В апреле 1891 года Совет Казанского университета обратился в министерство народного просвещения с ходатайством о разрешении создания в Казани неврологического общества. К тому времени в России существовали общество психиатров в Петербурге и общества невропатологов и психиатров в Москве и Харькове. Просьба о создании неврологического общества в Казани министерство сначала отклонило «во избежание дробления ученых сил на отдельные кружки», порекомендовав при этом образовать особую секцию по неврологии при существующем уже обществе врачей. Но по настоятельному требованию Бехтерева осенью того же года ходатайство Совета было повторено, и уже после этого 5 мая 1892 года министерство дало наконец согласие на создание неврологического общества при Казанском университете.

Первое заседание неврологического общества состоялось 29 мая 1892 года. Ректор Казанского университета профессор К. В. Ворошилов сообщил собравшимся о разрешении министерства создать в Казани новое общество и об утверждении разработанного ранее учредителями общества его устава. Председателем общества единогласно избрали В. М. Бехтерева, товарищем председателя — К. А. Арнштейна, секретарем А. Е. Смирнова, членами совета общества К. В. Ворошилова, И. М. Догеля и М. Я. Капустина. Затем было оглашено сообщение о том, что одна из местных купчих, некая Глебова, сделала щедрое пожертвование на нужды общества — целых две тысячи рублей.

После рассмотрения организационных вопросов с докладом «О современном развитии неврологических знаний и значении в этом развитии научных обществ» выступил Бехтерев. Он говорил о том, что «учение о нервной системе, имея теснейшее отношение к выяснению внутренней природы человека, как существа, отличающегося высшим умственным развитием, тем самым уже привлекает умы всего образованного человечества». Далее докладчик кратко изложил историю учения о нервной системе, дал определение понятию «неврология». Отметив при том, что «условия развития неврологии в настоящее время таковы, что ее многочисленные отделы разрабатываются представителями различных специальностей… Но нельзя, — говорил Бехтерев, — исследовать часть без целого, без знакомства со всеми другими отделами неврологии, и чем полнее это знакомство, тем более будет спориться работа… Имеется целый ряд важнейших вопросов неврологии, которые для своей разработки требуют не только различных методов исследования, но и участия в разработке различных специалистов».

Бехтерев подчеркивал важность создания научных обществ, которые могут объединять тех, кто занимается изучением различных граней неврологической науки. Он объявил, что к работе в неврологическом обществе приглашаются все, кто занимается анатомией, гистологией, эмбриологией, физиологией нервной системы, экспериментальной и эмпирической психологией, невропатологией, психиатрией, судебной психиатрией и т. д. Общество представляло единственную в своем роде возможность комплексного обсуждения различных вопросов о мозге и его деятельности в условиях нормы и патологии.

В докладе Бехтерев не удержался от напоминания о том, что «предложение об учреждении нового общества начало было встречать противодействие со стороны отдельных лиц, которое нельзя было ни предвидеть, ни объяснить». Однако, сказал докладчик в заключение, «не будем в этот радостный для всех нас день вспоминать страничку, омрачившую историю первоначального возникновения нашего общества».

С 1893 года в Казани правлением неврологического общества стал регулярно издаваться его печатный орган — журнал «Неврологический вестник». Это был третий в России научный журнал, посвященный вопросам неврологии (ранее подобные журналы выходили в Петербурге и Харькове). «Неврологический вестник» регулярно выходил в свет до 1918 года, и бессменным его редактором все это время оставался Бехтерев.

Между тем весной 1893 года Бехтерев получил настоятельное приглашение начальника Военно-медицинской академии В. В. Пашутина занять в академии кафедру душевных и нервных болезней, освобождающуюся в связи с выходом в отставку учителя Бехтерева И. П. Мержеевского. Не так-то просто было покидать Казанский университет, которому отдано восемь лет жизни. В Казани Бехтерев приобрел большой клинический и научный опыт, преобразовал систему преподавания психиатрии, обеспечил кафедру клиническими базами, добился решения о постройке специального здания психиатрической клиники, создал великолепную по тем временам, многопрофильную психофизиологическую лабораторию, неврологическое общество, научный журнал. Работая в Казани, он опубликовал более 100 работ, в том числе первый вариант своей знаменитой книги «Проводящие пути мозга», начал создавать собственную научную школу.

Да, конечно, к Казани Бехтерев привязался душой, однако и предложение профессора Пашутина звучало лестно: ведь Петербург был не только столицей, но и крупнейшим научным центром, а Военно-медицинская академия являлась единственным в России специальным высшим учебно-научным медицинским учреждением. Жизнь в Петербурге и работа в академии давали больше возможностей для, осуществления жизненных планов находящегося в расцвете сил энергичного, необычайно трудоспособного профессора. Там все мерилось иными масштабами: большая клиника, многочисленный коллектив, прочная лабораторная база, широкое поле деятельности для педагогической, лечебной и научной работы, для пропаганды неврологических знаний. Там Бехтерев получал возможность возглавить не только психиатрическую, но и неврологическую службу, так как в Военно-медицинской академии преподавание психиатрии и невропатологии велось на единой кафедре. Наконец он возвращался в свою альма-матер, туда, где он сам учился, где прошло его становление как врача и ученого, где оставалось немало его бывших однокашников, товарищей и друзей. Бехтерев ответил Пашутину согласием.

В сентябре 1893 года Бехтереву следовало прибыть в Петербург для занятия должности начальника кафедры душевных и нервных болезней Военно-медицинской академии. Заведующим кафедрой психиатрии Казанского университета назначался давний товарищ Бехтерева по Вятской гимназии и Военно-медицинской академии H. M. Попов.

19 сентября состоялось последнее проходившее под председательством Бехтерева заседание Казанского неврологического общества. На этом заседании он объявил о своем отъезде. Коллеги просили Бехтерева оставить за собой пост редактора «Неврологического вестника», на что Бехтерев охотно согласился. В конце заседания ректор университета рассказал о заслугах Бехтерева в период его пребывания в Казани и благодарил его за проделанную работу, способствовавшую укреплению неврологической службы в университете и выдвинувшую Казанский университет в число крупнейших центров неврологической науки. Через несколько дней коллеги и друзья прощались с отъезжающим в Петербург семейством Бехтеревых.

Прибывший вскоре из Варшавы профессор Попов в первой же своей лекции, проходившей в переполненном Актовом зале университета, говорил о сложности своей миссии преемника такого крупного ученого, как Бехтерев, так как «высокоталантливый исследователь, всецело посвятивший себя разработке наиболее сложных и запутанных вопросов анатомии и физиологии нервной системы, профессор Бехтерев с полным правом может быть назван одним из самых компетентных специалистов современной эпохи». 31 октября 1893 года Казанское неврологическое общество единогласно избрало Бехтерева своим почетным членом. Связь с Казанью, с Казанским университетом Бехтерев поддерживал многие годы, практически всю жизнь. В 1915 году он был избран почетным членом Совета Казанского университета.

26 сентября 1893 года статский советник ординарный профессор Бехтерев был назначен начальником кафедры душевных и нервных болезней Военно-медицинской академии и директором клиники душевных болезней Клинического военного госпиталя, на базе которой располагалась кафедра. Он возвращался в ту самую клинику, которую покинул, уезжая девять лет назад в заграничную командировку. Но уезжал он отсюда младшим врачом, а возвращался директором.