Кокойты испытывал целую серию проблем. Осетинская армия не располагала достаточным числом подготовленных офицеров и технических специалистов. Наглядной иллюстрацией сказанного станет эпизод с захваченными в августе грузинскими танками, которые осетины не смогут завести. Кроме того, военное руководство республики не обладало опытом ведения крупномасштабных боевых действий и централизованного руководства в условиях войны. Боевая техника была распределена по ополченческим отрядам или просто стояла на базе, без экипажей и должной профилактики. Сказывались и излишние надежды на российские гарантии, которые Саакашвили были не указ.

На Северном Кавказе дислоцировалась 58-я армия в составе 19-й мотострелковой и 42-й гвардейской мотострелковой дивизий. В последнюю входили знаменитые чеченские батальоны братьев Ямадаевых «Восток» и «Запад».

Личный состав армии оценивался в 70 тыс. человек, а на ее вооружении находилось 609 танков, около 2000 БМП и БТР, 125 минометов и орудий, 190 установок «Град» и 450 зенитных систем. Разумеется, в предстоящих боевых действиях в Грузии принимала участие не вся 58-я армия. Непосредственно в Северной Осетии располагались части 19-й мотострелковой дивизии, укомплектованной срочниками.

Воздушное прикрытие осуществлялось силами ВВС, базирующимися на юге России, в том числе на крупной военной базе в Ахтубинске, Астраханская область, а именно – 4-я воздушная армия. В состав 4-й ВА входили два полка штурмовиков Су-25, полк бомбардировщиков Су-24, эскадрилья истребителей Су-27, три эскадрильи вертолетов. Эта группировка могла быть быстро усилена за счет переброски на юг оперативных подразделений.

В самой Южной Осетии находился небольшой батальон российских миротворцев численностью 500 человек, оснащенный легким стрелковым оружием и несколькими БМП.

Ситуация в Южной Осетии накалялась.

Весной 2006 года государственный министр Грузии по вопросам урегулирования конфликтов Георгий Хаиндрава заявил, что Грузия не намерена подписывать с Южной Осетией документ о неприменении силы.

С целью захвата заложников в ночь на 21 мая на осетинское село Хелчуа Цхинвальского района Республики Южная Осетия напала грузинская вооруженная группа. Нападавшие были в камуфляжной одежде и масках. В результате произошедшей перестрелки двое нападавших грузин – Элиаури и Сабанашвили – были убиты, с осетинской стороны комбинированные огнестрельные ранения грудной клетки и поясницы, а также ножевые ранения спины получил 28-летний Ацамаз Хугаев.

Следующий ход был за югоосетинцами, которые в конце лета подбили вертолет с министром обороны Грузии Окруашвили, вздумавшим летать над Цхинвалом. Окруашвили не пострадал.

31 октября около 6 часов утра в Джавском районе республики неподалеку от села Квайса пограничный дозор КГБ республики заметил группу вооруженных людей, которые отказались подчиниться требованиям остановиться и открыли огонь по югоосетинским пограничникам. В результате завязавшегося боя вся группа была уничтожена. На изъятой у диверсантов подробной карте Джавского района были отмечены все наиболее важные объекты и особенно мост на Транскавказской магистрали. Для любого из объектов предназначались два взрывных устройства, изготовленных из тротиловых шашек и элементов противотанковых мин. В спецслужбах РЮО уверены, что на маршрут группа вышла ночью из грузинского городка Они, который находится в 30 километрах от места боестолкновения и где была расквартирована бригада Минобороны Грузии.

После этого югоосетинцы в очередной раз провели референдум о будущем республики. В голосовании принял участие 91 % избирателей. Одновременно на второй срок был избран президентом Эдуард Кокойты, ранее работавший преподавателем физкультуры и трудившийся в торговом постпредстве Южной Осетии в России. Ему отдали предпочтение 95 % избирателей.

15 января 2007 года была подорвана БМП с российскими миротворцами. Были раненые. Почти одновременно в селе Авневи грузинская полиция вступила в перестрелку с осетинами. Село было под юрисдикцией Кокойты, но грузины попытались взять его под контроль.

19 мая власти Южной Осетии сообщили об обстреле Цхинвала со стороны грузинских сел Эргнети и Никози, также произошедшем в субботу. В результате обстрела были ранены два человека и серьезно пострадали семь домов. В ответ осетины подвергли обстрелу блокпост МВД Грузии, расположенный возле села Эргнети. Несколько снарядов упали в селе Никози. Данных о пострадавших в результате обстрела из Грузии не поступало.

В конце июня произошла очередная перестрелка. Первыми с заявлением об агрессии выступили осетинские власти. Два дня подряд Цхинвал, а также несколько осетинских сел были обстреляны из минометов и гранатометов со стороны грузинских населенных пунктов. В результате был разрушен жилой дом и тяжело ранен 19-летний сотрудник милиции, который от ранений скончался. Грузины попытались выдвинуть колонну тяжелой военной техники, но российские миротворцы ее остановили и повернули назад.

Летом 2007 года в самую жару вышли из строя трубы водопроводов, питающих со стороны грузинских сел Цхинвал. Тбилиси отказался их ремонтировать даже при финансировании югоосетинцами и заявил, что, мол, всякое бывает. Тогда Кокойты перекрыл вентили других водопроводов, идущих уже из Южной Осетии в грузинские села.

26 сентября 2007 года Цхинвал вновь подвергся массовому обстрелу со стороны позиций грузинских вооруженных формирований. Минометные и гранатометные снаряды взрывались практически во всех районах города в течение более двух часов. Эдуард Кокойты отдал приказ о переброске к окраине Цхинвала тяжелой техники, с тем чтобы она подавила огонь, ведущийся по городу. В связи с обострением ситуации в зоне грузино-осетинского конфликта глава Абхазии Сергей Багапш после телефонного разговора с югоосетинским лидером Э. Кокойты принял решение направить в Южную Осетию дополнительные военные силы, включая боевую технику. Тем временем грузинские СМИ заявили, что со стороны Южной Осетии огонь был открыт по грузинским селам Эредви, Эргнети и Никози.

25 марта 2008 года в 17.00 по московскому времени в Югоосетинскую часть Смешанной контрольной комиссии (СКК) поступила информация, что около 30 человек осетинской национальности, граждан Южной Осетии, в основном женщины и дети, без объяснения причин взяты в заложники грузинской полицией на посту МВД Грузии в селе Эргнети. Заложники силой удерживаются около поста, сообщила пресс-служба Югоосетинской части СКК. Полицейские заявили, что получили от своего начальства приказ не пропускать осетин в Цхинвал. К вечеру число задержанных достигло 60 человек. Они были отпущены после вмешательства российских миротворцев.

11 июня поздно вечером неизвестные обстреляли из гранатометов посты миротворческих и правоохранительных сил Южной Осетии. Примерно в 22.50 был произведен обстрел со стороны села Тамарошени жилых домов и постов миротворческих и правоохранительных сил северной части Цхинвала. Огонь велся из гранатометов и стрелкового оружия.

17 июня 2008 года вооруженные подразделения Грузии приступили к строительству крупного фортификационного сооружения в районе села Эргнети с целью использовать его в долгосрочной перспективе в качестве плацдарма для обстрелов прилегающих жилых кварталов Цхинвала.

3 июля Цхинвал вновь подвергся артобстрелу, который длился час. Снаряды попали в девять жилых домов в столице Южной Осетии. В результате обстрела Цхинвала со стороны грузинского селения Никози был ранен оператор телевидения Южной Осетии 26-летний Азамат Кудзиев. Также был ранен сотрудник правоохранительных органов Мамитов. В результате теракта во дворе собственного дома погиб начальник милиции отдаленного осетинского населенного пункта Дменис Нодар Бибилов.

Утром 9 июля 2008 года в Цхинвале был убит секретарь Совета безопасности Южной Осетии Олег Алборов. Взрывное устройство в гараже секретаря сработало, как только он открыл ворота.