В один из дней нахождения подводной лодки на позиции произошел такой случай. Когда лодка всплыла в позиционное положение для зарядки аккумуляторной батареи, бушевал осенний шторм. Из-за сильной качки люди едва держались на ногах. Вдруг через горловину нижнего торпедного аппарата, открытую для подкачки воздуха в торпеду, в первый отсек хлынула забортная вода. При каждом ударе волн она врывалась с такой силой, что грозила затопить весь отсек. Находившийся на вахте старший краснофлотец Абрамов бросился к аппарату и перекрыл горловину. Поступление воды прекратилось.

Теперь требовалось устранить повреждение, без чего нельзя было погружаться. Для этого предстояло с риском для жизни проникнуть в носовую надстройку, куда поступала бушующая забортная вода. Первым полез в надстройку старшина 2-й статьи Малявкин. С трудом он открыл первый лаз. Открыть второй не удалось. Тогда в надстройку спустился мичман Фокин. Работать приходилось на ощупь, по горло в воде. Наконец открыв второй лаз, Фокин пробрался к волнорезному щиту, где все пространство было заполнено водой. Мичман увидел, что переднюю крышку торпедного аппарата отжимает надломанный и выгнутый волнорез. С помощью лома Малявкин и Фокин с большим трудом несколько выровняли излом волнореза. Передняя крышка подвинулась к положению закрытия. И хотя неисправность полностью устранена не была, лодка могла плавать в подводном положении.

До 17 октября «Щ-309» искала вражеские корабли и транспорты, но они в районе позиции не появлялись. Когда лодка возвратилась в Кронштадт, ее действия были признаны правильными. Однако экипаж корабля, жаждавший внести свой вклад в дело разгрома фашистских оккупантов, не получил удовлетворения от этого похода. С еще большей настойчивостью и старанием он начал готовиться к очередному боевому походу.

А на Ленинградском фронте обстановка по-прежнему оставалась тяжелой. Доставка боеприпасов и продуктов питания в блокированный город была крайне затруднена. Корабли и транспорты, на которых доставлялись грузы, систематически подвергались ударам авиации и артиллерии противника. Нормы снабжения ленинградцев неуклонно сокращались. Надвигалась зима, но подвозить топливо не было возможности.

Корабли и авиация Краснознаменного Балтийского флота во взаимодействии с войсками фронта наносили удары по немецко-фашистским войскам.

В 2 часа 9 минут 9 ноября 1941 года вместе с караваном кораблей, состоявшим из минного заградителя «Урал», госпитального судна «Жданов», лидера «Ленинград», эскадренного миноносца «Стойкий», трех быстроходных тральщиков и катера «МО», который направлялся за защитниками полуострова Ханко, вышли с Большого Кронштадтского рейда подводные лодки «Щ-309» и «Щ-311». Им предстояло вместе с караваном следовать до острова Гогланд, а затем самостоятельно — на позиции.

13 ноября старшина радистов Василий Дмитриевич Коновалов принял по радио текст письма защитников Москвы героическим защитникам Ханко: «Пройдут десятилетия, века пройдут, а человечество не забудет, как горсточка храбрецов, патриотов земли советской, ни на шаг не отступая перед многочисленным и вооруженным до зубов врагом, под непрерывным шквалом артиллерийского, минометного огня, презирая смерть во имя победы, являла пример невиданной отваги и героизма.

Великая честь и бессмертная слава вам, герои Ханко! Ваш подвиг не только восхищает советских людей, но вдохновляет на новые подвиги, учит, как надо оборонять страну от жестокого врага, зовет к беспощадной борьбе с фашистским бешеным зверьем».

Военный комиссар «Щ-309» старший политрук Сергей Федорович Заикин, назначенный на лодку 1 ноября, рассказал личному составу о подвигах защитников Ханко, разъяснил значение этого письма, а также поставленную перед экипажем лодки задачу — обеспечить безопасность эвакуации героического гарнизона Ханко.

Старший политрук Заикин быстро завоевал уважение и глубокую привязанность экипажа лодки. Большой опыт партийно-политической работы, накопленный за многие годы службы на флоте, помогал ему в любой обстановке находить правильный путь к решению поставленной задачи. Сергей Федорович неустанно по-отцовски заботился о людях, умел вовремя подбодрить, дать правильный совет, помочь, а когда требовалось, и взыскать с провинившегося. Он не жалел времени для разъяснения боевых задач и возникавших злободневных вопросов. Беседы и политинформации старшего политрука отличались обстоятельностью и доходчивостью. Матросы не упускали случая поговорить с ним по душам.

Вечером 23 ноября 1941 года «Щ-309» отправилась с позиции в базу, так и не обнаружив кораблей врага. Позднее выяснилось, что, сообщая по радио необходимую информацию, она раскрывала свое местонахождение, и это позволило противнику избежать встречи с лодкой.

26 ноября над морем стоял промозглый туман. «Щ-309», возвращавшейся из очередного боевого похода, было приказано стать на якорь на рейде бухты Сууркюля у острова Гогланд. Сама бухта, где находилось несколько кораблей, была уже покрыта льдом.

Когда «Щ-309» стала на якорь, к ней подошел на катере начальник политотдела Охраны водного района полковой комиссар Р. В. Радун и спросил у командира лодки, есть ли в составе экипажа водолазы, так как надо помочь канонерской лодке «Кама», принимавшей участие в эвакуации гарнизона Ханко, снять с гребного винта намотавшийся на него трос. На «Щ-309» имелись легководолазные костюмы, но работать в них в условиях низкой температуры запрещалось. Командир лодки вызвал добровольцев. Изъявили желание все. Выбор пал на старших матросов Ивана Князева и Николая Вехова, матросов Василия Малова и Алексея Бучарского.

Командир канонерской лодки ознакомил легководолазов с планом работ. Первым под воду опустился Малов. Работать в легководолазных костюмах при температуре 18 градусов ниже нуля было очень холодно, несмотря на надетые ватники и теплые носки. Через три минуты Малова вытащили из воды. Едва отдышавшись, он доложил о результатах осмотра. Затем под воду пошел Бучарский. Бучарского сменил Вехов, Вехова — Князев.

Более суток работали матросы. Каждый из них опускался в ледяную воду по тридцать раз. Напрягая силы, моряки освободили винт корабля от намотавшегося троса. «Кама» теперь могла выполнять боевые задачи. Усталые и счастливые, матросы возвратились на свою лодку. Только энергичные меры, принятые старшим лейтенантом медицинской службы Алексеем Павловичем Смирновым, предупредили серьезные заболевания.

А мороз все крепчал. Подводной лодке вместе с другими кораблями предстояло возвращаться в базу во льдах.

Чтобы не повредить прочный корпус и винт, «Щ-309» совершала переход в позиционном положении. Льдины ударялись о корпус, и порой казалось, что он не выдержит и в пробоины хлынет вода. Но этого, к счастью, не случилось. Плавание пришлось совершать среди минных полей, что требовало особого внимания экипажей.

На переходе на выручку пришел ледокол «Адмирал Макаров», который значительно облегчил движение во льдах.

Ледокол привел группу кораблей к устью Невы, уже скованной льдом. Оставшийся путь до места стоянки «Щ-309» прошла в битом льду самостоятельно. Ранним утром 12 декабря 1941 года она ошвартовалась у борта плавбазы «Полярная Звезда».

Как родных, встретили на плавбазе экипаж лодки. Его ожидали чистые и уютные кубрики, трогательно украшенные хвойными ветками, которые были дороже роскошных букетов. Все располагало к отдыху после трудного похода.

В результате отхода наших войск на сухопутных фронтах корабли, в том числе и подводные лодки, были вынуждены покинуть такие важные и оборудованные военно-морские базы, как Либава, Рига, Таллин и обосноваться в блокированном Ленинграде.

В городе не хватало продовольствия и топлива, был остановлен транспорт, не работал водопровод. Почти все судоремонтные заводы были эвакуированы вместе с рабочими и инженерно-техническим персоналом, поэтому очередной плановый ремонт и осмотр «Щ-309» предстояло произвести ее личному составу. Для технической консультации по ремонтным работам была привлечена небольшая группа рабочих и инженеров, но по состоянию здоровья эти люди уже не могли работать. Экипаж лодки окружил вниманием и заботой специалистов-судостроителей. Сами систематически недоедавшие, моряки делились с ними своим скудным пайком, стремясь сохранить ценнейшие кадры рабочих и инженеров.