К тому же здоровье его действительно было подорвано. Он не смог, подобно Миллеру, адаптироваться к российскому обществу. И потом — он добился кафедры в родном университете, что было его потаённой мечтой. Добившись европейской славы, он считал, что заслужил покой и отдых. Ему было уже почти сорок лет, и только вернувшись в Германию, он встретил женщину, которая стала его женой. Это обстоятельство, вероятно, ещё более должно было усугубить его проблему сдержать слово перед своими друзьями и коллегами в России.

По этим, а возможно и по каким-то иным причинам, Гмелин остался в Германии, где продолжал работу с гербарием и другими материалами, привезёнными из Сибири.

В 1754 году у него резко ухудшается здоровье. Он успевает закончить лишь третий том «Флоры Сибири», который будет опубликован только через тринадцать лет под редакцией его племянника, тоже И. Гмелина, и адъюнкта Академии Кельрейтера. Гмелин скончался 20 мая 1755 года. Его гербарий вдова передала в Петербургскую Академию наук и получила за него 600 рублей. Четвёртый том вышел из печати в 1769 году, вслед за третьим. Пятый — в XVIII веке остался неизданным. Гмелин–младший опубликовал из него только несколько новых папоротников. Том считался безвозвратно утерянным и был найден много десятилетий спустя.

В 1754 году членом Петербургской Академии наук становится Карл Линней. К этому времени его опубликованные ботанико-философские труды — «Философия ботаники» (1751) и «Виды растений» (1753) — произвели переворот в систематике растительного мира. С этого времени начался новый отсчёт времени. Гмелин за ним не успевал. Он был последователем Джона Рея (1628–1705), который первый разделил растения на тайнобрачные (споровые) и явнобрачные (цветковые). Последние он разделил на однодольные и двудольные по количеству семядолей с семени. Это была прогрессивная система живых организмов, из которой впоследствии родилась естественная система Б. Жюсье (1699–1776). Названия растениям Гмелин давал не бинарные: род и вид, как Линней, а полиномные. Но Гмелин и не мог знать новых принципов бинарной номенклатуры. Эти идеи в систематике растений появились, когда он путешествовал по Сибири. Он остался на устаревших позициях систематики, ещё прогрессивных каких-то 10–15 лет назад.

Линней был знаком с великим сибирским гербарием Гмелина. Не исключено, что он знакомился с растениями, получая их непосредственно от промышленников Демидовых: три брата — Григорий, Павел и Пётр — были его учениками. Но это уже другая ниточка, которая вплелась случайно, и тем не менее в чём0то определила развитие сибирской ботаники. Другой его русский ученик — А.М. Карамышев (1744–1791) — приводит 118 растений сибирской флоры, растущих в ботаническом саду Линнея.

Несмотря на идейные расхождения, К. Линней и И. Гмелин находились в постоянной переписке и в каждом письме заверяли друг друга во взаимной дружбе и уважении. В одном из писем 1744 года Линней писал Гмелину, что тот открыл столько растений, сколько другие ботаники открыли их вместе. Всего известно 16 писем Линнея к Гмелину. Текст этих писем показывает, что Линней очень высоко ценил ботанические знания Гмелина. В них он обсуждал с ним вопросы систематики и даже эволюции растений. В одном из писем он пишет следующее: «Долго читал этой ночью твоё сибирское путешествие. Никто больше не достоин в ботанике, чем ты, проведший среди варваров десять лет из-за флоры».

Академик Рупрехт на годичном собрании Академии даёт превосходную характеристику трудов Иоганна Георга Гмелина: «...крайности холода и зноя, которые в состоянии переносить человек и животные, и которые далеко превышали назначенные Бургавом меру, понижение изотермических линий к востоку, никогда не оттаивающая почва в Якутии и на Аргуне, распространение чернозема в Сибири, понижение Каспийского моря, барометрические описания высот, и ещё много других наблюдений и открытий отчасти были впервые отмечены Гмелином. Но здесь мы ограничимся только оценкою единственного ботанического труда Гмелина, его сибирской флоры. Это поистенну классическое творение заключает в себе 1178 растений с приложением 300 чертежей... В его Flora Sibirica мы видим первые шаткие попытки растительности Сибири, основанной на обширной наглядности: граница обыкновенных европейских растений отодвинута до Енисея и уже подмечено сходство азиатских и американских пород...»

Гмелин один из первых открыл растительные богатства Сибири. Вместе с Мессершмидтом, Крашенинниковым и Стеллером он был первым натуралистом Сибири. Двигал ли его в этом долг перед Академией, высокая зарплата, научное честолюбие или свойственное всему человечеству стремление к новым открытиям? Измученный произволом чиновников, трудностью путешествий, он послал прошение о разрешении вернуться в Санкт–Петербург из Сибири ещё в 1738 году. Но, тем не менее, жажда новых открытий была для него превыше всего: «Мне уже было много радости от новых растений, которые случалось встречать ежедневно, и я, прежде отправки моего прошения, часто помышлял о том, чтобы взять его обратно, потому что при виде нового растения у меня тотчас явилось опасение, что эта радость может быть легко сокращена скорым разрешением моего ходатайства».

Полынь Гмелина — Artemisia gmelinii Web.

Огромная Россия представлялась европейцам XVIII века как terra incognita — страна неизвестная, где можно разбогатеть или осуществить самые смелые честолюбивые мечты. Пётр I заложил основы государственной науки. В речи поповоду своего избрания членом Парижской Академии наук он писал: «Мы ничего больше не желаем, как чтоб через прилежность, которую мы прилагать будем, науки в лучший цвет привесть». И в созданной им Академии условия для работы приглашаемых учёных были очень неплохие: контракт заключался на пять лет, жалованье составляло 600 рублей, жилье и дрова предоставлялись бесплатно за счёт Академии. Обязанности академиков были несложные: четыре часа в неделю читать публичные лекции, представлять свои рассуждения для членов Академии и дважды в неделю присутствовать на академических собраниях. Кроме того, выполнять поручения связанные с той отраслью науки, которая являлось предметом работы профессора. После пяти лет в случае продления контракта можно надеяться на прибавку жалования до 800 рублей. Во время экспедиции жалование удваивалось. Надо сказать, что первый русский адъюнкт физического класса — М.В. Ломоносов получал только 360 рублей.

В разорённой войнами Европе, профессора известнейшей Французской Академии вообще не получали государственной поддержки, а кормились платой университетов и учеников. Прусская Академия существовала путем продажи календарей и средств от благотворительных мероприятий. Не поэтому ли Бернулли–отец, провожая своих гениальных сыновей в варварскую Московию, давал в дорогу им следующее напутствие: «...лучше несколько потерпеть от сурового климата страны льдов, в которой приветствуют муз, чем умереть от голода в стране с умеренным климатом, в которой муз обижают и презирают».

Другой мотив — это жажда поиска сокровищ. Европейцы многое знали о Великой Татарии, Сибири, Китае. Уже тогда через Московию виделся кратчайший путь в Индию к богатствам Востока. Географический шпионаж процветал и в XVII, и в XVIII веках. В 1671 году сведения в Посольском приказе о дороге из Москвы в Пекин, через переводчика Андрея Виниуса, выкрал курляндец Яков Рейтенфельс. Их он перепродал папской Коллегии в Риме. Рейтенфельс нацеливался на сибирских соболей и другие богатства Сибири.