29 августа противник, произведя перегруппировку своих войск и перебросив с туапсинского направления в район станицы Крымской 125-ю пехотную дивизию 57-го танкового корпуса, вновь перешел в наступление. На этот раз он решил прорваться к Новороссийску в обход с северо-запада через станицу Натухаевскую силами 125-й, через станицу Верхне-Баканскую — 73-й, а с севера — силами 9-й пехотных дивизий. Все атаки 9-й дивизии противника стойко отражали морские пехотинцы 1-й бригады морской пехоты. 125-й немецкой пехотной дивизии ценой больших потерь удалось потеснить 2-ю морскую стрелковую бригаду и захватить станицу Красно-Медведовская.
В ночь на 2 сентября войска 46-й немецкой пехотной и 3-й румынской горной дивизий 11-й немецкой армии начали форсирование Керченского пролива. Высадка производилась в районе мыса Ахиллеон, Кучугуры и на косу Тузла, в то время, когда часть сил Керченской военно-морской базы уже была передислоцирована под Новороссийск. Защитники Таманского п-ова, в т. ч. морская пехота, оказывали упорное сопротивление противнику, проявляя чудеса героизма, самоотверженности и отваги. На северном боевом участке береговая артиллерия вела тяжелый бой с наседавшими немецкими частями. Израсходовав весь боезапас, моряки взорвали орудия и отошли в район, предназначенный для эвакуации.
Стойко оборонялись морские пехотинцы восточного участка. Исчерпав все боевые возможности, они отошли в район озера Соленое, где был создан последний рубеж для прикрытия эвакуации морем защитников Таманского п-ова в Новороссийск. Руководство эвакуацией частей Керченской ВМБ было возложено на контр-адмирала С. Г. Горшкова. Для перевозки войск были использованы сейнеры, торпедные и сторожевые катера, тральщики и сторожевые корабли. Последним покинул Таманский п-ов 305-й отдельный батальон морской пехоты, прикрывавший эвакуацию. Всего за 2–5 сентября в Новороссийск и Геленджик было вывезено 5516 чел. с личным оружием и боеприпасами и 544 чел. Анапского укрепленного района. Из эвакуированного личного состава было сформировано четыре батальона морской пехоты, которые вошли в состав Новороссийского оборонительного района.
8 сентября 1942 г. флотилия была расформирована, а ее корабли и части вошли в состав Новороссийской и Керченской ВМБ.
3 февраля 1943 г. Азовская военная флотилия была сформирована вновь. В ее состав были включены 384-й и 369-й отдельные батальоны морской пехоты.
Одной из основных задач флотилии являлась высадка морских десантов для поддержки частей Советской Армии.
Десанты Азовской военной флотилии, высаженные в апреле — сентябре 1943 г. с целью содействия приморским флангам Южного и Северо-Кавказского фронтов, сыграли важную роль в освобождении Северного побережья Азовского моря и Таманского п-ова.
Осуществленные в одном оперативном периоде и в одном районе военных действий морские десанты имели ряд характерных черт. Высадка десантов производилась исключительно с малых боевых кораблей из-за отсутствия в составе флотилии специальных десантно-высадочных средств. В составе десантов высаживались одни и те же батальоны морской пехоты, что способствовало совершенствованию навыков личного состава, и в известной степени, компенсировало недостаточное количество времени, выделяемого на подготовку. Десанты высаживались в условиях использования противником значительных морских сил, главным образом быстроходных десантных барж, но при господстве в районе высадки авиации Черноморского флота, а также Южного и Северо-Кавказского фронтов. Следует отметить, что противник создал противодесантную оборону побережья, основными узлами сопротивления которой являлись порты Таганрог, Мариуполь, Осипенко, Темрюк, Геническ и ряд крупных прибрежных населенных пунктов.
Одновременно были укреплены десантно-доступные участки побережья, главным образом косы и низменности (коса Вербяная, Пересыпь, район Темрюка и др.), которые противник оборудовал как основные опорные пункты противодесантной обороны. Созданные укрепления по своему характеру являлись инженерными сооружениями с развитой системой пулеметных и артиллерийских ДЗОТ и огневых позиций артиллерии.
Низменные участки, удаленные от крупных опорных пунктов, и сами опорные пункты в большинстве случаев имели проволочные заграждения и минные поля. При этом противодесантная оборона противника, как правило, глубины не имела.
В портах (на молах и пристанях) были установлены орудия в железобетонных дотах для стрельбы прямой наводкой.
Стационарная береговая артиллерия имелась только в Мариуполе и на Арабатской стрелке. На участке Таганрог, Мариуполь противодесантную оборону обеспечивали части немецкой 111-й ПД и 111-го ПБ и до двух полков других формирований; на участке Мариуполь, Молочное озеро — 4-я румынская ПД, а на участке Молочное озеро, о. Бирючий, Геническ — 1-я словацкая моторизованная дивизия. Всего на северном побережье Азовского моря находились три дивизии противника.
На Южном побережье Азовского моря на участке косы Вербяная — Темрюк противодесантную оборону занимали части 50-й ПД, 4-го охранного полка и отряда морской пехоты, на участке Темрюк — м. Ахиллеон — кавалерийский полк. Таким образом, на южном побережье Азовского моря противник имел в общей сложности около двух дивизий. Основная задача Азовской флотилии состояла в содействии приморским флангам сухопутных войск высадкой тактических морских десантов.
Прибывшие на флотилию 369-й и 384-й отдельные батальоны сразу же начали усиленно заниматься боевой подготовкой. 384-й ОБМП, сформированный в Поти из личного состава Черноморского флота, прибыл в мае 1943 г. 369-й ОБМП, укомплектованный моряками Волжской и Каспийской флотилий, Ярославского экипажа, Северного, Балтийского и Тихоокеанского флотов, прибыл из Баку в начале июня 1943 г.
29–30 августа 1943 г. в районе Безымяновки, Веселый, западнее Таганрога была высажена рота 384-го ОБМП в количестве 157 чел. под командованием командира батальона майора Ф. Е. Катанова.
В качестве вспомогательного десанта восточнее Таганрога высадилось 50 чел. разведроты штаба 58-й армии.
29 августа 1943 г. в 23.50 катера бесшумно подошли к берегу и в течение 15 мин высадили десант и выгрузили боеприпасы. Подавив основные огневые точки противника, главные силы десанта разгромили гарнизон Безымяновки, уничтожив до 200 солдат и офицеров, около 200 грузовых машин, пять складов и три танка.
Вследствие того, что наступление 44-й армии успеха не имело, десант по приказанию командующего Азовской флотилией был посажен на корабли и возвращен в Ейск.
Успешная высадка основного десанта явилась следствием хорошей подготовки личного состава 384-го ОБМП, внезапности высадки и решительных действий десанта на берегу.
В связи с отходом противника под ударами войск Южного фронта в западном направлении, вдоль побережья Азовского моря командование Северо-Кавказского фронта приняло решение высадить 8 сентября 1943 г. морской десант в районе Ялта, Мелекино, Песчаное. 8 сентября 1943 г. в 3.30 в 1,5 км западнее Ялты была высажена рота 384-го ОБМП в количестве 157 чел. под командованием лейтенанта К. Ф. Ольшанского.
Высадка роты численностью 160 чел. 384-го ОБМП под командованием командира батальона капитана Катанова в районе Мелекино в ночь на 8 сентября ввиду штормовой погоды не состоялась, что осложнило действия десанта, высаженного в районе Ялты.
Десант Ольшанского, подавив огневые точки противника на берегу, в т. ч. закопанный танк, гранатами и огнем противотанковых ружей успешно действовал в течение 9 и 10 сентября, нарушая коммуникации противника на участке Мариуполь — Мангуш.
11 сентября 110 чел. десанта Ольшанского соединились с частями 44-й армии. Таким образом, поставленные задачи рота Ольшанского выполнила. В результате боевых действий были уничтожены около 600 солдат и офицеров противника, 5 орудий, 4 огневых точки и др.
В ночь с 9 на 10 сентября в Мелекино были высажены 220 чел. 384-го ОБМП. Десант ворвался в Мелекино, где уничтожил около 200 румынских солдат, две батареи 130-мм и 45-мм орудий противника, потеряв при этом только трех человек ранеными.