Ломоносов и Миллер в июле 1747 года подписали поручительство за Гмелина, и тот уехал в Германию (на год, как все полагали), взяв с собою материалы, собранные в экспедиции, чтобы продолжить работу над своим фундаментальным трудом «Флора Сибири, или История сибирских растений».
Поручители писали: «Мы, ниже подписавшиеся, сим ручаемся, что г. доктор Гмелин, по учинённому в Канцелярии Академии наук письменному обещанию, касающемуся до его возвращения и до учёных сочинений, во всём исполнять будет и обещаемся, если он против чаяния поступит или назад не возвратится после поданного ему срока, выданные ему деньги 215 рублей, да половинное жалованье, которое впредь будет произведено будет по контракту за морем, 500 рублей, всего 715 рублей, заплатить и данные ему дела и рисунки поставить паки в Академию без всякого отлагательства, и чтоб оные нигде в свете не были изданы в печати, которым его, Гмелина, рисунком за его рукою прилагается реестр».
Однако по истечении отпуска Гмелин в Россию не вернулся, а написал президенту К.Г. Разумовскому письмо, в котором сообщил, что остаётся в Германии и о том, что назначен на должность профессора ботаники Тюбингенского университета. С Ломоносова и Миллера начали удерживать половину их жалованья как с поручителей за Гмелина. К тому же Ломоносов задолжал Академии (так же, как и Миллер) сумму, которой поручился за Гмелина при его отъезде. Она составляла 315 рублей 83 копейки.
В этих обстоятельствах беспокойство Ломоносова вызвано было соображениями не столько материального (хотя это тоже надо иметь в виду), сколько морального порядка. Ломоносов, как уже говорилось, очень высоко ценил научную добросовестность Гмелина и уже по этой причине питал к нему чисто человеческую симпатию. Кроме того, нельзя забывать, что после отъезда академика Делиля Гмелин был, пожалуй, единственным крупным, по-настоящему авторитетным учёным в Академии. К тому же, нарушив новый контракт, Гмелин, хотел он того или нет, наносил моральный урон Академии, а тем самым — и России, как, впрочем, и себе самому. Ломоносов был ошеломлён как патриот, как учёный и просто как человек.
1 октября 1748 года он берётся за перо, чтобы высказать Гмелину всё, что он думает по поводу случившегося.
«Несмотря на то, что я на Вас должен быть сердит с самого начала, потому что Вы забыли мою немалую к Вам расположенность и не прислали за весь год ни одного письма ко мне, и это, наверное, потому, чтобы я в моём письме–ответе к Вам не смог бы напомнить Вам о Вашем возвращении в Россию, у меня всё же есть причина, которая меня не только заставляет, будучи на Вас в раздражении, писать Вам то, что обычно не пишут людям с чистой совестью. Я воистину не перестаю удивляться тому, как Вы без всякого стыда и совести нарушили Ваши обещания, контракт и клятву и забыли не только благорасположенность, которой Вы пользовались в России, но и, не заботясь о своих собственных интересах, чести и славе и ни в малейшей степени о себе, Вы пришли к мысли об отказе от возвращения в Россию. <...>
Все Ваши отговорки ничего не значат. В Германии человека не держат силой, если это не злодей. Ваши новые обязательства не имеют никакой силы, потому что они имели место после подписанного здесь договора, а Вы России обязаны в сто раз больше, чем Вашему отечеству. Что же касается болезней, то эти Ваши старые сибирские отговорки давненько всем известны... Ещё есть время, всё можно ещё смягчить, и Вы по прибытии будете работать по Вашему договору. Вам предлагается сейчас два пути: один — что Вы без промедления передумаете и вернётесь в Россию честно и, таким образом, избежите своего вечного позора, будете жить в достатке, приобретёте своими работами известность во всём мире и по истечении Вашего договора с честью и деньгами сможете по Вашему желанию вернуться в Ваше отечество.
В противном случае все те, кому ненавистны неблагодарность и неверность, покроют Вас ненавистью и вечными проклятьями. Вас всегда будет мучить совесть, Вы потеряете всю Вашу славу, которую Вы приобрели здесь у нас, и будете жить в конце концов в вечном страхе и бедности, которые будут окружать Вас со всех сторон. Из этих двух возможностей каждый выбрал бы первую, если он не потерял свой разум. Однако же, если Вы серьёзно решили не иметь ни стыда, ни совести и забыть благодеяния со стороны России, Ваше обещание, контракт, клятву и самого себя, то постарайтесь прислать причитающиеся мне 357 рублей и все работы и зарисовки передать профессору Крафту, как только Академия прикажет ему получить их. Это, однако, должно произойти без всякого отлагательства, так как из-за Вас я вынужден жить в крайней нужде...
Ваш! очень обиженный друг и слуга Михаило Ломоносов».
Гмелин без промедления пишет ответ Ломоносову и возвращает деньги. Несмотря на резкий характер ломоносовского письма, Гмелин не изменил своего дружеского отношения к великому русскому учёному, ибо понимал, что того беспокоили не только деньги, в коих Ломоносов всегда и сильно нуждался, но и престиж Академии, членом которой Гмелин состоял.
Почему Гмелин так стремился из России? Косвенные причины связаны с действительностью российской жизни. В глубинке каждый начальник — «и цари и бог». Он мог давать деньги для экспедиции, а мог и не давать, несмотря на царский указ. 19 сентября 1737 года Гмелин писал Корфу: «Все общие проволочки сибирских канцелярий для нас тяжёлое обстоятельство в этом путешествии. Указы бывают только тогда грозны, когда из этого может быть извлечена выгода для начальника». Академик де ля Кройер пишет о своей поездке к устью Лены: «…что касается до меня, то я обязан делать всё, что может содействовать науке и служить к выгоде воеводы». Время текло медленно, а неустроенность быта и произвол воевод давили постоянно. Любая жалоба в Петербург и обратно путешествовала в лучшем случае полгода. Были и другие трудности. Татищев прислал Гмелину одного ссыльного, умеющего делать плавильные горшки, в которых нуждался Гмелин для плавки руд. Но ему не было отпущено никакого содержания, и платить приходилось Гмелину из своего кармана. Гмелин пишет в письме барону Корфу: «...мы в страхе от всех ссыльных не ради их злоумышленности, а потому что у них укоренился обычай кричать при всяком случае «слово и дело». Если подобное случилось с кем-либо из наших спутников, то мы принуждены были его лишиться на некоторое время, отчего нашим делам могла быть великая помеха».
Суть этого заключалась в том, что и кричащего «слово и дело», и против кого воздвигнуто обвинение, должны быть отправлены в Москву для разбирательства, а на это уходило не менее года. Такой прецедент уже был — зимой в Якутске, когда перепившийся помощник живописца Беркана прокричал «слово и дело» против другого живописца. Это лишило экспедицию художников на два года. Да и не понимали, забитые нуждой, русские переселенцы проблем немецкого высокомерного ботаника. Эта неприязнь к русскому народу у Гмелина осталась навсегда. В дальнейшем в предисловии к первому тому «Флоры Сибири» он добросовестно описал неприглядные стороны российской жизни. Вот уже 250 лет и российские, и советские, и новые российские власти не решаются перевести правдивые, горькие слова Гмелина о России: о пьянстве, разврате, мздоимстве и беззаконии.
Другой же причиной стремления покинуть Россию были академические дрязги. Гмелин, вернувшись из сибирского путешествия в Санкт–Петербург 16 февраля 1743 года, активно стал обрабатывать коллекции и в 1745 году подал прошение об отставке. После этого обострились его отношения с Шумахером, который всячески мешал работе. Вследствие этого конфликта 28 января 1747 года Гмелин был уволен, однако восстановлен в июле того же года.
