Бехтерев воспринял Октябрь как естественное продолжение предшествующих событий. Сразу после Октябрьской революции он активно включился в работу по созданию здравоохранения в молодой Советской Республике и развитию в ней медицинской науки. Уже к началу 1918 года Бехтерев участвовал в деятельности научно-медицинского отдела Комиссариата народного просвещения, возглавляемого А. В. Луначарским.
Советскую власть поддержало и большинство сотрудников Психоневрологического института. Многие бывшие студенты и студентки этого института защищали ее с оружием в руках на многочисленных фронтах разгоревшейся вскоре гражданской войны. Среди них были дочь одного из профессоров института, будущий комиссар Балтфлота Лариса Рейснер, красный военачальник Иона Якир и многие другие впоследствии прославившиеся борцы за Советскую власть.
Однако значительная часть интеллигенции, и в частности врачей, после Октябрьской революции оказалась в стане ее противников. Руководство Всероссийского общества врачей имени Пирогова призывало объявить бойкот большевикам, обвиняя их в насильственном захвате власти. Медико-санитарный отдел ВЦИК Совета рабочих и солдатских депутатов первого созыва, состоявший из меньшевиков и эсеров, на следующий день после взятия революционным народом Зимнего дворца объявил саботаж под лозунгом: «С насильниками ничего общего!» Были случаи, когда в медицинских учреждениях Петрограда раненым красногвардейцам отказывалось в медицинской помощи.
Уже 26 октября при Военно-революционном комитете был создан медико-санитарный отдел, возглавляемый врачом-коммунистом М. И. Барсуковым. Вскоре сотрудники этого отдела встретились с В. И. Лениным, который предложил им собрать революционно настроенных врачей, расколоть Пироговское общество и привлечь к строительству советского здравоохранения его революционное меньшинство, создав таким образом при Советах большевистские медико-санитарные отделы с широким участием рабочих и крестьян.
Из крупных ученых-медиков, как вспоминал впоследствии Барсуков, первыми предложили работать для блага революции и социалистического государства В. М. Бехтерев и специалист по инфекционным заболеваниям академик Д. К. Заболотный. Среди врачей, сразу же поддержавших Советскую власть, были А. Н. Винокуров, М. Г. Вечеслов, С. И. Мицкевич, М. Г. Головинский, А. Е. Артеменко, В. М. Бонч-Бруевич (Величкина) в Петрограде, а в Москве — вышедшие из руководства Пироговского общества 3. П. Соловьев, И. В. Русаков, А. Н. Сытин, а также Н. А. Семашко, В. А. Обух, М. В. Владимирский, А. П. Голубков, 3. А. Галиновская, П. П. Тутышкина. Именно эти врачи составили в основном медицинские коллегии, созданные при народных комиссариатах просвещения, внутренних дел, государственного призрения и путей сообщения, на базе которых затем организовался Совет врачебных коллегий, провозглашенный 28 декабря 1917 года «высшим, медицинским органом, ведающим всеми врачебно-санитарны-ми делами России». В конце января 1918 года председатель Совета врачебных коллегий А. Н. Винокуров вошел в состав Совета Народных Комиссаров, его заместителем специальным декретом за подписью Ленина была назначена врач-большевик В. М. Бонч-Бруевич (Величкина), которую Бехтерев хорошо знал как врача-общественницу с 1908 года, когда она приняла активное участие в сборе средств для создававшихся тогда учреждений Психоневрологического института.
После выведения из состава Красного Креста антисоветски настроенных лиц было решено провести I Всероссийский съезд его работников, стоявших «на платформе Советской власти». Бехтерев стал одним из 140 делегатов этого съезда, который 18 февраля 1918 года принял политическую декларацию, приветствующую победу Октябрьской революции. Намеченную программу съезду, однако, выполнить не удалось, так как немцы нарушили заключенное ранее перемирие и большинству делегатов пришлось срочно отбыть на фронт.
Ленин в этот период прилагал титанические усилия, добиваясь мира. Бехтерев, внимательно следивший за политической обстановкой, понимал важность мира для молодой Советской Республики лучше некоторых руководящих деятелей того времени. В своих записях он осуждал поведение возглавлявшего на переговорах с немцами советскую делегацию Троцкого. Когда газеты сообщили, что Троцкий покинул Брест-Литовск, где проходили переговоры, Бехтерев сделал такую запись: «Троцкий уже не участвует в переговорах. Он примерно заболел, экой хвастунишка». Заключение Брестского мира, состоявшееся в начале марта, Бехтерев расценивал как единственно верное в сложившейся обстановке решение.
В марте 1918 года Советское правительство переехало из Петрограда в Москву. В апреле Совет врачебных коллегий создал специальную психиатрическую комиссию, преобразованную впоследствии в нервно-психиатрическую секцию Народного комиссариата здравоохранения. Бехтерев сотрудничал в ней до последних дней своей жизни.
В мае в Москве вышел первый номер «Известий народной медицины», в котором излагалась Декларация собрания московских работников медицинского труда. В ней осуждались врачи и фельдшера, оказавшиеся в стане «врагов пролетарской революции», которые с чрезмерной озлобленностью, забыв свой долг перед страждущим человеком, бросились на защиту отмирающей жизни, объявив при этом медицинскую забастовку. Порвав таким образом с революционным народом, они «объявили войну тем медицинским работникам, которые в момент решения судьбы дела социализма спаяли себя с передовым авангардом борцов за него». Собрание московских работников медицинского труда осудило, в частности, антисоветские резолюции Чрезвычайного съезда Общества врачей имени Пирогова, состоявшегося 1315 марта 1918 года.
Революция развела людей по разные стороны баррикад. Враждовали не только бедные и богатые, эксплуатируемые и эксплуататоры. Во враждующих лагерях оказывались подчас отец и сын, родные братья… Во враждебных станах, разделенные непримиримыми разногласиями в оценке событий, оказались и русские врачи, еще не так давно объединявшиеся Пироговским обществом для достижения единых целей, направленных на служение народу. Врач — интеллигент, а «интеллигент, — как отмечал Ленин, — не находится ни в каком экономическом антагонизме к пролетариату. Но его жизненное положение, его условия труда — не пролетарские, и отсюда вытекает отдельный антагонизм в настроении и мышлении» (т. 8, с. 310).
Бехтерев после Октября без колебаний встал на сторону революционного народа. Лечебные учреждения Психоневрологического института сразу же были переданы Советской власти и активно занимались лечением раненых и больных защитников революции. В мае 1918 года Бехтерев предложил Петроградскому Совету передать в ведение Психоневрологического института военный госпиталь, разместившийся на территории института за Невской заставой. Предложение Бехтерева поддержали Военно-санитарное управление и Совет врачебных коллегий. В результате медицинский факультет Психоневрологического института получил дополнительно большую лечебную базу, на которой его сотрудники и студенты, прилагая все силы, занимались восстановлением здоровья бойцов и командиров Красной Армии.
С 27 февраля 1919 года при этом госпитальном учреждении Психоневрологического института по предложению Бехтерева были организованы курсы лекарских помощников (лекпомов) для Красной Армии. Они сыграли значительную роль в обеспечении кадрами медицинских работников Красной Армии. В годы гражданской войны курсы подготовили 506 лекпомов (ротных фельдшеров).
Несмотря на то, что в стране не хватало врачей, фельдшеров и других медицинских работников, и к тому же часть их избегала сотрудничества с новой властью, здравоохранение в Советской России строилось и постепенно крепло. В июле 1918 года в Москве состоялся I съезд здравотделов с широким рабочим представительством, в резолюции которого высказывалось пожелание о преобразовании Совета врачебных коллегий в полномочный Народный комиссариат здравоохранения. 18 июля 1918 года Председателем Совнаркома Лениным было утверждено положение о Наркомздраве. Первым народным комиссаром здравоохранения стал Н. А. Семашко. Ученый совет при Наркомздраве возглавил невропатолог, профессор Московского университета Л. А. Тарасевич. Бехтерев входил в состав этого совета как представитель от Психоневрологического института.
