ЦГБ размещались в 14-ти цистернах. Три из них являлись аварийно-балластны- ми и служили для восстановления плавучести лодки при потере герметичности одного контейнера из каждого парного блока. Вентиляция всех ЦГБ раздельная. Управление кингстонами и клапанами вентиляции дистанционное при помощи гидравлических приводов. Замещение массы выпущенных ракет производилось приемом забортной воды в специальные прочные цистерны. Конструкции прочного и наружного корпусов были рассчитаны с учетом требований противоатомной защиты.

Обводы легкого корпуса обеспечивали кораблю высокие мореходные качества в надводном положении, что было важным для процесса боевого использования ракетного оружия. В частности, у АПЛ пр. 658 была принята штевневая заостренная форма носовой оконечности легкого корпуса. Она вместе с формой обтекателей антенн ГАК (или ГАС) во многом повторяла форму носовой оконечности АПЛ пр. 658. Обводы кормовой оконечности были такими же как у немецкой «электрической» лодки XXI серии периода Второй мировой войны. Различие заключалось в том, что у АПЛ пр. 659 на кормовых горизонтальных стабилизаторах имелась пара МКГР (как на пр. П627А).

Прочные транспортно-пусковые контейнеры (ТПК) были смонтированы на, прочном корпусе корабля. С бортов и сверху они прикрывались стенками и палубой надстройки, вписываясь в ее обводы. ТПК были сведены в три парных блока (один блок в нос и два – в корму от ограждения рубки). Каждый из блоков поднимался гидравлическими подъемниками (размещались во втором, шестом и седьмом отсеках) на стартовый угол 15° путем поворота на неподвижной полой оси, внутри которой размещались коммуникации, связывающие ракету и контейнер с лодкой. Перед стартом ТПК, поднятые на стартовый угол, фиксировались стопорами, а обе крышки (передняя и задняя) открывались. Все контейнеры поднимались за 140 сек, а крышки открывались за 20-25 сек.

Стрельба проводилась по курсу АПЛ при поднятых и застопоренных контейнерах, а также открытых крышках, при скорости носителя 8 уз и состоянии моря до 4-х бАПЛов. В этих же условиях мог производиться и сброс аварийной ракеты. Для обеспечения залповой стрельбы требовался одновременный запуск и вывод на полетный режим работы маршевых двигателей всех ракет. Выхлопные газы отводились через заднюю крышку ТПК в газоотводные выгородки, располагавшиеся в надстройке за каждым из контейнеров. При первых же пусках выяснилось, что двигатели «задних» ракет глохли, захватывая отработанные газы «передних» ракет – пришлось перепрофилировать газоотводные выгородки. Залп осуществлялся в строгой последовательности (соответственно из ТПК №№ 6-3-2-5 4 1). Время после всплытия лодки до пуска первой ракеты составляло около четырех минут, а подготовки и пуска всех шести ракет – 12,5 минут.

Необходимость размещения на АПЛ пр. 659 аппаратуры и оборудования, необходимых для повседневного обслуживания, предстартовой подготовки и запуска КР, привела к увеличению длины прочного корпуса (и соответственно длины всего корабля) на 3,8 м по сравнению с АПЛ пр. 627А. Корабли также различались между собой торпедным вооружением. На лодке пр. 659 торпедное вооружение предназначалось исключительно для самообороны, и поэтому было ограничено четырьмя 533-мм (в носовой оконечности) и четырьмя 400-мм ТА (два из которых были установлены в кормовой оконечности). Сократился торпедный боезапас. Общее расположение механизмов, оборудования и энергетической установки пр. 659 и пр. 658 было чрезвычайно близко, несмотря на разницу в количестве отсеков. Так, например, четвертый отсек пр. 659 был полностью аналогичен пятому отсеку пр. 658, пятый – шестому и т.д.

АПЛ пр. 659 обладала большой шумностью из-за высоких виброактивности механизмов АЭУ, частоты вращения гребных винтов, наличия развитых надстроек, насыщенных плохообтекаемыми газоотводными выгородками, контейнерами и механизмами. Легкий корпус из маломагнитной стали получал коррозионные повреждения в виде многочисленных трещин.

КР П-5 обладала целым рядом недостатков: малой точностью стрельбы; уязвимостью от средств ПРО; чувствительностью к погодным условиям (температуре воздуха, направлению и силе ветра) и невозможностью осуществлять полет над местностью сложного рельефа (например, над горами). Попытки улучшить боевые качества ракеты путем установки доплеровского измерителя пути и сноса ракеты (соответственно комплексы П-5Д и П-7) не дали желаемых результатов, и уже в 1966 г. все модификации комплекса П-5 сняли с вооружения. В 1966-1967 гг. в ЦКБ-18 под руководством Н.А. Климова велись проработки по пр. 659А – модернизации пр. 659под ПКРК П-6. Как оказалось, пр. 659 не мог быть модернизирован подобным образом – не хватало длины ПК, требовалось установить систему «Аргумент» и комплекс «Успех», полностью перестроить легкий корпус и пр. Тогда их решили переоборудовать по пр. 659Р – в корабли-ретрансляторы комплекса средств радиосвязи. Работы над этим проектом также велись в ЦКБ-18 под руководством Н.А. Климова. Однако в первом квартале 1968 г. их прекратили ввиду отсутствия военной целесообразности. В конце концов, было принято решение о переоборудовании кораблей пр. 659 в торпедные АПЛ пр. 659Т. Соответствующие работы провели в 1963-1976 гг. на СРЗ «Звезда» при участии специалистов завода «им. Ленинского Комсомола».

В США, после того, как в ноябре 1960 г. был принят на вооружение комплекс БР «Polaris A1», интерес к КР как к стратегическому оружию угас. Как средство борьбы с надводными кораблями они также мало интересовали американцев, имевших мощную палубную авиацию. В нашей стране дело обстояло иначе. По целому ряду причин ей начали искать альтернативу, одной из которых и стали КР. Такой подход во многом определялся взглядами Н.С. Хрущева на вопросы развития ВМФ. Он полагал, что самолет морально устарел, и что ракетное оружие будет гораздо более эффективным средством ведения войны на море.

Если БР, оснащенные СБЧ, могли с успехом использоваться для нанесения ударов по береговым объектам, то для борьбы с движущимися морскими целями они мало годились. Прежде всего, из-за сложности обеспечения целеуказания и наведения боевой части на конечном участке траектории полета, в том числе, и при использовании МКРЦ «Легенда». Вместе с тем, сама по себе идея оказалась настолько привлекательной, что в нашей стране с середины 60-х по конец 70-х годов прошлого столетия ее пытались реализовать в комплексе Д-5 с ракетой Р-27К. Хотя результаты его испытаний сочли успешными, заказчик данной системой вооружения не заинтересовался.

В нашей стране, создавая лодочный ПКРК первого поколения, проблему целеуказания решили за счет использования морской разведывательной авиации (впоследствии, за счет уже упоминавшейся МКРЦ «Легенда»), а проблему наведения – за счет использования телеуправления и радиолокационной головки самонаведения.

В процессе развития отечественных противокорабельных ракетных комплексов оперативного назначения целеуказание так и не удалось обеспечить радиотехническими средствами носителя.

В западных ПКРК, находившихся на вооружении подводных лодок, данную проблему решили, главным образом, за счет сравнительно небольшой дальности полета ракет и совершенства самих радиотехнических средств. Возможные ошибки в распределении целей вполне компенсировались массированным применением ракет. Необходимо отметить, что зарубежные ПКРК, как правило, были универсальны по носителям. Данное обстоятельство позволяло использовать палубную или базовую авиацию не только для нанесения ударов по корабельным группировкам противника, но и для ведения разведки в интересах других носителей – надводных кораблей и подводных лодок. Несмотря на очевидный прогресс в развитии технологий, проблема избирательного наведения ПКР на цели во время нанесения удара по крупной корабельной группировке и в настоящее время остается трудно разрешимой задачей, особенно в условиях применения средств радиоэлектронной борьбы (РЭБ).

В 50-х годах прошлого столетия о непреодолимых препятствиях старались не думать, и руководство Советского Союза видело в ПКР реальную возможность достижения паритета с ВМС США. Считалось, что именно они станут наиболее эффективным средством борьбы с авианосными соединениями вероятного противника, составлявшими основу ударной мощи его флота. В первом квартале 1956 г. (т.е. за три года до принятия на вооружение П-5) в ОКБ-52 в инициативном порядке начались работы над самонаводящимся самолетом-снарядом, получившем литерное обозначение П-6. Предполагалось, что он будет являться модификацией П-5, оснащенной радиолокационной головкой самонаведения и новой БСУ. Инициативу ОКБ-52 сначала поддержал руководитель ЦКБ-18 П.П. Пустынцев, а затем и Главком ВМФ.