После сходки 99 человек подали ректору заявление об уходе из университета и среди них — студент первого курса юридического факультета Владимир Ульянов. В ночь на 5 декабря арестовали многих из активных участников сходки. Вскоре последовал приказ об исключении их из университета и немедленной высылке из города.
5 декабря Казанский университет был временно закрыт. Отъезд исключенных студентов сопровождался митингами и демонстрациями. В изданной в связи с этим прокламации от имени ссылаемых говорилось: «Мы уезжаем из Казани с глубокой верой в правоту нашего дела», остающиеся призывались продолжать борьбу за демократизацию университетской жизни. Занятия в университете возобновились лишь через два месяца.
Многие профессора и преподаватели относились тогда к студентам сочувственно. Бехтерев, который сам в недавнем прошлом принимал активное участие в демократических выступлениях, всегда охотно предоставлял студентам для сходок аудитории в подчиненных ему учреждениях. Одного из активных участников революционного движения казанских студентов, П. А. Останкова, он привлек к активной работе на своей кафедре сразу же после его освобождения от ареста, а в последующем сделал его одним из своих ближайших учеников и помощников. Когда инспектор Казанского университета потребовал от профессоров сведения о студентах, отсутствовавших на лекциях в день студенческой сходки 4 декабря, Бехтерев, которому в тот день впервые пришлось читать лекцию в полупустой аудитории, официально сообщил, что у него на лекции присутствовали все.
Откровенно сочувственное отношение Бехтерева к студентам, подвергающим сомнению справедливость правительственных законоположений, нагнетало неприязнь к нему попечителя учебного округа П. Н. Масленникова. После событий 1887 года власти стали обходить Бехтерева наградами и вниманием. Масленникова же эти события довели до инсульта, или, как тогда говорили, апоплексического удара. При этом у него отнялись левые конечности. Когда же состояние больного улучшилось и он получил возможность ходить, походка попечителя округа оставалась типичной для больных с неполным параличом половины тела. Ее особенности студенты-медики обычно характеризуют так: «Рука просит, а нога косит». В виварии при Психофизиологической лаборатории Бехтерева содержалась обезьяна, у которой в процессе эксперимента была разрушена двигательная зона правого полушария. Возникшие у нее расстройства были очень похожи на проявления болезни у Масленникова. Это подметили доморощенные остряки, и по университету пошел слух о том, что Бехтерев сделал из обезьяны копию. попечителя. В результате отношение попечителя к ученому еще больше ожесточилось.
В 1890 году Масленников умер от повторного острого нарушения мозгового кровообращения. Попечителем Казанского учебного округа был назначен ненавистный студентам бывший университетский инспектор Потапов. Многие к тому времени еще помнили, как горела недавно его левая щека после пощечины, но и Потапов не забыл об этом. Похоже, что министр, повышая Потапова в должности, руководствовался не иначе как известной пословицей: «За битого двух небитых дают». И новый попечитель старался полностью оправдать оказанное ему доверие.
Откровенная неприязнь к Бехтереву начальства отнюдь не ухудшила отношения к нему большинства коллег, а тем более студенческой молодежи. И студентов, и профессоров из числа свободомыслящих привлекали его целеустремленность, преданность делу, справедливость, умение настоять за себя и своих сотрудников. За время работы в Казани Бехтерев приобрел среди преподавателей не только доброжелателей, но также товарищей и друзей. Среди них были физиолог Н. А. Миславский, окулист Е. В. Адамюк, хирурги В. И. Разумовский и М. Ф. Кондоратский, терапевт С. Н. Левашов, который когда-то учился в академии вместе с Бехтеревым.
В Казани заболел и вскоре умер старший сын Бехтерева Евгений. В 1887 году родился сын Владимир, а 1889 год ознаменовался рождением второй дочери — Екатерины.
Старший брат Николай, проработав 13 лет следователем, а затем мировым судьей в Оренбургской губернии, с января 1889 года был назначен членом Пермского окружного суда. На летнее время он снимал дачу в 12 километрах от Перми в селе Нижняя Курка, на берегу Камы. Соседнюю же дачу Николай Михайлович арендовал для брата. В дни отдыха Владимир Михайлович с восьми часов утра уже писал на открытом балконе, куда ему подавали чай. Днем иногда катался с кем-нибудь из родственников на лодке, но непременно с книгой. После непритязательного, по большей части вегетарианского обеда отдыхал, иной раз перед тем поработав в саду или прокатившись на велосипеде. Проснувшись, обыкновенно пил снова чай и вновь садился за свои труды, подчас до поздней. ночи. На пермские дачи приезжал в гости с женой и дочкой средний из братьев Бехтеревых — Александр. Жил он в Златоусте, где служил в нотариальной конторе.
Время от времени братья бывали в Вятке — навещали мать, старались по мере возможности поддержать ее материально. Теперь она уже не нуждалась в квартирантах и в доме жила одна. Отрадой для нее были вести об успехах сыновей, особенно же Владимира.
Когда в мае 1892 года умер заведующий кафедрой нервных болезней Д. П. Скалозубов, ректор Казанского университета К. В. Ворошилов обратился к Бехтереву за советом: кем заместить возникшую вакансию? Бехтерев предложил молодого, но уже хорошо себя зарекомендовавшего невропатолога Ливерия Осиповича Даркшевича.
Даркшевич учился в Московском университете, где нервные болезни изучал под руководством А. Я. Кожевникова, затем проходил стажировку за границей. В 1888 году он защитил диссертацию на степень доктора медицины и работал приват-доцентом Московского университета. Даршкевич, как и Бехтерев, много внимания уделял изучению морфологии мозга и к тому времени уже зарекомендовал себя высококвалифицированным невропатологом.
9 сентября 1892 года Даркшевич был назначен на должность заведующего кафедрой нервных болезней Казанского университета. В его лице Бехтерев нашел единомышленника, который смог создать при университете хорошо оснащенную кафедру, имеющую и клиническую, и лабораторную базы. Даркшевич поставил невропатологию в Казани на уровень, близкий к тому, который был в Московском университете и в университетах западноевропейских стран.
Опираясь на поддержку физиологов А. Я. Данилевского и Н. А. Миславского, гистолога К. А. Арнштейна, невропатолога Л. О. Даркшевича и других коллег, Бехтерев обратился к администрации медицинского факультета с предложением организовать научное неврологическое общество. К тому времени в Казани уже существовали общество естествоиспытателей, которое ставило своей целью изучение природы, санитарного и медицинского состояния Казанской губернии и прилежащих к ней территорий Волжско-Камского бассейна, и общество врачей, объединяющее медиков разных клинических специальностей и рассматривавшее главным образом общие и организационные вопросы медицинского обеспечения населения.
В своем представлении Бехтерев отмечал, что под словом «неврология» он понимает совокупность знаний о нервной системе как в нормальном, так и в патологическом состоянии, разрабатываемых невропатологами, психиатрами и т. д. «…Понимаемая в широком смысле неврология, — писал Бехтерев, — обнимает собой не только анатомию, физиологию и эмбриологию нервной системы, но и экспериментальную физиологию и так называемую психофизику, служащую, в свою очередь, связующим звеном между физиологией нервной системы и эмпирической психологией. Равным образом в ближайшем отношении к неврологии стоят и такие отделы клинической медицины, как невропатология и психиатрия с судебной психопатологией, которые имеют своей целью, так сказать, практическое приложение неврологических знаний у кровати больных и, во-вторых, касаются выявления болезненного состояния лиц «подсудимых». Далее он писал о том, что теоретические и клинические дисциплины, включаемые в неврологию, дополняют и обогащают друг друга. В связи с этим неврологическое общество должно «объединять представителей различных неврологических специальностей», обеспечивая «научное общение между ними, тот обмен мыслей и ту взаимосвязь, которые и служат гарантией успеха, а следовательно, и научного дела».
