Впрочем, Шумахер предпочитал выступать (и так часто выступал) не жертвой, а орудием, даже творцом злого рока. Сам не занимаясь наукой, он, однако, прекрасно знал психологию ученых и делал верную ставку на их непрактичность. Профессора почти полностью оказались в цепких руках его, ибо, по точной позднейшей характеристике Ломоносова, «приобыкли быть всегда при науках и, не навыкнув разносить по знатным домам поклонов, не могли сыскать себе защищения». Искушенные в латыни, но не искушенные в интригах, ученые мужи окрестили Шумахера flagellum professorum (бич профессоров) и дальше прошений об отставке либо случайных жалоб на него не шли.
Съехавшиеся в Петербург из разных стран Европы ученые представляли различные научные школы. Кроме того, в большинстве они были ярко индивидуальны в своем научном творчестве. Острая научная полемика, развернувшаяся в стенах Петербургской Академии уже с первых дней ее существования, была неизбежна. Шумахер эту борьбу идей умело превращал в борьбу самолюбий, которая уже сама собою зачастую оборачивалась личной враждой, а то и вульгарной склокой. Этот уровень полемики был близок Шумахеру. Здесь он чувствовал себя в своей стихии и был всемогущ. Понимая, что де-юре Академическая канцелярия — это всего лишь административно-хозяйственный орган, Шумахер максимально использовал любую, как мы теперь говорим, «конфликтную ситуацию» для того, чтобы утвердить свое тотальное влияние в Академии де-факто. При этом он, как точно указывал впоследствии Ломоносов, «в таковых распрях стоял за молодших, затем чтоб ими старших унизить, а молодших поднять». Он и его люди намеренно становились «таковых ссор причиною, чтобы ловить в мутной воде».
Глубокая аморальность «таковых распрей» и «таковых ссор» заключалась в том, что их участники видели в Шумахере (который чаще всего и провоцировал столкновения) третейского судью и обращались к нему за непредвзятым и строгим разбором. Он же придавал спорам (в основе которых изначально лежали научные разногласия) откровенно скандальное направление.
Так, например, острая полемика по теоретическим вопросам механики, которую вели с Д. Бернулли Бюльфингер и Герман, уже в самом начале (зимой 1725/26 года) сопровождалась резкими вспышками, озарявшими не только глубину затронутых научных проблем, но и непримиримость темпераментов. Впрочем, выпады друг против друга на этом этапе полемики были связаны с существом затронутых вопросов, а не с личной неприязнью оппонентов. Но вскоре именно вненаучные мотивы возобладали. Бюльфингер и Герман, видя, что Шумахер поддерживает Д. Бернулли, перенесли свою нелюбовь к советнику Академической канцелярии и на его подопечного. Пятидесятилетний Герман, человек уравновешенный, пользовавшийся всеобщим авторитетом (professor primarius — называли его с уважением), к тому же земляк Д. Бернулли и дальний родственник Эйлера, который, как мы помним, был близким другом автора «Гидродинамики», — даже он в ходе полемики на заседаниях Конференции Академии наук спорил с Д. Бернулли так ожесточенно, что президенту Блюментросту приходилось вмешиваться и успокаивать «первого профессора». Что же касается Бюльфингера, которому едва исполнилось тридцать пять, то о нем Шумахер в связи с развернувшейся полемикой писал в августе 1729 года Блюментросту: «...приказывайте, милостивый государь, что вам угодно, я буду повиноваться, но, ради Господа и во имя спокойствия общества, не предоставляйте нас ярости г. Бюльфингера».
Шумахер и здесь внешне занял безупречную позицию. Бернулли, которого он поддерживал, оказался правым по научному существу полемики. Бюльфингер (несмотря на то, что был физиком с европейским именем, основателем физического кабинета Петербургской Академии наук) получил в Петербурге профессуру по кафедре логики, метафизики и морали: формально его мнением по поводу диссертаций Бернулли можно было пренебречь. При таком подходе на авансцену выступало то, что Шумахер в письме к Блюментросту назвал «яростью г. Бюльфингера». Причем Бюльфингер уже не считал нужным сдерживать свою ярость. Много было сказано им резкого, просто несправедливого в адрес Д. Бернулли, что, конечно же, невыгодно характеризует в наших глазах тюбингенского физика и философа. Была создана специальная комиссия по разбору конфликта между Бюльфингером и Бернулли. Президент из Москвы пишет Шумахеру письма с указаниями изыскать средства к примирению враждующих. Бернулли к нему же обращается за защитой и сочувствием: «Боже мой, к каким крайностям вынуждают меня. Обвиняют меня прямо в ложных выводах, и это обвинение делает г. Бюльфингер. Еще более: он меня выдает за преступника, сообщая сведения de vita et morîbus meis2. Я могу только оплакивать мое несчастье... Конечно, наши усилия совершенно различны: г. Бюльфингер старается лишь уничтожить меня, а я хочу только доказать мою невиновность, не желая ему ни малейшего зла... Он хочет уничтожить мою известность, а между тем не в состоянии доказать ни одного ложного вывода, и мне легко обличить и опровергнуть его вздорное злоречие...»
Распря между Бернулли, с одной стороны, и Бюльфингером и Германом, с другой, завершилась уходом последних из Академии. Но вот что интересно: как только Бюльфингер в 1731 году вернулся в Тюбинген, он написал Бернулли дружеское письмо и получил от него доброжелательный ответ. Кроме того, Бюльфингер произнес перед тюбингенцами публичную речь «О достопримечательностях города Петербурга», в которой с уважением и благодарностью говорил об Академии и в особенности хвалил академических инструментальщиков: «Искуснейшие вещи делаются в Петербурге... трудно отыскать искусство, в котором я не мог бы назвать двух или трех отличнейших мастеров».
Впрочем, эти «отличнейшие мастера» чеканки, гравирования, шлифовки стекол (в основном русские люди) все более трудились над выполнением частных заказов, нежели над изготовлением инструментов и приборов, необходимых для научных исследований. Шумахер рассматривал эти заказы как необходимую часть работы академических мастерских. Придет время, и бывший токарь Петра I Андрей Константинович Нартов (1694–1756), который с 1736 года станет заведовать мастерскими, предъявит бывшему библиотекарю императора целый ряд тяжелых обвинений как в этом пункте, так и в связи с другими злоупотреблениями. Пока же все для Шумахера складывалось удачно.
Если для превращения академических мастерских в частные ему достаточным основанием служили имена и титулы придворных заказчиков, то в подчинении ученых своей власти он довольно понаторел, создавая острые положения, из которых сами ученые не могли выпутаться. Докладывая президенту о подробностях той или иной ссоры, Шумахер тонко спекулировал на расхожих представлениях о преувеличенном самолюбии и невыдержанности ученых (вы-де знаете этих профессоров: ничего, кроме своей науки, знать не хотят, вести себя в обществе не умеют, а уж когда дело касается их «открытий», они-де становятся страшны, дики, как варвары, просто опасны для нормальных людей и т. п.).
В докладах подобного рода Шумахер брал под защиту не только «молодших», как это было в случае с Бернулли и Бюльфингером, но и тех, кто так или иначе был обласкан сильными мира сего. Например, 31 декабря 1733 года в Конференции Академии наук произошла драка между профессором астрономии Вейтбрехтом и профессором элоквенции и поэзии Готлобом-Фридрихом-Вильгельмом Юнкером (1702–1746). Спровоцировал это столкновение Шумахер, который, услышав однажды, как Вейтбрехт насмехался над невежеством Юнкера (тот плохо читал по-латыни), нашептал поэту о насмешках Вейтбрехта, нашептал с пристрастием и преувеличениями, так, что «поднял его на досаду» (как писал потом Ломоносов). В начавшейся драке Юнкер избил Вейтбрехта палкой и расколотил большое зеркало, находившееся в помещении Конференции. Однако все это сошло ему с рук, ибо он пользовался особым покровительством фельдмаршала Миниха (позднее он входил в состав свиты фельдмаршала как историограф во время русско-турецкой войны 1735–1739 годов) и по этой причине был любимцем Шумахера.