В июле 1944 года Ж. Я. Котину было присвоено звание генерал-лейтенанта инженерно-технической службы.

Новые технические решения, впервые применявшиеся на тяжелых танках, создали богатый инженерный задел для широкого использования оригинальных технических находок на перспективных образцах средних и легких танков. Постепенно в конструкторском бюро Ж. Я. Котина начала формироваться своя научная школа танкостроения. Методики расчетов, разработанные и апробированные на заводе, переходили в программы и учебники по конструированию и расчетам боевых машин. Наибольшую способность в разработке расчета танка показали Н. Л. Духов, А. С. Ермолаев, П. П. Исаков, Г. Н. Рыбин. По разработанным этими конструкторами методикам учились молодые инженеры, приходившие на работу в КБ. Для них были организованы теоретические и практические занятия по овладению новыми методами расчетов.

Жозеф Яковлевич всю жизнь тянулся к преподавательской деятельности. Свою мечту ему удалось частично осуществить в послевоенные годы, когда он в звании профессора стал читать лекции студентам Ленинградского политехнического института имени М. И. Калинина.

Второй танковой индустрией страны в годы Великой Отечественной войны была ремонтно-восстановительная служба автобронетанковой техники. По данным военной статистики, каждый наш танк прожил три, четыре, а то и пять жизней. Всего в боевой строй последовательно было возвращено 429 тысяч танков.

Организацией ремонтно-восстановительной службы Ж. Я. Котин впервые начал заниматься еще во время советско-финляндской войны, когда пришлось эвакуировать с поля боя подорвавшийся на мине тяжелый танк СМК. В ходе этой операции особенно ярко проявилась необходимость иметь специальные полевые бригады, оснащенные бронированными тягачами с комплектом такелажных приспособлений и другим оборудованием для ремонта бронетанковой техники в полевых условиях, непосредственно в районе боевых действий.

Первые такие подразделения Ж. Я. Котин начал формировать как исследовательские группы специалистов завода: испытателей, мастеров, механиков-водителей, мотористов, слесарей-трансмиссионщиков, вооруженцев, электриков-радистов. Эти группы направлялись в военные округа для технического обслуживания тяжелых танков KB, поскольку на месте подготовленных специалистов по новой для строевых танкистов технике еще не было. В основную задачу таких команд входило не просто оказание помощи техническому персоналу в деле поддержания в исправном состоянии танков KB, а главным образом изучение новых машин во время эксплуатации. Поэтому в состав бригад входили опытные испытатели. Одну из них возглавлял З. Ф. Глушак, другую А. И. Эстратов. Они действовали в Прибалтийском военном округе до дня нападения немецко-фашистских войск на нашу страну. После начала военных действий они добровольно остались в тех же воинских частях и продолжали изучать и обслуживать тяжелые танки. Помощь опытных специалистов, в прошлом участвовавших в боевых испытаниях KB на Карельском перешейке, оказалась весьма кстати: все танковые части, обслуживаемые кировцами, с честью вышли из тяжелых испытаний первых дней войны.

Больше месяца провели в войсках механики-водители В. И. Игнатьев, В. М. Ляшко и А. Г. Тетерев, награжденные орденами за мужество, проявленное в боях на линии Маннергейма. 19 июня 1941 г. они вернулись в Ленинград, а на второй день войны снова выехали на фронт. Там они столкнулись с таким неприятным явлением, когда неуязвимые для немецких противотанковых пушек KB выходили из строя в результате нарушения правил эксплуатации. Неопытные механики-водители пережигали фрикционы и тормозные ленты, выводили свои машины из строя из-за незнания порядка технического обслуживания, отсутствия необходимых смазочных материалов и запасных частей; из-за неумелого вождения танки застревали в канавах.

Забывая об опасности, об отдыхе и сне, мастера-кировцы во главе с В. И. Игнатьевым дни и ночи ремонтировали дизельные моторы, налаживали трансмиссии, восстанавливали вооружение, электрику и связь… Не хватало запасных и комплектующих деталей. Дело уже находилось под угрозой срыва, когда совершенно неожиданно для себя они повстречали Маршала Советского Союза С. М. Буденного. Буденный производил рекогносцировку оборонительных рубежей и, увидав ремонтников, подошел к ним.

— Разрешите доложить, товарищ маршал, — обратился к нему В. И. Игнатьев. — Мы, рабочие Кировского завода, прикомандированы к танковой части. Нам поручено восстанавливать выбывающие из строя тяжелые танки KB, но у нас нет необходимых материалов…

Устранение повреждений на танке KB, вернувшемся из боя.

С. М. Буденный выслушал рабочего и, не теряя времени, сказал:

— Диктуй, кировец, что тебе нужно! Адъютант маршала аккуратно записал все, что перечислили ему специалисты, и Семен Михайлович, прощаясь с ремонтниками, просто сказал:

— Постараюсь, чтобы завтра в десять утра вы получили необходимые для ремонта запчасти…

На следующий день в десять утра на опушке леса снова появился автомобиль, на котором адъютант командующего привез обещанные запчасти. Оказывается, С. М. Буденный позвонил в Ленинград на Кировский завод, переговорил с директором и сразу же послал специальный самолет. Рабочие завода, узнав о нужде своих фронтовых ремонтников, работали всю ночь и к утру изготовили все, что требовалось.

В первый месяц Великой Отечественной войны Ж. Я. Котин понял, что сложившаяся система технического обслуживания бронетанковых войск, рассчитанная в основном на ведение наступательных действий, не соответствует сложной обстановке, складывающейся на всех фронтах. Войсковые эвакуационные подразделения не имели бронированных тягачей: начатые по инициативе Ж. Я. Котина конструкторские проработки тягача на базе тяжелого танка в свое время не получили поддержки у командования бронетанковых войск Красной Армии и до конца доведены не были. Тихоходные тракторы-тягачи со скоростью 4–5 км/ч, которыми были оснащены войска, не могли справиться с эвакуацией поврежденных тяжелых танков с поля боя.

Маневренный характер боевых действий первого периода войны с особой остротой ставил вопрос о формировании специальных подвижных подразделений, способных ремонтировать танки непосредственно в районах боевых действий. Партийный комитет Кировского завода по предложению члена парткома Ж. Я. Котина в порядке усиления помощи фронту сформировал на заводе три подвижные базы по ремонту танков (ПРБ), которым были присвоены номера 21, 22 и 23. Эти подразделения укомплектовали лучшими специалистами завода, снабдили оборудованием и инструментами для ремонта КВ.

Возглавили подвижные ремонтные базы военные инженеры из конструкторского бюро Котина. ПРБ-21 принял инженер-капитан С. М. Касавин, ПРБ-22 — инженер-капитан Л. Н. Переверзев и ПРБ-23 — В. И. Дроздов.

Вспоминая о тех днях, инженер-полковник С. М. Касавин рассказал: «Начались хлопотливые дни и бессонные ночи формирования базы: конструирование и изготовление летучек, укомплектование личного состава базы, обучение их ремонтным операциям, подбор оборудования, инструмента, запасных агрегатов и частей. Всю эту гигантскую работу мы должны были выполнить за два месяца. В добровольцах, желающих немедленно отправиться на фронт, не было недостатка: лучшие слесари опытного цеха, мастера из второго механического, конструкторы и специалисты отдела главного механика, рабочие ряда цехов — все они, не считаясь со временем, в короткие сроки оборудовали подъемными средствами и станками 150 летучек, и подвижные ремонтные базы раньше назначенного срока приступили к работе. При этом 22-я база инженер-капитана Л. Н. Переверзева 28 августа переправилась через Неву и успела выйти к Москве, где поступила в распоряжение командования Западного фронта, а 21-я и 23-я ПРБ остались в блокированном городе и поступили в распоряжение командующего бронетанковыми войсками Ленинградского фронта…»