даже во имя жизни своего ребенка не вступит в сделку с преступниками. Подростки мужественно сражаются, но сила не на их стороне, и они гибнут один за другим. Становится ясно, что корабль им уже не нужен: они все равно не смогли бы отправиться в плавание, ведь и штурман, и радист погибли. Тамакити намерен сражаться до конца, но он не хочет, чтобы Союз свободных мореплавателей исчез бесследно. Он предлагает Такаки уйти и возродить его. Исана слагает с себя обязанности специалиста по словам Союза свободных мореплавателей, теперь он полностью посвящает себя обязанностям поверенного китов и деревьев. Такаки признается, что его рассказ о Китовом дереве — выдумка, но Исана возражает, что, коль скоро он не сможет поехать на родину Такаки и убедиться в этом, ничто не мешает ему считать, что Китовое дерево существует. Такаки с белым флагом выходит из убежища, за ним идут Инаго с Дзином на руках и доктор (бывший студент медицинского института). Пока они идут к автомобилю, полицейские бьют их.
Когда автомобиль увозит тех, кто сдался, к убежищу подъезжает пожарная машина с подъемным краном и начинает рушить здание. В убежище остались только Исана и Тамакити. Исана спускается в бункер. Поставив ноги на землю, он слушает пленку с криками китов. Из земли фонтаном бьет вода: выбрасываемая пожарной машиной, она просочилась под фундамент и забила в том месте, где в полу была дыра. Крышка люка поднимается, раздаются выстрелы. Исана отстреливается. Вода поднимается все выше и выше. Обращаясь к душам деревьев и китов, Исана посылает им последнее прости и гибнет.
