Во время происходившего в Москве I съезда «Русского Союза отечественных психиатров и невропатологов» в Киеве от ран умирал глава российского правительства и министр внутренних дел П. А. Столыпин. Туда он приехал, сопровождая императорскую семью, направлявшуюся на открытие памятника Александру II. 1 сентября в Киевском оперном театре для именитых гостей давался концерт. Во время антракта к сидевшему в первом ряду Столыпину приблизился сотрудник охранки и в упор несколько раз выстрелил в него из браунинга. Все это происходило на глазах многочисленной публики и находившегося в ложе царя.

Через четыре дня Столыпин умер, и на пост председателя совета министров Николай II назначил бывшего министра финансов В. И. Коковцева. В его продвижении большую роль сыграл пользовавшийся к тому времени бесконечным доверием царя авантюрист Григорий Распутин. Другой ставленник Распутина, А. А. Макаров, вскоре стал министром внутренних дел. Он сразу же взял курс на дальнейшее ужесточение порядков в государстве. Донос московского градоначальника об антиправительственных высказываниях Бехтерева на съезде, составленный со слов пристава Строева, сразу же попал в руки вновь назначенного министра, стремившегося своим усердием оправдать оказанную ему царскую милость. За Бехтеревым был учрежден негласный полицейский надзор. Информация о крамольном содержании его московской речи попала к военному министру и к министру народного просвещения. Им намекнули, что «должные выводы» они должны сделать сами. Но даже министрам трудно было предпринять что-либо против известного всей России ученого и мыслителя.

Жизнь, однако, текла своим чередом. Бехтерев по-прежнему руководил кафедрами в Военно-медицинской академии и в Женском медицинском институте, занимался разнообразной общественной деятельностью, но особенно много внимания уделял дальнейшему расширению Психоневрологического института.

Летом 1911 года на осушенных землях за Невской заставой завершилось строительство основного четырехэтажного здания Психоневрологического института. С осени там читались лекции, проводилась значительная часть практических занятий. В этом здании насчитывалось шесть лекционных аудиторий. Там же находились и лаборатории: химическая, физическая и гистологическая. Нашлось здесь место и для канцелярии института.

В том же году при Психоневрологическом институте во временном помещении на Петроградской стороне открылось нейрохирургическое отделение, возглавляемое Л. М. Пуссепом, а затем и физиотерапевтическая поликлиника, которой руководил другой ученик Бехтерева — К. С. Агаджанянц. Тогда же начала функционировать и амбулатория для больных алкоголизмом. С сентября и до конца года ее посетило 819 человек.

6 мая 1912 года при Психоневрологическом институте открылся еще один специализированный научный центр — Экспериментально-клинический институт по изучению алкоголизма. Ничего подобного не существовало прежде нигде в мире. В трехэтажном здании с оригинальным фасадом, выходившим на Казачью улицу (ныне улица Бехтерева), построенном по проекту архитекторов Р. Ф. Мельцера и А. И. Балинского, располагалась большая аудитория на 400 человек, палаты и комнаты дневного пребывания для больных, амбулатория, гимнастический, электролечебный и водолечебный кабинеты, столовая, мастерские и многочисленные вспомогательные помещения, в которых вскоре были развернуты физиологическая, психологическая, биологическая, гистологическая лаборатории, ботанический и зоологический кабинеты, а также фундаментальная научная библиотека Психоневрологического института, насчитывавшая к тому времени 11 тысяч томов. Еще в период строительства института его проект, сопровождавшийся подробной объяснительной запиской о целях и задачах учреждения, был представлен на международной выставке в Турине. Комитет выставки особое внимание уделил тогда самой идее создания лечебно-научного учреждения нового типа и присудил высшую премию ее автору — Бехтереву.

На открытии Экспериментально-клинического института по изучению алкоголизма, или, как его вскоре стали называть, Противоалкогольного института, Бехтерев выступил с большой речью «Вопросы алкоголизма и меры борьбы с его развитием», в которой излагал задачи нового института, сводившиеся к изучению влияния алкоголя на организм, опираясь при этом на строго научные методы и разработку действенных путей борьбы с алкоголизмом — этим страшным злом, разрушающим здоровье людей, ослабляющим производительные силы в государстве и нравственные устои народа.

Среди возможных мероприятий по борьбе с алкоголизмом Бехтерев упоминал в своей речи снижение крепости поступающих в продажу спиртных напитков, употребление их обязательно с пищей, широкое распространение и пропаганду напитков естественного брожения — пива, меда, кваса, натуральных вин и, разумеется, безалкогольных напитков. Особое внимание при этом он уделял изменениям социально-экономических условий жизни народа. «Проповеди идей трезвости, — настаивал докладчик, — связаны с созданием здоровых интересов в населении». В речи Бехтерева обращала на себя внимание широта проблем, изучением которых должен заниматься институт: от субъективных реакций на определенные дозы алкоголя до путей социальных преобразований.

14 сентября 1912 года открылась психиатрическая клиника Психоневрологического института. Ею руководили Гервер и Останков. В тот же день на территории института было заложено здание клиники нейрохирургии и хирургии имени Н. И. Пирогова. Неподалеку строились здания Педологического института в Эпилептическая клиника.

В конце сентября на I съезде по семейному воспитанию Бехтерев выступал с докладом «Об эволюции психики ребенка». Чтобы получить возможность изучать развитие психики не только у здоровых, но и у больных детей, при Психоневрологическом институте была организована и Воспитательная школа для детей с пониженной успеваемостью, нервных и слаборазвитых детей (Надеждинская улица, дом № 18). В школе учились дети в возрасте от 7 до 17 лет с различными формами патологии нервной системы. Часть из них размещалась в созданном при школе пансионате, большинство же учеников жило в семьях. Эта школа, возглавляемая А. Ф. Лазурским, стремилась обеспечить возможно большее развитие психики у больных детей, укрепить их физически, «приохотить» к работе и, если окажется возможным, вернуть их в нормальную школу. При воспитательной школе работали шестинедельные курсы для лиц, интересующихся обучением и воспитанием умственно отсталых детей. Эти курсы посещались учителями, воспитателями, родителями. Уже в 1912 году вышли в свет два первых номера созданного при Психоневрологическом институте научного журнала «Вопросы врачебно-педагогической патологии».

В 1912 году в Психоневрологический институт, учебная база которого значительно расширилась, приняли 1065 слушателей. Общее число обучающихся в институте достигло 2590 человек.

Проявляя колоссальную настойчивость и титаническую трудоспособность, Бехтерев достиг немалых успехов в осуществлении поставленных целей. При этом на его пути, помимо естественных трудностей, встречались и искусственно создаваемые препятствия. Так, в 1912 году он был вовлечен в скандальную историю в связи с созданием Экспериментально-клинического института по изучению алкоголизма, которая отняла у него немало энергии и сил.

При создании Экспериментально-клинического института по изучению алкоголизма Бехтерев добился решения о выделении министерством финансов 400 тысяч рублей, необходимых для его строительства и оснащения. Однако к тому времени, когда строительство института уже было завершено, министерство ассигновало на него лишь 250 тысяч. 80 тысяч рублей Совету Психоневрологического института пришлось затратить из своих фондов. Требовались дополнительные расходы на оснащение столь необходимых в научно-исследовательском учреждении лабораторий. В связи с этим Совет принял решение направить министерству финансов запрос на дополнительные ассигнования. К запросу прилагалась объяснительная записка «Об устройстве лабораторий для изучения влияния алкоголя на организм и для исследования алкоголизма в населении». Составление записки поручили сотрудникам Экспериментально-клинического института Горелову и Михайлову. Текст запроса и приложение к нему были одобрены на заседании Совета Психоневрологического института, проходившем под председательством профессора Гервера.