Как генерал-прокурор Сената, Лопухин руководил Тайной экспедицией, которая по воле Павла I продолжала надзор за А.В. Суворовым и другими офицерами русской армии. В качестве секретного агента для этой цели в 1799 г. использовался статский советник Е. Фукс, ставший впоследствии личным секретарем прославленного полководца. Фукс немедленно приступает к своим обязанностям и вскоре сообщает в Тайную экспедицию, что «по содержанию данной мне инструкции употребил все возможные способы для разведывания об образе мыслей итальянского корпуса и о поведении офицеров». В мае 1799 г. шпион доносит, что «...по всем военным письменным делам употребляет меня его сиятельство граф Александр Васильевич Суворов», и старательно пересылает в Петербург копии писем полководца, а также информирует обо всех его встречах с генералами и офицерами. Под таким неусыпным шпионским надзором и пришлось Суворову совершать свой знаменитый Итальянский поход.
Новый взлет карьеры Лопухина начинается с восшествием на престол Александра I. В 1801 г. император возводит его в действительные камергеры и назначает членом Государственного совета. С 1803 по 1810 г. Лопухин занимает посты министра юстиции и генерал-прокурора, одновременно возглавляя комиссию по кодификации законодательства, на которую молодой император возлагал большие надежды. Там ему пришлось сотрудничать с М.М. Сперанским, внесшим большой вклад в работу комиссии в качестве товарища министра. Поскольку министр юстиции числился на хорошем счету у императора и к тому же имел опыт непосредственного руководства как петербургской полицией, так и упраздненной к тому времени Тайной экспедицией при Сенате, то неудивительно, что именно ему Александр I поручает возглавить Комитет для рассмотрения дел по преступлениям, клонящимся к нарушению общего спокойствия – Комитет общей безопасности, – учрежденный царским указом от 13 января 1807 г. Значение этого межведомственного органа государственной безопасности в преддверии надвигающейся смертельной схватки с Наполеоном было исключительно велико, и пост его главы император мог доверить только преданному ему человеку. В связи с образованием Министерства полиции Комитет общей безопасности с 1810 г. во многом теряет свое значение, и его руководитель получает новые назначения в рамках Государственного совета.
С 1810 по 1816 г. Лопухин является председателем Департамента гражданских и духовных дел, с 1812 г. возглавляет Департамент законов, в 1812–1816 гг. руководит Департаментом экономии Государственного совета. За свою деятельность на этих постах в 1814 г. он получает чин действительного тайного советника первого класса, что приравнивалось к воинскому чину генерал-фельдмаршала (как отмечают специалисты, за все время существования Российской империи этот высокий чин носило немногим более 10 человек). С 1816 г. и до конца жизни Лопухин является председателем Государственного совета и Комитета министров, сосредоточивая в своих руках почти все нити управления Российской империей. За полвека службы светлейший князь Лопухин был удостоен орденов Св. Владимира 3-й и 2-й степеней, Св. Андрея Первозванного, Св. Иоанна Иерусалимского, Св. Анны 1-й степени.
Последнее важное поручение, которое было возложено на него уже новым императором Николаем I в 1826 г., заключалось в том, что Лопухину было доверено председательствование в Верховном уголовном суде по делу о восстании декабристов. Следует отметить, что в числе последних оказался и его единственный сын Павел Он участвовал в Отечественной войне 1812 г., в 1818 г. стал одним из основателей «Союза благоденствия». Когда этот «Союз» распался, вступил в тайное Северное общество и принял участие в попытке свержения самодержавия. Император Николай I лично допросил Павла Лопухина. Когда тот откровенно рассказал монарху о своем участии в тайных обществах, император в знак признания заслуг его отца «высочайше освободил» молодого Лопухина от всякой ответственности. Историк и писатель того времени Модест Корф, характеризуя личность бывшего генерал-прокурора Сената, отмечал его всегдашнюю приспособляемость к духу эпохи: «При Екатерине требовали, чтобы каждый исправно делал свое дело, и он был прекрасным губернатором; при Павле потребовали от него иных услуг, и он – пожертвовал и женою своею, и дочерью (если дочь была фавориткой самого императора, то жена – любовницей князя Г. Гагарина. — Прим. авт.); наконец, при Александре потребовали, чтобы он ничего не делал, и он в точности исполнял и эту высочайшую волю».
МАКАРОВ Александр Семенович (1750–1809 или 1810). Тайный советник, фактический руководитель Тайной экспедиции при Правительствующем сенате в 1794–1801 гг.
При череде генерал-прокуроров Сената, один сменявших другого, фактическим руководителем Тайной экспедиции в царствование Павла I стал А.С. Макаров. О нем известно немного. Точных данных о начальном этапе его карьеры на государственной службе нет. Есть лишь сведения, что в 1786 г. он производится в надворные советники и состоит секретарем при рижском генерал-губернаторе Ю.Ю. Броуне. После этого переводится в Северную столицу и продолжает службу под началом Шешковского, который и заметил способного чиновника, произведенного в коллежские советники в октябре 1791 г. После смерти своего печально знаменитого предшественника Макаров с апреля 1794 г. возглавляет Тайную экспедицию при Сенате и приводит в порядок дела этого грозного ведомства. Первым делом надо было разобраться с документацией, а затем на повестку дня стал ремонт мест заключения, поскольку уже через два дня после вступления на престол Павел I распорядился «для содержания под стражею по делам, до тайной экспедиции относящимся, изготовить дом с удобностью для содержания в крепости». Новый император имел в виду Алексеевский равелин Петропавловской крепости. Вслед за этим Макаров посещает другие тюрьмы, подчиненные его ведомству, составляет подробный доклад о содержащихся в Кексгольмской крепости членах семьи Пугачева.
Следует отметить, что в отличие от своего предшественника Макаров обладал редкой способностью располагать к себе не только свое непосредственное начальство, но даже государственных преступников, дела которых по долгу службы расследовал. Побывавший узником Петропавловской крепости будущий генерал А.П. Ермолов назвал фактического главу Тайной экспедиции человеком «честнейшим и порядочным». Подобного мнения придерживался и прошедший через это страшное ведомство В. Пассек: «Я нашел в Петербурге Александра Семеновича Макарова и Егора Борисовича Фукса, облегчавших сколько было в силах их... в содрогание приводящую Тайную экспедицию». С другой стороны, «честнейшим порядочным» чиновником, судя по всему, было весьма довольно и начальство: в 1798 г. Макаров производится в действительные статские советники, в 1800 г. назначается сенатором с повышением в чине до тайного советника.
В отличие от его непосредственного последнего начальника Обольянинова, карьера Макарова не оборвалась с убийством Павла I и восшествием на престол нового монарха. Упразднив Тайную экспедицию, Александр I назначает ее фактического руководителя в состав Комиссии по пересмотру прежних уголовных дел, оставшихся ему от предшествующего царствования. Амнистия проводилась достаточно широкая, и из 700 проходивших по делам Тайной экспедиции лиц было освобождено 482 человека. Исследователи отмечают убежденные монархические воззрения А.С. Макарова, особо наглядно проявившиеся в «Деле о восстановлении утерянной Сенатом власти», возбужденном летом 1801 г. по докладу графа П.В. Завадовского. Вместе с сенаторами П.И. Пущиным, Толстым, С.И. Салагоновым и И.С. Захаровым А.С. Макаров составляет отзыв на этот проект, в котором категорически отвергалась сама мысль о какой-либо самостоятельности Сената и утверждалось, что данное высшее государственное учреждение обязано действовать «на основании законов и во исполнение особенных императорского величества повелений». Когда для противодействия масонам и французскому шпионажу 13 января 1807 г. был образован Комитет общей безопасности, то в его состав входит и сенатор Макаров. Это назначение следует расценивать не только как признание его профессионализма в сфере политического сыска, но и как знак высокого императорского доверия. Бывший фактический глава Тайной экспедиции с энтузиазмом берется за привычное дело и, начиная с первого заседания нового органа государственной безопасности, состоявшегося 15 января 1807 г., не пропускает ни одного из них вплоть до февраля 1809 г., когда посещать заседания он не смог по состоянию здоровья.