Однако в силу положения, которое занимал Петр Федорович, эти психиатрические курьезы его поведения угрожали не только здоровью и достоинству окружающих, но и благосостоянию и достоинству страны, отданной ему в наследство. Он был язычески предан своему идолу, «богу войны» прусскому королю Фридриху. Став членом императорской Конференции (еще при Елизавете), он находил возможность сообщать приближенным Фридриха важные подробности затевавшихся в Семилетней войне операций, а когда в Петербург приходили те или иные известия из действующей армии, хвастался по своему слабоумию: «Все это ложь: мои известия говорят совсем другое».

Впрочем, все это в полной мере обнаружилось не сразу. По восшествии на всероссийский престол Петр III выступил с манифестом весьма пристойным и обнадеживающим: «Мы, навыкнув ее императорского величества бесприкладному великодушию в правительстве, за главное правило поставляем: владея всероссийским престолом, во всем подражать как ее величества щедротам и милосердию, так во всем последовать стопам премудрого государя деда нашего императора Петра Великого, и тем восстановить благоденствие верноподданных нам сынов Российских». Здесь на первый взгляд — и уважение к памяти Петра и Елизаветы, и попечение о благе подданных, правду сказать, серьезно подорванном и войной, и откупами, и вообще внутренней политикой вельмож-промышленников.

Ломоносов откликается на воцарение нового монарха новой одой. Увещевая, он напоминает о Елизавете и Петре и через это пытается внушить ему мысль об ответственности перед ближайшими его предшественниками на престоле. Кроме того, он вживе показывает Петру Федоровичу, какой необычайной страной ему предстоит править:

География отечества вновь выполняет программно-педагогическую роль, воспитывая в новом императоре, помимо чувства ответственности, еще и чувство достоинства. Ибо сразу же вслед за этим Ломоносов переходит к вопросам внешней политики. Сначала он указывает на необходимость поддержания выгодных для России отношений с великими восточными государствами — Китаем, Индией, Японией. Затем переходит к западноевропейским делам. В 1762 году вопросом вопросов было заключение мира с Пруссией и подведение политических итогов Семилетней войны. По мысли Ломоносова, позиция России должна определяться тем очевидным фактом, что германские земли, обескровленные войною, уже не чают, вследствие русских побед, достойного для себя мира и ждут любого. С помощью простого и сильного сравнения (очевидно, навеянного воспоминаниями о своем поморском детстве) Ломоносов создает для Петра Федоровича, который, разумеется, не забыл своего природного имени — Карл-Петер-Ульрих, образ поверженной Германии, напряженно ожидающей от России определения своей судьбы:

В приведенных строках нет и тени национально-политического злорадства по адресу немцев, есть даже сочувствие к Германии, которая «конца своих не видит бед». Но несомненно и то, что здесь Ломоносов подводит Петра III к осознанию необходимости заключить с Пруссией достойный и выгодный мир.

Ода не достигла желаемого результата. Мало того, что Ломоносов совершенно недопустимо, с точки зрения Петра III (поклонника Фридриха II), высказался в ней о Пруссии, он еще вдобавок к этому трижды помянул добрым словом «достойную супругу» императора Екатерину Алексеевну. Они с самого начала не любили друг друга, а к началу 1762 года у Петра III были все основания опасаться ее.

Сразу после смерти Елизаветы Петр III направил к Фридриху курьера с письмом, в котором содержалась униженно-заискивающая просьба о «возобновлении, распространении и постоянном утверждении между обоими дворами к взаимной их пользе доброго согласия и дружбы». 10 мая 1762 года на торжественном обеде по случаю заключения мира с Пруссией Петр III то и дело провозглашал здравицу в честь Фридриха и даже позволил себе преклонить колени перед его портретом, чем привел в смущение как своих придворных, так и иностранных гостей.

Академические противники Ломоносова из немцев оживились: Петр III собирался реформировать Академию по своему усмотрению (о чем он без обиняков сообщил своему бывшему наставнику Я. Я. Штелину). Ломоносов на время приостанавливает борьбу против «недоброхотов российским ученым», обескураженный, пораженный в самое сердце «голстинским» презрением императора ко всему русскому. Возможно, в эту пору его не однажды посещала мысль о бесплодности подобных выступлений вообще. «Теперь трудно сказать, — писал по этому поводу в прошлом веке историк Академии П. П. Пекарский, — поступал ли так Ломоносов, имея в виду особенную склонность Петра III ко всем немцам, или же он хорошо видел, что в постоянную сумятицу, которою отличалось это кратковременное царствование, бесплодно было бы продолжать нападки, не имевшие успеха и в более спокойные времена».

Смиряя гнев и досаду, превозмогая болезнь (в феврале и марте 1762 года он был прикован к постели), Ломоносов продолжал свои научные труды. В те дни он работал над созданием однозеркального телескопа, речь о котором должен был произнести на торжественном собрании Академии в Петров день, 29 июня. В речи, написанной на латинском языке, обращает на себя внимание почти полное отсутствие славословий в адрес Петра III. В ней лишь соблюдена формула официального поклонения монарху, и только. В заключительной части речи, обращенной непосредственно к императору, Ломоносов больше говорит о Петре I, чем о Петре III, и даже с именинами поздравляет больше покойного деда, нежели царствующего внука: «Августейший дом Петра, по укрощении военной бури, как солнце среди движения планет и умиритель, да привлечет к себе, как к центру, все тела в системе целого мира, от него свет и теплоту заимствующие. Сии живейшие желания наши соединим с обетами всей империи российской в сей день, который уже почти целое столетие после рождения Петра Великого празднуется верноподданными при громогласных восклицаниях, рукоплесканиях и плясках. Сей день Петра, отца отечества и сына, возлюбленнейшего государя, радостный и счастливый, с удвоенным торжеством да возвращается навсегда более радостным, более счастливым и да принесет в позднейшее потомство общее ненарушимое веселие».